上學之前，樊振東的父母聽說小學裡有運動隊，進運動隊的孩子能免一些學費，就給他在廣州市海珠區少年宮報名學乒乓球，在被選拔到廣州市偉倫體育運動學校之前，一直師從海珠區少年宮及海珠區教練文浩光，楊碧瑜和鄭靜軒。同時樊振東小學就讀於廣州市海珠區同福中一小
（乒乓球重點小學），樊振東因代表學校參加了市裡的比賽，被市體校挑中，每天上午上課，下午請假去市體校訓練。
2004年，樊振東代表海珠區少年宮參加“新苗杯”青少年乒乓球賽獲得新苗一組男子第一名。2008年，11歲的樊振東被八一隊選中。2011年底，樊振東參加了國家二隊和省市隊在通州的集訓，在大循環中獲得了第一名。
2012年2月，樊振東如願進入國家隊。10月，年僅15歲的樊振東參加2012年全國乒乓球錦標賽，在男單1/8決賽，以4：3的比分擊敗世界冠軍王勵勤成功闖入男單8強。11月，參加在江蘇句容舉行的2012年全國青年乒乓球錦標賽，在男團比賽中，樊振東幫助隊伍收穫金牌。在男單方面，樊振東一路奏凱殺進決賽，在3：2領先的情況下遭內蒙古選手、衛冕冠軍馬特逆轉，收穫銀牌。12月，樊振東第一次參加世界級比賽——2012乒乓球世青賽，在男團1/4決賽和半決賽中，與林高遠和範勝鵬代表中國男隊出場，先是以3：0完勝德國隊，後以3：1淘汰法國隊。決賽中，再次與林高遠和徐晨皓配合代表中國男隊出場對陣日本隊，比賽中樊振東出任第一單打，兩度擊敗對手，幫助中國男隊就以3：1的總比分戰勝日本隊，奪得世青賽男團冠軍。同時，樊振東還在男單決賽中，在先失兩局的情況下，以4：2逆轉林高遠，奪得男單冠軍。在混雙比賽決賽中，與劉高陽搭檔以4：3的比分贏得比賽獲得冠軍。在男雙比賽中，與範勝鵬組合以0：4落敗獲得銀牌。
2013年1月3日，在中國乒乓球隊直通巴黎第一階段爭奪中，年僅16歲的樊振東力壓諸多名將，爆冷獲得了第2名，也就此成為最大的一匹黑馬。1月15-19日，在中國男乒進行了直通巴黎第二階段的選拔中，樊振東最終取得了第八名的成績。此後在第二階段附加賽中與閆安出線，進入第三階段。2月3日，在直通蘇州選拔賽中，樊振東以3：1的比分戰勝馬龍，獲得蘇州世錦賽第一張男單入場券。4月，中國乒乓球隊經過國內一系列的選拔賽最終確定了征戰名單，樊振東也在名單之列獲得了參賽資格。5月，首次出戰第52屆巴黎世乒賽，在第一輪輕鬆戰勝資格賽選手後，第二輪以大比分4：3險勝葡萄牙選手蒙泰羅。此後以0：4的比分不敵衛冕冠軍張繼科而止步第三輪。7月，在2013亞洲乒乓球錦標賽中，在男單方面，1/4決賽負於日本選手鬆平健太，止步8強。男團方面，決賽中與許昕、馬龍搭檔代表中國隊出戰，並幫助中國隊在第3盤裡擊敗岸川聖也，以3：0的比分橫掃日本隊，奪得男團8連冠。8月，在第二屆亞洲青年運動會乒乓球項目男單決賽中，樊振東戰勝梁靖昆獲得冠軍。9月，在第12屆全運會上，男團比賽裡他與王皓、周雨奪得個人全運賽場第一金；男雙比賽中，樊振東又與周雨合作問鼎冠軍；男單方面接連淘汰大滿貫得主張繼科、上海直板第一人許昕闖進決賽，但最終以3：4惜敗當時世界排名第一的男單頭號種子馬龍，屈居亞軍。11月，在國際乒聯巡迴賽波蘭公開賽上，還不滿17歲的樊振東與周雨會師男單決賽，最終以4：2力克對手，成為乒聯巡迴賽史上最年輕的男單冠軍得主。
