2月11日，國務院召開常務會議，決定對罕見病藥品給予增值稅優惠。從3月1日起，對首批21個罕見病藥品和4個原料藥，參照抗癌藥對進口環節減按3%徵收增值稅，國內環節可選擇按3%簡易辦法計徵增值稅。
2月22日，財政部發布通知：自2019年3月1日起，對首批21個罕見病藥品和4個原料藥，減按3%徵收進口環節增值稅。
關於罕見病藥品增值稅政策的通知
財稅〔2019〕24號
各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政廳（局），新疆生產建設兵團財政局，海關總署廣東分署、各直屬海關，國家稅務總局各省、自治區、直轄市、計劃單列市稅務局：
為鼓勵罕見病製藥產業發展，降低患者用藥成本，現將罕見病藥品增值稅政策通知如下：
一、自2019年3月1日起，增值稅一般納稅人生產銷售和批發、零售罕見病藥品，可選擇按照簡易辦法依照3%徵收率計算繳納增值稅。上述納稅人選擇簡易辦法計算繳納增值稅後，36個月內不得變更。
二、自2019年3月1日起，對進口罕見病藥品，減按3%徵收進口環節增值稅。
三、納稅人應單獨核算罕見病藥品的銷售額。未單獨核算的，不得適用本通知第一條規定的簡易徵收政策。
四、本通知所稱罕見病藥品，是指經國家藥品監督管理部門批准註冊的罕見病藥品製劑及原料藥。罕見病藥品清單（第一批）見附件。罕見病藥品範圍實行動態調整，由財政部、海關總署、稅務總局、藥監局根據變化情況適時明確。
附件：罕見病藥品清單（第一批）
財政部 海關總署 稅務總局 藥監局
2019年2月20日
附件
涉及藥品稅號
以下為公告所涉及的商品十位編碼（編碼來源：2019年新稅則編碼Excel優化版），圖示中增值稅為現執行稅率，2019年3月1日正式實施後，將減按3%徵收進口環節增值稅。
藥品進出口申報最新注意事項
2019年藥品進出口報關時，對於列入“L”證管理的藥品，錄入報關單時會提示“L”證的，與此對應有兩種情況：
情況一：國家食品藥品監督管理局可簽發“L”證，直接添加“L”證申報。
情況二：國家食品藥品監督管理局不簽發“L”證，則要增加備註欄信息“不含聯合公告第39號2019年興奮劑目錄公告內的品種”和上傳附件（1.書面報告和2.藥品成分說明書），海關亦可辦理正常放行手續。
如果少了以上備註欄和隨附單證欄的信息，企業只能改單補充完整後，海關才可以辦理報關單放行手續。（此條企業切記如實申報，以備海關後續監管和查驗）。
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