當拿破崙於1799年10月從埃及返回法國時，國內政治局勢和政府機構一片混亂，國外形勢也不容樂觀，在意大利北部駐守的法軍在俄奧聯軍的進攻下節節敗退，又由於財政困難，意北的法軍幾乎成為搶劫犯。國家迫切需要一次革命性的變化，才能保證革命的成果。在這種形勢下拿破崙依靠小部分人的支持發動了霧月政變，升任政府執政。
成為執政的第二天便發佈諸多命令，一是任命貝爾蒂埃為陸軍部長，二是把馬塞納從瑞士調去指揮意大利軍團，三是將萊茵和多瑙河兩個軍團合併為一個新的萊茵軍團交由莫羅指揮。在外交上希望奧地利能遵守之前的和約退出倫巴第。同時向諸多國家的商人貸款，解決大革命以來一直存在的財政危機。
1800年，二月開始組建新的軍團，首先準備發動對奧地利的反擊。
拿破崙計劃意大利軍團實施機動來吸引皮埃蒙特境內奧軍的注意力，而他本人則率一支新成立的“預備軍團”，經瑞士過阿爾卑斯山，直取奧軍的後方。與此同時，萊茵軍團也將通過黑森林南折，過瑞士東部各州，切斷敵軍與奧地利本土的最後交通線。
至同年4月，法軍已在第戎，集結了三萬二千人，組成了四個師。隨之就是要選擇預備軍團翻越阿爾卑斯山的的路線。由於有3月，法軍已派出參謀軍官去偵察這阿爾卑斯山的路線，作出了翻越大聖伯納德山口的決定。
而在預備軍團還在第戎的時候，奧軍率先發動了進攻，4月5日，梅拉斯以六萬兵力向馬塞納的意大利軍團突然發動進攻，而馬塞納當時只據守著熱那亞以北利古里亞亞平寧山山脊。馬塞納雖然受到兩倍於己的奧軍進攻，仍英勇抗擊，但由於其兵力已被一分為二，其右翼(一萬七千人)由蘇爾特指揮，已被逐回熱那亞防線以內，其左翼(一萬一千人)由絮歇指揮被壓向了西邊的尼斯。馬塞納雖發起一連串堅決的反衝擊，但仍未能突破熱那亞防線，在那裡，陸上有奧特將軍所率的奧軍；海上則有基思勳爵指揮的一個英國海軍中隊，因此，他始終受到嚴密的封鎖。五月初，另一支奧軍在艾爾斯尼茲的指揮下把絮歇逐過了瓦爾河並攻佔了馬塞納的基地尼斯。而梅拉斯在皮埃蒙特仍握有一個軍的預備兵力即凱門指揮的三萬五千人。（下圖中紅線為奧軍發起進攻之前法軍的防線，紫色為奧軍發起進攻之後法軍的防線）
拿破崙在得到法國東南的壞消息後，立馬催促預備軍團在補給不充分的形勢下出發，同時從萊茵軍團抽調一支二萬五千人的縱隊越過聖戈塔德和辛普朗山口去增援預備軍團。次日，第一執拿破崙政離開巴黎並於5月9日到達日內瓦前線。同時意大利軍團的馬塞納回信拿破崙，說明自己已經被奧軍和海上的英軍包圍，守軍只能守到5月30日，希望預備軍團馬上行動，在後方威脅奧軍，最終拿破崙在拿到信件時已經是5月27日，最終在6月4日，馬塞納因存糧全部吃完，結果被迫投降。
在來看一下預備軍團的情況。5月20日，大軍才通過大聖伯納德山口，前鋒部隊遇到了第一個障礙巴爾德堡，由於巴爾德堡奧軍的反抗，6月1日，法軍才攻陷巴爾德堡，這也讓法軍的大部隊和炮兵部隊，延遲了兩週時間。
而法軍的先鋒騎兵部隊，則於5月25日到達了都靈東北十五英里的齊瓦索，由於聽到奧軍的梅拉斯已在都靈集結了兵力，所以先鋒騎兵決定向東推進，讓預備軍團大部隊來對付梅拉斯。但是攻陷巴爾德堡的法軍主力部隊，對都靈的梅拉斯置之不理，決定向東進攻米蘭，因為米蘭此時基本是不設防的城市，另外奧軍所有的補給和醫院都在米蘭，奪取米蘭還可以與萊茵軍團會師。6月2日，拿破崙的預備軍團4萬人進入米蘭城。
由於拿破崙的主力部隊沒有進攻都靈，讓梅拉斯大敢意外，也讓在都靈結集的奧軍失去意義，而後梅拉斯得知在米蘭的法軍有4萬之眾時，不得不停止奧軍在法國東南的爭奪戰。