2014年3月22日，在亞洲盃乒乓球賽男單決賽中，以3：4惜敗於馬龍，奪得亞軍。8月20日，在第二屆夏季青年奧林匹克運動會乒乓球男單決賽中，以3：1的比分戰勝日本選手村松雄鬥。樊振東也由此完成了世界青年頂級乒乓球賽的大滿貫。10月，在仁川亞運會男單決賽中，以2：4的比分落敗於許昕獲得銀牌。同時，又與馬龍、張繼科、許昕、周雨獲得仁川亞運會男團冠軍。11月，在全國乒乓球錦標賽中與許昕搭檔問鼎男雙冠軍，後又在男單決賽中擊敗馬龍獲得全錦賽男單冠軍。
2015年1月，與張繼科、馬龍、許昕、方博獲得迪拜世界盃團體賽男團冠軍。2015年7月28日，乒超聯賽男子比賽第13輪中八一隊18歲小將樊振東本輪又拿到一場勝利，至今個人勝率依然為100%。24戰全勝，樊振東打破了2012年馬龍23戰全勝的乒超紀錄。
2017年4月16日，2017年乒乓球亞錦賽男單決賽，樊振東3-0輕取韓國選手丁祥恩，拿下冠軍。2017年6月4日，德國杜塞爾多夫世乒賽男雙決賽，在中國組合樊振東/許昕與日本組合森園政崇/大島祐哉之間進行，樊振東/許昕最終4-1（11-9、16-14、11-9、6-11、13-11）戰勝這對日本組合奪冠。2017年6月5日，2017年杜塞爾多夫世乒賽展開男單決賽爭奪，樊振東3：4不敵馬龍，獲得男單亞軍。
2018年1月22日凌晨，2018年國際乒聯第一個巡迴賽匈牙利公開賽決出四項冠軍，全部被國乒獲得。樊振東在男單決賽中以4比1擊敗另一位中國選手王楚欽，奪得冠軍；他還和於子洋搭檔，奪得男雙冠軍，成為本次賽事的雙冠王。2月11日，2017-2018賽季乒超聯賽進入收官日。樊振東以23勝6負積309.639分與個人積分完全相同的馬龍，共同獲得乒超聯賽MVP。樊振東因此實現了乒超MVP的三連冠。倫敦時間2月25日，2018倫敦乒乓球世界盃男團決賽上，中國隊以3-0擊敗日本隊奪得冠軍。其中，樊振東在第二盤3-0擊敗日本隊的張本智和。3月11日，樊振東獲得2018年國際乒聯卡塔爾公開賽男單冠軍並和許昕搭檔獲得男雙冠軍。4月3日，國際乒聯官網正式公佈4月的世界排名，樊振東排名男單世界第一，他是乒乓球歷史上第19位男單世界第一，國乒第11位男單世界第一，也是新世紀最年輕的男單世界第一。8月28日，2018年雅加達亞運會乒乓球男團決賽，中國隊3-0完勝韓國隊實現七連冠。決賽中樊振東3：1戰勝韓國選手鄭榮植。9月1日，亞運會乒乓球男單冠軍爭奪戰，樊振東總比分4-2力克林高遠奪冠。
2019年4月6日，在日本橫濱舉行的2019年乒乓球亞洲盃男子單打四分之一決賽中，中國選手樊振東以4比1戰勝中國臺北選手林昀儒，晉級半決賽，將與張本智和再度交手。去年亞洲盃小組賽，樊振東曾1-3輸給張本智和，時隔一年，中日乒乓接班人再次在亞洲盃交手。目前樊振東排名世界第一，張本智和排名世界第四，兩人分別是中國隊和日本隊世界排名最高的選手。
自2012年進入男一隊以來，樊振東的表現一直可圈可點，甚至被劉國樑譽為繼馬龍張繼科之後的核心成員之一。樊振東性格沉穩，年少成名，與馬龍有著不少相似之處。
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