董卓失敗了，軍閥與門閥的爭鬥以門閥的勝利塵埃落定了，但是門閥士族的內鬥持續了幾百年，直至唐末士族才衰落，軍閥統治的時代才來臨。
董卓亂政以後，漢王朝對各地的統治力已經衰弱到了極點，漢獻帝成了一個移動的玉璽。門閥的爭鬥與兼併快速的進行，小的勢力被少數的大勢力所兼併，群雄逐鹿的年代下，公孫瓚、袁紹、曹操、呂布、袁術、孫策、劉表、劉璋等在各地稱雄稱霸。袁紹滅了公孫瓚之後，擁有四州之地，而曹操滅了呂布、劉備之後擁有三州，兩個大勢力的碰撞已經不可避免了，官渡之戰爆發了，戰役足足持續了一年。
在這一年之中，張繡聽從賈詡的勸告，歸降曹操。劉表雖然表面上答應支持袁紹，但他並未出兵，持觀望態度。曹操用衛覬之計，鎮撫關中，並在官渡開始構築防禦工事，以防備袁紹攻擊許都。建安五年正月，曹操出人意料地先進攻徐州的劉備。眾將認為應先打袁紹，曹操說：“劉備是人中豪傑，現在不打，將來必有後患。袁紹有大志向，但反應遲緩，肯定不會行動的。”遂進軍，以迅雷不及掩耳之勢擊破劉備于徐州，關羽被生擒投降，旋即還軍官渡。當曹、劉作戰正酣之時，袁紹謀士許攸建議袁紹“舉軍而襲其後”，但袁紹以幼子有病為辭拒絕採納，致使曹操從容擊敗劉備回軍官渡。二月，袁紹率步兵十萬、騎兵一萬，進軍黎陽（今河南浚縣東北），準備渡河，同時派遣顏良進攻白馬（今河南滑縣東北）。四月，曹操用荀攸之計，聲東擊西，佯裝欲於延津渡河，誘使袁紹分兵西向，實則輕兵突襲白馬，顏良於陣間措手不及，為關羽所殺。白馬之圍遂解，曹操遷移民眾，沿河西退。袁紹率軍渡河，追擊曹操，至延津南。曹操令騎兵解鞍放馬，將輜重丟棄。文丑與劉備帶著五六千騎兵先後追至，士兵們爭奪輜重，情況混亂。曹操以五百餘騎，乘機突擊，文丑死於亂軍之中（被徐晃斬殺，並不是關羽斬殺）。此後，曹操還軍官渡，袁紹進保陽武（今河南原陽東南），關羽復投劉備。當時，江東孫策意欲偷襲許都，卻被刺客暗殺。汝南黃巾軍劉闢叛變，袁紹使劉備前往相助，為曹仁擊破。這場戰役中為很多名將的成名之戰，也是很多名將的墳墓。關羽出名了陣斬顏良，卻沒有誅文丑，這點正史跟演義的差距。
袁軍初戰失利，但兵力仍佔優勢。七月進軍楊武（今河南省中牟縣北），準備南下許昌。八月，袁軍主力接近官渡，依沙堆立營，東西寬約數十里。曹操也立營與袁軍對峙。九月，曹軍一度出擊，沒有獲勝，退回營壘堅守。袁紹構築樓櫓，堆土如山，用箭俯射曹營。曹軍依謀士劉曄之計製作了一種拋石裝置的霹靂車，發石擊毀了袁軍所築的樓櫓。袁軍又掘地道進攻，曹軍也在營內掘長塹相抵抗，粉碎了袁軍的計策。雙方相持3個月，曹操外境困難，前方兵少糧缺，士卒疲乏，後方也不穩固，曹操幾乎失去堅守的信心。荀彧給予曹操方面決心，使得曹操得以堅持危局，加強防守，命負責後勤補給的任俊採取10路縱隊為一部，縮短運輸隊的前後距離，並用復陣（兩列陣），加強護衛，防止袁軍襲擊；另一方面積極尋求和捕捉戰機，擊敗袁軍，不久派曹仁、史煥截擊、燒燬袁軍數千輛糧車，增加了袁軍的補給困難。同年十月，袁紹又派車運糧，並令淳于瓊率兵萬人護送，屯積在袁軍大營以北約20 公里的古裡（河南延津縣內）、烏巢（今河南延津東南）。恰在這時，袁紹謀士許攸投奔曹操，建議曹操輕兵奇襲烏巢，燒其輜重。曹操立即付諸行動，留曹洪、荀攸守營壘，親自率領步騎5000，冒用袁軍旗號，人銜枚馬縛口，各帶柴草一束，利用夜暗走小路偷襲烏巢。到達後立即圍攻放火。袁紹獲知曹操襲擊烏巢後，只派輕騎救援，主力則猛攻曹軍大營。可曹營堅固，攻打不下。當曹軍急攻烏巢淳于瓊營時，袁紹增援的部隊已經迫近。曹操勵士死戰，大破袁軍，殺淳于瓊等，並將其糧草全數燒燬。袁軍前線聞得烏巢被破，導致軍心動搖，內部分裂，大軍遂潰。袁紹倉惶帶800騎退回河北，曹軍先後殲滅和坑殺袁軍7萬餘人。
官渡之戰，經過一年多的對峙，至此以曹操的全面勝利而告結束。曹操以兩萬左右的兵力，出奇制勝，擊破袁軍十萬。這個戰例成為中國歷史上以弱勝強，以少勝多的典型戰例。曹操以其非凡的才智和勇氣，寫下了他軍事生涯最輝煌的一頁。建安七年（202年），袁紹因兵敗憂鬱而死，曹操乘機徹底擊滅了袁氏軍事集團，建安十二年（207）年，曹操又征服烏桓，至此，戰亂多時的北方實現了統一。
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