康有為是維新變法的靈魂人物，光緒帝對他的政治主張大多表示贊同。這一時期，維新派顯示出很強的政治活力，在康氏的鼓動之下，維新變法迅猛開展。當時的一個外國人這樣描述中國的政治變革：“
在短短几個月之內，光緒帝要把幾十個同樣困難的問題都解決掉。為了解決這些問題，京城裡組成了一個維新派，成員多是激進甚至魯莽的年輕讀書人。這些年輕人沒有一個真正具備政治家的素質。他們其中有不少人才華橫溢，但卻被變法的熱情衝昏了頭腦，他們忘記了掌握國家大權的是統治了中國四千多年的那些思想保守的人。”康氏作為一名書生，在公車上書之前，他沒有具體的行政管理經驗，只是生搬硬套西方的政治體制，看似新鮮，但很多措施不符合清廷實際情況，加上性格狂放不羈、行事多偏激，無論從各方面的比較，他都不具備真正領導戊戌變法的能力，再加上政治上相當稚嫩、不成熟，就註定了戊戌變法運動失敗的結局。
光緒二十四年（1898 年）4 月，新政開始之初，光緒帝尚能事事向慈禧太后稟報，大事多請慈禧太后裁定。但是，慈禧太后對光緒請示的變法事項多不表態，只是默默的觀察。到了變法的後期，光緒帝在用人方面受到康氏的鼓動，越走越遠，他為了謀取變法的主動權，要革去“守舊衰謬之大臣”，大量維新變法人士被起用，這就招來守舊勢力的強力反對。以慈禧為代表的守舊勢力便不能袖手旁觀，慈禧作為清廷最高權力掌控者，從掌權者的角度上講，希望國家強盛的出發點是不變的，關鍵是誰來主導變法，怎麼變法。所以，慈禧不是戊戌變法的天然反對者，直到戊戌政變時，慈禧也沒有完全反對變法圖強，但她不能容忍的是企圖通過變法從她手中奪走權力的人，她不會容忍康有為來領導變法，所以，當康氏欲求“速變、大變、全變”之時，慈禧不得不採取政變的形式由幕後走向前臺，這也進一步加速維新變法的徹底流產。
從慈禧對百日維新的政治態度來看，我們可以確信，慈禧本意並不反對通過變法達到國家強盛的目的，這就導致包括袁世凱在內的大批官員的政治言論從戊戌變法伊始傾向變法，或者在行動上表現出傾向變法圖強的意向，畢竟這是政治表態。但袁的政治表態和具體實施策略卻與維新派有本質不同，這在前文已作對比。但維新派認為袁世凱是傾向於支持變法，同時可以幫助他們實現政治奪權的關鍵人物，實際上袁氏的變法主張和政治態度與維新派有相似之處，但本質絕不相同。這一點，政治經驗欠缺的維新派並沒有看透。這也說明，為什麼康有為、譚嗣同等維新派人會邀請袁世凱“圍園劫後”。袁氏畢竟是混跡官場多年的老江湖，在戊戌政變期間，帝后兩黨爭權之際，作為袁世凱心腹幕僚的徐世昌前往康有為寓所打探虛實，還和康有為等“相與痛哭”，商量如何營救光緒帝的策略。但徐世昌見維新派平素談論政治頭頭是道，到了緊要關頭，除了痛哭，別無良策，政治伎倆不過如此，於是也只能掬一把熱淚和康氏玩一次感情共鳴，打個圓場、賣個面子。當維新人士請求袁世凱派兵勤王誅殺榮祿的時候，袁氏也假惺惺的表態：
“殺榮祿乃一狗耳”。而在行動的關鍵時刻，袁世凱採納了徐世昌的建議，“帝雖一國之主，然當國日淺，勢力脆薄，後則兩朝總持魁柄，廷臣疆帥，均其心腹，成敗之數，可以預卜。與其助帝致禍，寧附後而取功名。袁為所動，告變之謀遂決。”戊戌政變後，慈禧太后重新“訓政”，將光緒帝囚禁於中南海瀛臺，下令廢除百日維新期間推行的絕大部分政策。康有為、梁啟超逃亡國外，譚嗣同、楊銳、劉光第、林旭、楊深秀、康廣仁在北京菜市口殉難。袁氏在戊戌變法中扮演著出賣光緒帝和維新派的角色，光緒帝“日書項城（袁世凱原籍項城，人稱袁項城），名以志其憤”，“畫成一龜，於背上填寫項城姓名，粘之壁間，以小竹弓向之射擊，既復取下剪碎，令片片作蝴蝶飛。蓋其蓄恨於項城至深，幾以此為常課”。1908 年 11 月，光緒、慈禧相繼死去，光緒帝的弟弟載灃為監國攝政王，成為清朝實際的最高統治者。載灃是光緒帝的胞弟，自然對袁世凱心懷仇恨，大有為兄報仇之意。此是袁氏被罷免回籍的重要原因之一。
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