蒙古鐵騎開始橫掃歐亞大陸，南京人根本不明白蒙古人是怎麼回事。多少年來，抗金的口號已經根深蒂固，是南宋民眾心中激盪的主旋律，大家記憶中，北宋亡於金國之手，如狼似虎的金兵，才是國家最大的敵人。因此在觀念上，一是要防止金兵繼續南下，要做好防範的準備，一是如果有可能，最好是能將失去的北方領土收復回來。
沒想到收復北方領土這事，最後靠著蒙古人的幫助，差一點完成。南宋紹定六年，也就是公元1233年，南宋派江陵府副都統制孟珙，襄陽府守將江海，率領2萬軍隊，應蒙古人之約，合圍金哀宗於蔡州。第二年，蔡州城破，宋軍和蒙軍分別從不同方向殺進城去，歷時120年的金朝至此滅亡。
消息傳到南京城，立刻是一片歡呼之聲，畢竟一百多年的仇敵被消滅了，靖康之恥終於劃上句號。
宋將孟珙將金哀宗的遺骨運回杭州，也就是南宋的京城臨安，放在太廟裡展示，告慰那些被金兵欺侮過的先人。南宋君臣舉行盛大儀式，慶祝宋金世仇的了結。得意難免忘形，舉國歡慶之後，可能是被金國欺負太久，朝廷又迫不及待地想進一步擴大戰果。按照南宋與蒙古國的事先約定，金被滅以後，宋軍和蒙軍各自撤退。原來金國佔領地河南的歸屬，宋蒙之間並沒有做出明確規定，既不屬於南宋，也不屬於蒙古國，河南成了事實上無人佔領的空白區。
於是呢，於是就有了第二年的“端平入洛”。端平和紹定都是宋理宗的年號，因為金國滅了，興奮過度的宋理宗覺得有必要改國號慶祝，紹定改成了端平。端平二年，南宋發動攻勢，派軍隊入駐河南。對於這個軍事行動，當時反對的聲音很強烈，都覺得拿下河南沒什麼太大問題，要想守住可能就太困難。然而宋理宗被勝利衝昏頭腦，已經聽不進不同意見，出兵收復了河南境內的“三京”，即原北宋的東京開封，西京洛陽，南京商丘，短時間內連下三城，這是一件多麼令人鼓舞的事情，太讓人揚眉吐氣。
南京人興高采烈，王師出征，進入河南後，並沒有遭遇到多少抵抗，很快就拿下了過去連做夢都不敢想的三京。很多事情南京人也弄不明白，反正金國滅了，很高興的一件事。自己的軍隊又收復河南，更是一樁值得高興的買賣。然而好消息來得快，去得也快，南宋這邊剛開始入戲，還沒來得及慶祝，美夢已經破碎，撤退到黃河以北的蒙古軍隊，又一次渡過黃河，將宋軍打得鼻青臉腫。
端平入洛的後果是很嚴重，經此一戰，宋蒙聯盟公開破裂。這一年年底，蒙古使者來到南宋首都臨安，譴責宋廷“敗盟”。第二年，窩闊臺便以此為藉口，發動了全面侵宋戰爭，蒙軍大舉南下，轉眼之間，攻佔長江中上游多個戰略要地。可以這麼說，沒有端平入洛，宋蒙之間的戰爭也不可避免，然而也不得不承認，端平入洛成了持續四十多年的宋蒙戰爭導火索，引起的後患遠比金國威脅大得多。
這以後，抗金成了防元，好在蒙古鐵騎的興趣，當時更傾向於西征西進，它的野心實在是太大，飯要一口一口吃，蒙古人的注意力暫時還沒放在南宋身上，他們沒有繼續南下，而是一路往西，所向披靡。蒙古鐵騎往西一直打到什麼地方，南京人根本無法想象，只知道在蒙古人很厲害，比金人還兇，還要野蠻，在蒙軍的壓迫下，南宋的地盤越來越小。
那個時期，蒙古人稱霸歐亞大陸，想要什麼地方，就可以佔領什麼地方。滅西夏， 滅金國，一度逼近東歐的腹地，招降吐蕃，消滅大理。公元1271年，忽必烈建立了元朝。元朝的正式國號叫大元，取自於《易經·乾篇》的“大哉乾元，萬物資始”。大元的“大”字與大漢大唐大宋的“大”不一樣，後者是尊稱，“大元”的這兩個字，按規矩是不應該拆分，朱國禎《湧幢小品》卷二“國號”條上有解釋：
國號上加大字，始於胡元，我朝因之。
……其言大漢、大唐、大宋者，乃臣子及外夷尊稱之詞。
此後的所謂大明大清，都是學的蒙元。
就在元朝建立的第二年，蒙古鐵騎拿下了襄陽。據說攻打襄陽，還是南宋降將劉整的主意，劉整是一位赫赫有名的戰將，他投降忽必烈以後，建議元軍先拿下襄陽，浮漢水進入長江，順流而下進取南宋。
