1、南京火車站
南京火車站位於南京市玄武區龍蟠路111號，是中國鐵路樞紐、國家鐵路客運一等站、中國十大火車站之一。始建於1905年（清光緒三十一年），原址位於下關地區，1968年9月遷入現址，與南京長江大橋同時建成投入使用，原南京站改為南京西站。2005年7月中旬完成改建工程，並率先採用“高進低出”的方式，成為中國各地火車站新建改建的範本。
2、棲霞山火車站
棲霞山火車站，為四等站，郵政編碼210033，離北京站1180公里，離上海站283公里，隸屬上海鐵路局南京鐵路分局管轄。不辦理客運營業。建於1908年的棲霞山北站位於棲霞區棲霞鎮。它是南京為數不多的仍在使用的小火車之一。棲霞山火車站，風景很美，老滬寧鐵路從這裡經過，現在已不走客車，只跑火車。貨運：辦理整車貨物發到；不辦理危險貨物發到。
3、南京南站
南京南站位於南京市雨花臺區玉蘭路98號，是中國鐵路客運特等站、華東地區最大的交通樞紐，連接八條高等級鐵路的國家鐵道樞紐站，南京南站佔地近70萬平方米，總建築面積約45.8萬平方米，總投資超過300億元人民幣，其中主站房面積達28.15萬平方米，是亞洲第一大火車站和亞洲第一大高鐵站。
4、南京浦口火車站
浦口火車站位於南京市浦口區，是全國重點文物保護單位，中國唯一保存民國特色的火車站，火車站的候車大樓、月臺、雨廊、售票房、貴賓樓、高級職工宿舍等主體及配套建築，都被系統性地保存下來，是中國唯一完整保留歷史風貌的“百年老火車站”，被列為中國最文藝的九個火車站。在中國鐵路百年史上，浦口火車站和津浦鐵路佔有很重要的地位。因為它是中國最早最長的一條鐵路，而浦口火車站是它南端的終點。
5、江寧西站
江寧西站位於南京市江寧區江寧濱江經濟開發區盛安大道，是寧安客運專線的中間站，共設計2臺4線，其中正線2條、到發線2條，設兩座側式站臺。可連接寧馬高速公路，距南京主城25公里，距南京長江三橋12公里，距江寧東山副城20公里，於2015年12月6日正式啟用。
6、仙林站
仙林火車站位於南京市棲霞區仙林大學城北部，仙新路與312國道相交處附近，是滬寧高鐵的中間站，設站臺2座、到發線4條。車站還引出至南京南站的聯絡線，是南京南站與南京站的聯絡線站，辦理客運，不辦理貨運。
7、溧水站
溧水站是寧杭鐵路客運專線的一個車站，位於南京市溧水區東屏鎮金溪路，建於2008年，隸屬上海鐵路局南京站管轄，現為二等站。
8、龍潭火車站
龍潭火車站，為三等站。站址在江蘇省南京市龍潭鎮，郵政編碼210034。建於1908年。離北京站1188公里，離上海站275公里，隸屬上海鐵路局南京鐵路分局管轄。客運：辦理旅客乘降；行李、包裹託運。貨運：辦理整車貨物發到；辦理整車貨物承運前保管危險貨物僅辦理農藥、化肥發到。
9、中華門火車站
中華門火車站位於南京市雨花臺區應天大街339號，是寧蕪鐵路的起首車站，是上海鐵路局南京東直屬站管轄的二等客貨運站。中華門站臨近全國著名的愛國主義教育基地——南京雨花臺烈士陵園，附近的旅遊景點有始建於明代的中華門城堡，素有“槳聲燈影”之稱的南京夫子廟風景區。14年10月14日起，擁有七十八年曆史的鐵路中華門站停止辦理客運業務。
10、南京西站
南京西站位於南京市鼓樓區下關地區，又稱下關火車站，始建於1905年，時稱江寧車站（因南京當時稱為“江寧府”），是滬寧鐵路終點站，也是寧銅鐵路的起點站。作為民國時期南京和全國的重要門戶，在當時發揮了巨大的作用。1927年，江寧車站改名為南京車站，又因其處於南京下關一度稱為“下關站”。1947年，南京車站擴建，規模為中國之首。解放後，南京車站改名為南京火車站，簡稱南京站。1968年南京長江大橋建成後，南京站改為南京西站，南京站遷入新址。
11、六合火車站
六合站位於南京市六合區雄州街道，2004年建成使用，現為四等站。六合站地理位置優越，毗鄰公交六合北站以及南京地鐵S8線的方州廣場站，交通便利，待2016年的寧啟鐵路複線正式在六合站恢復辦客時，將大大縮短與其他城市的交通距離。
12、江寧南站
江寧南站位於南京市江寧區江寧濱江經濟開發區，是寧安城際鐵路上的一箇中間站，共設計2臺4線，其中正線2條、到發線2條，設一座島式站臺。現已更名為江寧西站。
13、南京北站(規劃待建)
南京北站，位於南京市浦口區，是正在規劃中的新火車站，南京江北新區重要的基礎設施工程，國家鐵道部門確定的南京鐵路樞紐總圖中的三大鐵路客運樞紐之一，建成後將成為南京第三座大型樞紐火車客運站。南京北站將主要辦理寧滁合、寧蚌、寧通、寧淮的部分城際客車始發終到以及合肥揚州方向（北沿江方向）、徐州揚州方向、合肥淮安方向途經客車的通過作業；少量辦理滬寧城際、京滬高速鐵路跨線客車始發終到作業。規劃區內共計南京地鐵3號線、南京地鐵4號線、南京地鐵15號線、南京地鐵S4號線4條軌道線。
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