股東以貨幣出資的，應當將貨幣出資足額存入公司在銀行開設的賬戶。如果股東未將出資存入擬設立的公司的公賬，而是由股東代公司直接支付了競買保證金等款項，屬於出資程序瑕疵。但不能因出資程序瑕疵而否認足額完成出資義務的事實。
在公司運營的過程中，經常會出現資金流轉不合規的情況，為了避免未來發生潛在的糾紛，建議：
1、公司設立前，股東如代公司支付保證金等款項，應首先明確該筆資金的性質屬於出資還是借款。如果說這筆款項性質屬於出資，則應將資金轉至公司賬戶完成出資，再從公司賬戶付出。但現實中很多情況是直接大股東就把款項給直接支付了，而沒有走賬這一過程，這與《公司法》規定的“股東以貨幣出資的，應當將貨幣出資足額存入有限責任公司在銀行開設的賬戶”有出入，這屬於出資瑕疵，但過程瑕疵不等於無效，但會引起潛在的訴訟，建議能合規儘量合規。
2、對於股東是否完成出資的問題，最高法採取的是實質重於形式的原則。根據已有判決來看，最高法不會因為出資程序瑕疵而否認股東實際已履行足額出資義務的情形。雖然目前公司法及公司登記條例均變更為認繳制，不要求公司必須強制驗資。但是，如果實際情況是公司要完成一件比較重大的投資，或者跟別人設立公司，涉及金額比較大，建議出資後及時辦理驗資，這樣子倘若潛在糾紛發生，將會有更充分的證據予以應對風險。
關聯：《公司法司法解釋三》
第13條規定：股東未履行或者為全面履行出資義務，公司或者其他股東請求其向公司依法全面履行出資義務的，人民法院應予支持。
公司債權人請求未履行或者為全面履行出資義務的股東在未出資本息範圍內對公司債務不能清償部分承擔補充賠償責任的，人民法院應予支持。未履行或為全面履行出資義務的股東已經承擔了上述責任，其他債權人提出相同請求的，人民法院不予支持。
股東在公司設立時未履行或者未完全履行出資義務，依照本條第一款或第二款提起訴訟的原稿，請求公司的發起人與被告承擔連帶責任，人民法院應予支持。公司發起人承擔責任後，可以向被告追償。
股東在公司增資時未履行或者完全履行出資義務的，依照本法第1款或者第2款提起訴訟的原高，請求未盡公司法規定的義務而使出資未足額繳納的董事、高管人員承擔相應責任的，人民法院應予支持；董事、高管承擔責任後，可以向被告追償。
關聯案件：
最高法：葛章春、宋迎武股東損害公司債權人利益責任糾紛再審審查與審判監督裁定書（2017）最高法民申3082.
閱讀更多 曉君有說法 的文章