襄陽是長江中游的重鎮，襄陽軍民拒守孤城達六年之久，最後實在守不住，襄陽守帥呂文煥出降。呂文煥是呂文德的弟弟，呂文德也是南宋晚期名將，已在兩年前逝世。
南宋滅亡的真實歷史，說起來讓人難以置信，讓人哭笑不得。蒙古軍隊攻打南宋，基本上就像趕鴨子一樣，驅趕著一群對方的降兵降將衝鋒陷陣。都說蒙古人殘暴，動不動要屠城，然而對付南宋，元軍的策略更多的是誘降。呂文煥投降，不只是讓襄陽免遭屠城，而且讓接下來抗元之戰幾乎沒辦法進行。劉整和呂文煥都是當時宋軍中非常難得的將才，他們的投降，對於南宋來說，絕對致命。
大家更熟透的抗元故事，可能只是金庸的小說，是《射鵰英雄傳》中的郭靖，郭大俠在襄陽之戰中有過出色表現。小說是虛構，宋軍在襄陽之戰中，確實也可歌可泣。然而襄陽最終還是沒有守住，說句時髦的話，也可以算是和平起義了。元軍的耐心，終於得到意料中的回報，攻佔襄陽後，元軍分三路繼續攻打南宋，其中從江漢方向攻宋的軍隊是主力，沿江而下勢如破竹。
在南宋末期，呂文德和呂文煥的勢力很大，時人黃震的《古今紀要逸編》上便說過，這兄弟倆從兩湖到兩淮，“沿邊數千裡皆歸其控制，所在將佐列戍，皆俾其親戚私人”。南宋朝廷的不少軍政要員，都在這個集團之內，因此呂文煥降元，他率領著自己的軍隊和元軍，所到之處，門生故吏紛紛不戰而降，彷彿多米諾骨牌傾倒一樣，產生了不可阻擋的連鎖反應。
接下來，危在旦夕的南宋軍隊，只能在離南京不太遠的丁家洲，象徵性地抵擋一下，然後元軍已兵臨城下。南京的淪陷沒有任何懸念，元軍“師次採石，知和州王喜以城降。都元帥博魯歡次漣州，宋知州孫嗣武以城降”，和州就是今天的和縣，漣州則是今天的漣水，都是不戰而降。“大軍次建康府，宋沿江制置使趙縉南走，都統、權兵馬司事徐王榮、翁福、茅世雄等及鎮軍曹旺以城降”，元軍可以說是兵不血刃就佔領了南京。
南京人似乎並沒有感到太大的危險，一時間，也體會不到蒙古軍隊的野蠻。與六朝時的改朝換代相比，與南唐的亡國相比，南京人甚至都沒感到太多混亂。元軍佔領南京，立刻以南京為戰略中心，忽必烈命令伯顏設行省於建康，命令各守營壘勿進。同時命令阿術率軍攻揚州，阻其南援。阿術率軍渡江，進圍揚州，在揚州東南的瓜洲修造樓櫓，一種守城或攻城用的高臺戰具，在揚州城外圍樹起柵欄，修築堅固的堡壘，截斷了宋軍增援部隊。又派水師堵截江面，控制長江天險，斷絕宋軍渡江南救臨安的通道。
南宋立國，以長江為防線，兩淮為藩籬，當時“重兵皆住揚州，臨安倚之為重”，元軍佔領建康，進圍揚州，攻佔兩淮，南宋都城臨安便完全失去了保護屏障。元軍在建康稍事休整，兵精糧足，戰鬥力更加強盛，隨時可以攻取臨安，處在非常有利的進攻地位，而南宋的朝廷就像砧板上的魚肉，與此前南京的處境一樣，淪陷已是指日可待。
正是青黃不接的日子，為安撫當時南京的老百姓，伯顏不許元軍直接進駐建康，騷擾民眾，同時開倉賑濟饑民，派軍醫下民間治病，蘇天爵輯《元朝名臣事略》上就有記載：
行省駐建康，時江東大疫，居民乏食，乃開倉振飢，發醫起病。人大喜曰：“此王者之師也。”
這個記載顯然有美化的成分，多少也說明一些問題。傳說中的蒙古鐵騎，動不動屠城，讓人聞風喪膽。不過在不同時期，面對不同對象，蒙古人的用兵策略並不完全一樣。譬如攻打襄陽，打了六年，基本上也是打打談談。事實上，當時的呂文煥根本就沒什麼談判資本，已經必輸無疑，儘管如此，仍然奮力抗敵，襄陽城內物資緊缺，對外聯繫斷絕，宋朝援兵遲遲不來，形勢十分惡劣，已到了實在維持不下去的絕境：
捍禦應酬，備殫心力，糧食雖可支吾，而衣裝薪芻斷絕不至。文煥撤屋為薪，緝麻為衣，每一巡城，南望慟哭。
