在我們的教科書上，1644年清軍入關，大順的歷史似乎就終結了，然而實際上，順軍面對殘暴的異族侵略，面對敵強我弱的艱難局面，依然奮戰了整整二十年，堪稱中華民族的脊樑。
1644年4月22日，吳三桂降清，清軍入關，李自成放棄北京向陝西撤退。
5月8日，清軍在慶都追上撤退的順軍主力，蘄侯谷英為全軍斷後，戰死沙場。
10日，過天星張天琳被大同總兵姜瓖殺害，姜瓖降清。
1645年1月13日，巫山伯馬世耀向清軍詐降，與李自成約定裡應外合奪取潼關，不料信使被清軍截獲，馬世耀全軍七千餘人被害，李自成向湖廣撤退。
3月，大順荊州防禦使孟長庚被叛徒鄭四維殺害，鄭四維降清。
4月，汝侯劉宗敏被清軍俘虜，不屈遇害。
5月，李自成遭當地團練襲擊戰死，叛徒王體中殺害白旺降清。
7月，袁宗第、劉體純、郝搖旗等部順軍進入湖南，聯明抗清。
7月20日，李自成侄子李過、內弟高一功等部順軍圍攻荊州。
8月，袁宗第、劉體純等人受何騰蛟排擠，前往荊州與李過會合，湖廣巡撫堵胤錫孤身前往荊州大營，與李過等人達成聯合抗清的協議，順軍改編為“忠貞營”。
1646年1月，嶽州馬進忠、王允才、盧鼎、王進才四鎮明軍不戰而逃，嶽州副將馬蛟麟降清，荊州大營側翼洞開，忠貞營遭到清軍襲擊，慘敗，一批高級將領叛變。李過、高一功、劉體純、袁宗第等部退入鄂西山中休整，建立夔東抗清基地。
1647年7月1日，忠貞營出山，接連收復彝陵、常德、益陽、湘潭、湘陰、衡山等地。
11月11日，忠貞營包圍長沙，血戰五天五夜，何騰蛟命令忠貞營前往南昌救援金聲桓、王得仁，長沙之戰功虧一簣。
1648年1月，忠貞營未到，金聲桓、王得仁已戰死，忠貞營撤回湖南。
21日，何騰蛟被俘，六天後遇害，湖南戰局全面崩潰。忠貞營撤入廣西，當地明軍不肯接納，多次發生火併。
1649年8月，李過病故，高一功成為忠貞營主帥。
1650年12月，此時孫可望掌握南明政權，忠貞營因為李自成與張獻忠的舊仇，不容於孫可望，遂北上夔東。
1651年，高一功在湘西遭到當地土司襲擊戰死，李過養子李來亨將忠貞營帶回夔東，從此稱為“夔東十三家”，經過連年征戰，原順軍損失慘重，夔東地狹民窮，十三家難以再恢復元氣。
之後七年，夔東十三家始終堅持游擊戰爭，牽制清軍兵力。
1658年7月，因孫可望叛變，清軍三路大軍進攻雲南，李定國向夔東十三家求救，夔東十三家進攻重慶，被吳三桂擊敗。
11月，夔東十三家再攻重慶，激戰至12月15日，叛徒譚詣、譚弘殺害譚文降清，重慶之戰失敗，夔東十三家從此再也無力發動大規模進攻。
1662年，永曆皇帝被殺害，南明政權滅亡，東西兩大抗清領袖鄭成功、李定國相繼病故，除了臺澎金廈以外，南方各地的抗清鬥爭全部失敗，夔東成為大明在大陸的最後一片土。
1663年1月1日，清廷調集湖廣兵三萬、陝西兵兩萬五千、河南兵五千、四川兵三萬會剿夔東。袁宗第不敵四川清軍，血戰之後率部跳下懸崖撤退，所部陣亡及跳崖摔死兩千五六百人。郝搖旗、劉體純也被迫後撤，三部與李來亨聯手，對湖廣清軍發動反擊。
7月23日，夔東十三家大舉反攻，三萬湖廣清軍抱頭鼠竄，落入南陽河淹死無數，河水為之斷流，清軍一路逃回彝陵，向北京求援。清廷見漢軍無法對付夔東十三家，決定派滿洲兵出戰，一面調西安滿軍增援夔東，一面派鰲拜之弟穆裡瑪率滿八旗一萬前往前線。
8月24日，夔東十三家集結最後的全部主力五萬人，進攻巫山縣，激戰至9月7日，夔東十三家終究沒能攻下巫山，又遭到清軍突襲，戰死七千餘人，不得不撤退。
12月，兩路滿洲援軍抵達，面對十萬清軍，抗清大業已經絕望，順軍殘部大批投降，但依然有少數人選擇血戰到底。
12月23日，劉體純部下將領大批投敵，劉體純的大營被攻陷，全家自縊身亡。劉體純在夔東十餘年，軍紀嚴明，愛護百姓，極得民心，清四川總督李國英也敬佩劉體純的忠烈，下令將其全家禮葬。
26日，郝搖旗、袁宗第，以及南明兵部右侍郎洪育鰲、東安王朱盛蒗兵敗被俘，被清軍殺害，監軍太監潘應龍自盡。
1664年，夔東十三家陷入清軍重重包圍，徹底走投無路。絕望之下，王光興、蔣尚膺、毛壽登、馬騰雲、黨守素、塔天寶等相繼投降。最終，只剩下李來亨一部拒絕投降，堅守興山縣茅麓山。
李來亨死守茅麓山數月，接連擊斃鑲紅旗副都統賀布索、一等阿達哈哈番桑圖、穆裡瑪第三子蘇爾馬等清軍將領。6月15日，山寨中糧食將盡，李來亨率部突圍，被清軍擊退。閏6月9日，李來亨再次突圍，連破清軍五陣，最終仍被擊退。清軍再度派叛變將領前來勸降，李來亨將使者斬首，誓死堅守到底。
8月4日，糧食全部耗盡，最後的時刻到來了，李來亨全家自盡。至此，順軍餘部二十年轉戰萬里的抗清鬥爭徹底結束，大明在中國大陸再無寸土。
明亡清興的歷史，不是簡單的朝代更迭，而是無數百姓的屍骸累成的血淚史，是無數末路英雄的慷慨悲歌。
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