水草在購入植入缸中前，大多數屬於陸上水型的栽植，因此在購買後，需要作一些處理，才可入缸，而其中最重要的就是消毒工作，以消滅附著水草之枝葉或根部的藻類、病原菌、寄生蟲、水蛭、蝸牛、白線蟲等。 消毒缸的水溫可提高至28℃（待消毒工作完畢，再慢慢調整至22～24℃），以加速藻類孢仔的孵化，縮短消毒日數。
消毒方法：
A：硫酸銅 消毒液浸10分鐘後，在流動的清水中清洗一小時，每日一次，連續三天。硫酸銅30g沖泡10公升水，即為硫酸銅消毒液。使用後可裝瓶密封，保存續用。消毒工作時，請戴手套以免毒液進入毛細孔，造成中毒。
B：過氧化氫（雙氧水）： 將雙氧水以噴霧器噴霧全株（含根部），噴透至發泡滴水為止，然後再以清水噴霧清洗藥水，再浸入流水中十分鐘。
C：稀濃度漂白水 浸泡五秒鐘後以清水沖洗漂白水，再浸入流水中漂浮片刻。如此反覆三次。（本法限有莖水草適用）
D：高錳酸鉀 高錳酸鉀10g沖泡10公升水，將水草浸入該消毒液中10分鐘後取出，並以清水清洗。
E：甲基藍 甲基藍5g沖泡10公升水後，水草浸入10鍾後取出，徹底的在流動（繼續將新水注入）水中漂洗一小時，否則葉片較薄的水草葉片，則會染上淺藍色的小點。
以上方法不一定全部使用，但最好使用多種方法消毒效果更好。 解除休眠中的種子 如遇球莖類水草休眠時期，可以打破休眠後栽植。解除休眠狀態的方法以99%純度冰醋酸，以1:300比率（即冰醋酸1份， 清水300份稀釋）浸泡，水溫25--30℃，浸泡24小時，持續打氣，經過一天後撈出再浸入清水中，一小時後撈出即可解除休眠狀態。
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