1273年的正月九日，在回回炮的助攻下，元軍將領阿里海牙攻克樊城，並屠其全城，襄陽徹底淪為一座孤城，元世祖忽必烈降詔諭呂文煥，說爾等拒守孤城，也算是盡忠了，再這麼頑抗下去，“如數萬生靈何”，也就是說襄陽的幾萬條生命怎麼辦。走投無路的呂文煥最終還是投降了，成了南宋的罪人，罪無可赦，襄陽老百姓卻因此免於屠城之災。
《明太祖寶訓》上說：
昔中國大宋皇帝主天下三百一十餘年，後其子孫不能敬天愛民，故天生元朝太祖皇帝，起於漠北，凡達達、回回、諸番君長盡平定之，太祖之孫以仁德著稱，為世祖皇帝，混一天下，九夷八蠻、海外番國歸於一統，百年之間，其恩德孰不思慕，號令孰不畏懼，是時四方無虞，民康物阜。
朱元璋最籠絡人心的口號，是“驅逐胡虜，恢復中華”。這句口號很實用，可以用來打天下，治理國家，管理老百姓，還需要另外一些東西。朱元璋對忽必烈的稱讚，表明他對“胡虜”的又一種態度。蒙古人以和平的方式進入南京，並不代表元朝取代宋朝多麼合理。事實上，與宋朝相比，無論金國，還是蒙元，都是文化上的大倒退，都是文明被踐踏，這個沒有任何疑問。
元朝時南京人屬於南人，有個流行說法，元朝中國人分成四等，即蒙古人，色目人，漢人和南人。南人也是漢人，學術界迄今沒有發現元代有把臣民明確劃分為四等的專門法令，這種劃分或許只反映在一些政策和規定中，例如漢人打死蒙古人要償命，蒙古人打死漢人只需“斷罰出徵”。 對於當時的南京人來說，欺負他們更多的不止是蒙古人，南京也沒多少純粹的蒙古人，更多的是色目人和北方漢人。其中尤以被北方漢人欺凌，最讓南京人難以接受。大家都是漢人，都他媽炎黃子孫，只不過當奴隸的日子早點晚點，又何苦要相煎太急。
近代有研究指出，元代有相當多的漢人在各級官府擔任高級職務，其中不少是正職。通過對《元史》，對《新元史》和《蒙兀兒史記》864名三品以上官員的疏理，漢人佔409位，是總數的百分之四十七，漢人擔任正職的俯拾皆是。認為“元朝各級官府高級官吏，必須由蒙古人或色目人擔任，漢人最多隻能做到副職”的說法並不準確。
元朝時的南京屬於江浙行省，元朝有十個行省，江浙行省管轄東南地區，面積很大，它的治所一會放在揚州，一會放在杭州。最後還是覺得放在杭州更合適，因為它是前朝南宋的京城，在這裡發號施令，更名正言順，南京人在心理上，也會覺得與南宋時沒太大差別，反正給誰都是繳糧納稅。低於行省級別的是路，再下面是府，是州，是縣，南京在當時叫建康路，後來又改變名叫集慶路。
飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹。民間有傳說，呂文煥降元后，被蒙古人無情地殺了。這只是老百姓的願望，真相當然不是這樣。歷史上，據說呂文煥與文天祥還曾有過一次戲劇性會面，文天祥痛斥呂的降元，呂文煥很狼狽，結巴著說：
“丞相何故罵煥以亂賊？”
成王敗寇，文天祥當過宰相，亡國了，失敗了被俘，便是階下囚，不變節就是刀下鬼。事實上，呂文煥在元朝的官做得很大，老了辭官歸鄉養老，他兒子繼續在朝廷裡做著高官。元朝的著名詩人白樸，曾寫過一首《沁園春》，為榮歸故里的呂文煥祝壽，多多少少有點敷衍，有點拍馬屁，肉麻當有趣：
蓋世名豪，壯歲鷹揚，擁兵上流。
把金湯固守，精誠貫日，衣冠不改，意氣橫秋。
北闕絲綸，南朝家世，好在雲間建節樓。
平章事，便急流勇退，黃閣難留。
菟裘喜遂歸休，著宮錦何妨萬里遊。
似謝安笑傲，東山別墅，鴟夷放浪，西子扁舟。
醉眼乾坤，歌鬟風霧，笑折梅花插滿頭。
千秋歲，望壽星光彩，長照南州。
公元1298年，呂文煥以私人名義，在南京修建了一個常照庵。常照庵在城正北隅，當時只有很大的官，非常有地位的名人，才能出資修建佛寺。修建常照庵的第二年，呂文煥老死家中。
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