目前生產上推廣的抗蟲棉都是轉基因抗蟲棉，是外源Bt基因等導入棉花體內後經選育而成，因此與常規棉相比具有以下不同特點：
棉花種植常識中雜交棉與常規棉有以下區別：雜交棉是通過兩種不同基因型的品種交而其後代是雜合體，中只能應用種一代，其二分離，不可再用年年都要制種。而常規棉其基因型是純合穩定的，可以續種繁殖。產量也高。
雜交棉綜合了父母本的優劣基因的互補或者優勢基因的累加，表現出苗期長勢強、出葉速度快、整齊一致，葉片數 多；植株較高，果枝較長，果枝數和果節數多，生物產量高 等構成產量基礎的一些指標均較常規棉優良，因此雜交棉的產量一般較常規棉增產顯著，朽代可使棉花皮棉畝產提高 10%〜20%,應用雜交棉2可使皮棉畝產提高5%〜10%, 具有超親優勢。
但雜交棉易早衰，防止雜交棉早衰的主要對策有：①正確選擇品種。選擇適應本地區氣候條件的省審和國審的抗病蟲並且後期生長勢強的品 種。②適期播種。長江流域以4月中旬為宜。③注重施壯桃肥6 採用測土配方施肥，合理施肥，施肥原則上要配合使用農家肥、 有機肥和微肥，施足底肥，早施、重施花鈴肥，注重施壯桃肥和 後期補噴葉面肥，延長功能葉的壽命，利於大桃的形成和高產。④防旱排漬，要開好三溝，遇旱澆水，逢漬必排。⑤加強病蟲害 防治。
一、營養生長勢稍弱
棉花植株體內的外源抗蟲基因在其表達過程中，對自身的內源激素的含量與分佈產生了較大的影響，導致抗蟲棉生長點赤黴素含量下降，分佈減少，因此在同等條件下抗蟲棉的營養生長勢不及常規棉。在生產上表現為植株略矮、株型較緊湊、葉片稍小等。實際表現為果枝多，葉枝少。當然果枝和葉枝生長主要受溫度影響，低溫長葉枝，高溫長果枝。如2017年棉花果枝多，葉枝少而短；而2016年表現為葉枝長的旺！
二、對某些氣候因素較為敏感
近幾年的研究表明，抗蟲棉特別是常規抗蟲棉(非雜交棉)對高溫較為敏感，在高溫條件下花粉敗育或授精不良，導致蕾鈴大量脫落或棉鈴較小、畸形等；部分抗蟲棉品種則對水分較為敏感，抗溼性較差，在生產上表現為根系發育不良，後期易早衰。實現表現為雜交抗蟲棉受高溫影響，纖維短而粗，馬克隆值偏高現象，如2015年和2017年雜交棉產區棉花品質表現。
三、對鉀營養需求較高
近幾年實踐表明，抗蟲棉對鉀的需求大於常規棉，在同等條件下比常規棉高20%左右。因此，如鉀肥投入不足，造成棉花發育不良、蕾鈴脫落增加、鈴重和品質下降，缺鉀嚴重的導致棉花脫葉早衰。雜交抗蟲棉表現為缺鉀，紅葉早衰，尤其是惡劣天氣的影響，8月中下旬如遇低溫、大雨或風災的影響，極有可能發生零星紅葉至點片紅葉早衰現象。
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