在一處昏暗的書房中，教父維託柯里昂撫摸著貓咪，正接見一名借婚禮之機有求於他的訪客。而窗外正熱鬧非凡。名流們慶祝著教父的女兒康妮和女婿卡洛的婚禮，加上當紅歌手強尼的到來，果不其然在婚禮現場引起了許多粉絲的尖叫。
在來參加婚禮的人群當中，維託柯里昂最小的兒子麥克，帶著自己的女友凱來參加婚禮。麥克告訴凱，強尼如此大紅都是父親一手造就的，因為是父親手槍頂著樂隊領班的頭，如果樂隊領班不答應，那麼他就會面臨腦袋開花的下場。凱聽完後很是震驚，麥克很自然的解釋，那是我的家庭，我不會那樣做。
婚禮結束後，強尼來到書房裡開始向教父哭訴。原來有一個再度走紅的機會就擺在自己面前，是一部新電影的主角，根本就是為他量身定做，應該由他來演可是電影公司老闆斷然拒絕了他的毛遂自薦。教父為了滿足強尼的要求，要給電影公司老闆開個無法拒絕的條件，隨後安排軍師湯姆去辦好這件事。
當軍師來到好萊塢片場後，電影公司老闆知道來者不善，但還是假裝熱情接待了他，並向他炫耀一匹價值60萬美元的駿馬。軍師提及強尼想扮演那個新角色的事情時，老闆臉色一變，聲稱堅決不會讓強尼拿到這個角色，因為這就是對拐走自己女星的懲罰。然而，第二天一早，老闆醒來感覺被窩裡有些異樣，掀開被子一看居然是他剛炫耀沒多久的那匹60萬駿馬的頭。
把好萊塢的事情搞定後，軍師便立刻趕回來和教父商量關於土耳其毒梟索拉佐的事情，得知毒梟已來到紐約，想要在美國發展毒品生意就得有黑社會五大家族做他的後盾。
而維託柯里昂家族掌握著政府關係，是很重要的關鍵，但教父一開始就打定了碰不得毒品的決定，禮貌回絕了毒梟的要求，誰知教父的長子桑尼說漏了嘴，讓毒梟覺得有機可乘。
毒梟特意在教父的一次外出中，安排兩名槍手在集市上刺殺了他。與此同時，軍師被毒梟劫走，還告訴軍師教父已死，希望軍師可以去說服桑尼參與毒品生意。實際上，教父雖身中數槍卻有幸生還，教父的兒子們將重傷的父親安頓好後，準備反擊。首先找的就是出賣了教父的保鏢，輕鬆將保鏢誘拐出來並結果了他的性命。
麥克在探望醫院裡的父親時，意外地制止了敵人對教父的第二次暗殺，還發現了警長原來已經被毒梟買通。毒梟眼看兩次暗殺都不成功，就提出了談判，並指明讓維託柯里昂家族裡看上去最沒威脅也毫無黑社會經驗的麥克來談。
麥克意識到毒梟不殺死父親是決不罷休的，決定將計就計藉以談判機會除掉毒梟和警長。但麥克身上是不能帶武器的，他們預先打聽到談判的地點，在廁所的馬桶後面藏好了槍支。他在談判中藉口去洗手間拿到武器後迅速擊敗毒梟和警長。
按著計劃，麥克遠走意大利躲避風頭。雖然毒梟已死，但戰爭還未結束。其餘四大家族中還是有人對毒品交易十分感興趣，可是教父不合作的話，他們也無法順利販毒，於是新的鬥爭又開始了。桑尼得知妹妹康妮受到妹夫卡洛的虐待時，一言不合就驅車找卡洛算賬，軍師還來不及阻攔緊隨其後，最後卻只見到了滿身槍眼的桑尼。
教父的長子桑尼被謀殺，最小的兒子也被迫遠走意大利避難，另一個兒子卻平平無奇毫無領導才能。教父心力交瘁，不想再失去其他家庭成員，而且迫切需要麥克回來接班。
隨後教父開始出席全紐約黑幫代表大會，警告其他四大家族首腦，他絕不會像對賭博和皮肉生意那樣對毒品交易睜一隻眼閉一隻眼的，一旦參與販毒，那麼政界的重要人物與自己的友誼，聯邦政府對黑社會的容忍也就真的到頭。
然而此時的其他家族已唯巴西尼馬首是瞻，巴西覺得教父未免太謹慎，並強制要求他握有的全紐約法律界和政界勢力要和他們分享。教父有些抵不住其餘家族施加的壓力，只好暫且同意提供幫助，並不再追究長子遇害的事，並要求其餘家族能確保麥克安全回國。
此時的麥克在意大利避難，並和當地的美麗姑娘結了婚。但後來因為黑幫的追殺，妻子不幸在車中被炸死，等到回美國繼承家業時，已是孤身一人的他再次結婚，新妻子是闊別已久的前女友凱。
麥克也不再是以前那個能置身這家族以外的青年軍官，成了領導家族的新首領。現在的其他家族如軍師當年所言，都通過販毒獲得了鉅額利潤，教父家族逐漸在紐約難以立足。老教父自有自己的打算，想要和小兒子麥克著手將柯里昂家族洗白，將黑幫非法事業轉變為合法的娛樂演藝事業。
多年後，在一個陽光明媚的日子裡，麥克帶著妻兒來拜訪父親維託。和孩子玩耍時，誰知父親心臟病突發，悄然離世。在老教父的葬禮上，麥克不動神色觀察著每一位來賓，父親去世前的囑咐也還在耳邊迴響：誰邀請你去和巴西尼談話，那人就是叛徒。
當泰西歐走上前來時，麥克已明白一切。老教父的手下們紛紛給其餘家族的首領都送去了專屬柯里昂的問候，沒錯就是用槍支來擊殺。
當麥克親自來到姐夫卡洛面前，告訴他巴西尼和其餘家族頭領已死，讓他坦白參與謀殺哥哥桑尼的事情。得到了麥克的“不會讓妹妹成為寡婦”的保證，卡洛這才承認與巴西尼勾結謀害桑尼。
麥克怎麼會輕易放過這個殺人兇手，很快處決了卡洛。失去了丈夫的康妮歇斯底里告訴凱，是邁克殺死了自己的丈夫，麥克則輕描淡寫讓人支走了妹妹康妮，凱有些謹慎的問到，這都是真的嗎。麥克卻搖了搖頭，不是。凱鬆了一口氣，正轉身離開，回頭卻看到柯里昂家族的元老們正向麥克致敬......
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