6月11日，拿破崙集結二萬七千人於沃格拉附近。6月12日，大軍進抵斯克裡維亞河，未遇任何抵抗。拿破崙決得梅拉斯有意在避免決戰，因此把軍中的德塞的預備隊一分為二，莫尼爾師被派往拉納軍充實拉納的預備隊，而令德塞率包德師前往托爾託納以南十二英里的塞拉伐裡，封鎖亞歷山大里亞至熱那亞的道路。與此同時，拉納軍和維克托軍繼續向博爾米達河蜿蜒曲折的河谷西進，目前這條河阻塞了通往亞歷山大里亞的接近路。在亞歷山大里亞東南兩英里半處，有一個小村叫馬倫哥，維克托軍的前衛加爾達內師在那裡受到了奧軍一支後衛部隊的攔阻。經過一場激戰，奧軍丟下了兩門大炮和幾百名戰俘，於下午6時向亞歷山大里亞逃遁。當晚，拉納軍和維克托軍在卡斯特爾切利奧洛與馬倫哥之間兩英里寬的正面上宿營。拿破崙從沃格拉騎馬來前線偵察，黃昏時分，他派了一名參謀去看看博爾米達河上的橋樑是否完好。這位軍官謊報說該橋已遭破壞，這就使第一執政更加深信梅拉斯正在撤離亞歷山大里亞。於是，他返回馬倫哥以東七英里處的託雷第加諾伐利過夜。
14日清晨，他命令在蓬特庫隆作預備隊的拉普師北渡波河，然後往西朝瓦蘭察方向搜索。裡伐德的騎兵旅也被派往位於沙裡的右翼。同時，他還派人去通知德塞往西朝波佐羅-弗米加諾方向派出一支搜索隊以探明敵人的行蹤，德塞已於日前被派往羅維。這些命令剛一發出，會戰就在上午九時左右突然爆發，奧軍越過博爾米達橋出其不意地大舉進攻。與拿破崙收到的報告正好相反，河上那座橋不但沒有被破壞，而且另外還有兩座浮橋通向一座嚴密設防的橋頭陣地。從這裡，三支強大的奧軍直撲拉納和維克托所據守的前哨陣地。一場殊死的戰鬥隨即展開。經過兩小時的激戰，加爾達內師被逐出了馬倫哥。維克托派沙門巴克師前往增援，但法軍仍不能收復失去的陣地。位於右翼的華亭師也被逐出了卡斯特爾切利奧洛。上午11時，拿破崙以其唯一可動用的預備隊莫尼爾師支援華亭師，因為拉普師已被他派到波河彼岸去了。他派一名副官去召回拉普，但是命令一直到傍晚才送到。莫尼爾師雖一度奪回了卡斯特爾切利奧洛，但最後還是被逐出。此時此刻形勢極為嚴重：拉納軍和維克托軍傷亡都很大，彈藥也消耗殆盡；更為嚴重的是法軍僅有十五門炮參戰，而奧軍卻有近百門炮；由於炮兵遠居劣勢，法軍的這兩個軍不得不且戰且退；在三個騎兵旅反衝擊的掩護下，他們一直退到四英里半外的聖吉利亞諾村。
拿破崙和他的參謀們，這時騎馬趕到了聖吉利亞諾，但由於已無預備隊可用，會戰看來敗局已定。當天早些時候，在他意識到他正受到梅拉斯全部兵力的攻擊時，他曾派副官布魯耶爾斯到十二英里之外的塞拉伐裡去傳令德塞火速趕回聖吉利亞諾。下午5時，正當千鈞一髮之際，德塞率包德師趕到了。拿破崙、貝爾蒂埃和德塞匆匆在馬背上緊急會商。德塞說，他在反攻之前必須有強有力的炮火準備，他帶來了包德師炮兵的八門炮，加上馬爾蒙仍在戰場上使用的十門炮，共十八門炮，以此對勝利中的奧軍縱隊用霰彈實施近距離急襲。包德把他的兩個步兵旅部署在亞歷山大里亞道路的兩側，而德塞則身先士卒領導反衝擊，但不幸重傷身亡。拿破崙命令克勒曼支援反衝擊，當時克勒曼的騎兵旅僅剩下四百人，另外再加上第一執政近衛軍的兩個騎兵連，克勒曼揮鞭向業已動搖的奧軍縱隊的左翼衝擊，在通往卡西納格羅薩方向殺開了一條血路。這個步、騎、炮三兵種的聯合反攻似乎摧垮了奧軍的士氣。奧軍驚慌失措，向橋頭陣地倉皇撤退，紛紛奪路過河，人馬亂成一團。當晚，法軍在他們前一夜所據守的卡斯特爾切利奧洛至馬倫哥一線宿營。
這一仗，雙方的損失都很慘重。法軍傷亡五千八百三十五人，而奧軍則高達九千四百人，佔梅拉斯全部兵力的三分之一。次日上午，梅拉斯派人持停戰旗前往法軍陣地請求休戰。15日傍晚，貝爾蒂埃和梅拉斯簽訂了亞歷山大里亞停戰協定。雙方同意在最後和約簽訂之前停止在意大利境內的一切敵對行動。
第一執政是幸運的，因為其對手是七十一歲高齡，毫無生氣的梅拉斯。如果是一位較之強硬和敏捷的對手，那麼對拿破崙所犯錯誤的懲罰就要比這嚴厲得多了。
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