R是用於統計分析、繪圖的語言和操作環境。R是屬於GNU系統的一個自由、免費、源代碼開放的軟件，它是一個用於統計計算和統計製圖的優秀工具。以下十幾個經典的互動，分享一下：
1.請推薦比較好的R語言入門書，謝謝！
答：R的入門書籍比較多，其中《R語言實戰》和《R軟件教程與統計分析:入門到精通》比較不錯。
2.有關於R語言在生物信息中運用的專業書籍嗎？
答：有的，《R語言與Bioconductor生物信息學應用》。
3.請簡單介紹一下相關性分析的過程。
答：如果需要計算兩個變量的相關係數，可以使用cor函數，該函數可以計算三種相關係數："pearson", "kendall", "spearman"。例如，有兩個變量x和y，要計算他們的pearson相關係數，方法如下：cor(x,y,method = "pearson")。
4.畫Venn圖的時候怎麼按照面積比例畫圖？
答：可以使用Vennerable包提供的方法來繪製按照面積比例顯示的文氏圖。利用這個包繪製的一些圖形可以參見下面文檔：
https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/*checkout*/pkg/Vennerable/inst/doc/Venn.pdf?revision=52&root=vennerable。
5.用ggplot畫圖橫座標是日期並已經用as.Date定義過，畫圖後，橫座標的日期是漢語，如何變成阿拉伯數字形式2014-12-24？
答：可以在用as.Date設置日期的時候就指定格式，如as.Date("2014年12月24日", "%Y年%m月%d日")。然後在使用ggplot繪圖的時候，加上語句scale_x_date(date_labels = "%Y-%m-%d")便可得到如2014-12-24形式顯示結果。
6.shiny包有使用嗎？效果怎麼樣？
答：用過，我們有一個用於代謝組數據分析的網站就是用Shiny包開發的：http://metax.genomics.cn/metaX/。Shiny使開發者在不具備複雜的HTML、JavaScript知識就能開發交互式web應用，使用相對簡單。這裡有用Shiny開發的一些web應用：https://shiny.rstudio.com/gallery/https://shiny.rstudio.com/gallery/。
7.ggplot碰到既要畫點又要畫線這種情況怎麼編寫？
答：利用ggplot在同一張圖上既要畫圖又要畫點，可以藉助兩個幾何對象函數geom_point和geom_line，如下是一個例子：
library(ggplot2)
a
ggplot(data = a,aes(x=x,y=y))+
geom_point()+
geom_line()
8.可以再給幾個作圖的例子嗎？比如火山圖？
答：在此向大家推薦一個網站：
http://www.r-graph-gallery.com/all-graphs/
這個網站收錄了大量的用R繪製的圖形，包括產生對應圖形的代碼。
9.怎麼進行轉錄組基因共表達分析以及計算基因與代謝物的相關性？
答：可以用WGCNA包裡的函數來進行基因共表達分析，除此之外，還有一些其它的R包可以用於共表達分析：如DECODE，petal等。計算基因與代謝物表達的相關性可以藉助R裡的相關性計算函數cor。在獲得基因與代謝物表達的相關性信息後，可以藉助R包igraph來構建相關性網絡以及可視化。
10.如何知道自己需要用到的函數在什麼“包”裡？
答：這個可以根據函數的來源查找。如果不清楚，可以通過我課程裡介紹的幾個R 相關的搜索網站（像Rseek）來通過函數搜索對應的包。
11.Python可以取代R語言嗎？
答：目前來說，R在繪圖和統計分析方面的功能是非常強大的。雖然近幾年Python在繪圖和數據分析方面的發展很快，在某些領域可能要好於R，但總體來說，R在繪圖和統計分析方面的功能目前來看要優於Python。Python要取代R，短期內是不可能的。
12.如何繪製聚類熱圖？
答：R裡有比較多的繪製熱圖的函數。比如內置包裡的heatmap函數，以及pheatmap包裡的pheatmap函數。除此之外，還有可以繪製複雜聚類熱圖的包ComplexHeatmap。
13.如果想自學R語言，請問看哪些書比較合適，有沒有什麼順序？
答：自學R語言入門書籍比較多，其中《R語言實戰》和《R軟件教程與統計分析:入門到精通》比較不錯。如果對繪圖比較感興趣，可以看看《R數據可視化手冊》。
14.R語言具體使用起來有什麼建議？
答：多用，遇到問題首先借助google，百度等搜索引擎，在網上尋修答案，此外也可以多向有經驗的人學習請教。
15.請問生物信息學的前景？
答：目前生信人才缺口比較大，總的來說待遇在向越來越好的方面發展。可以看到，目前有不少生物信息崗位招聘要求裡提到對R編程能力的要求。
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