到了第一個千年，南美洲廣闊的熱帶雨林，山脈，平原和海岸是數百萬人的家園。估計數有所不同，但通常會給出3千萬至5千萬，而某些估計數則為1億。一些團體組成了永久定居點。
其中包括Chibcha人（“Muisca”或“Muysca”），Valdivia，Quimbaya，Calima和Tairona。哥倫比亞的Muisca，後厄雷拉時期，厄瓜多爾的瓦爾迪維亞，Quechuas和秘魯的Aymara以及玻利維亞是南美洲四個最重要的久坐美洲印第安人群體。
從20世紀70年代開始，在巴西亞馬遜熱帶雨林的森林砍伐土地上發現了許多地貌，支持西班牙人對複雜的，可能是古老的亞馬遜文明的描述。
南美洲和波利尼西亞之間的南太平洋前哥倫布時期接觸理論得到了幾個證據的支持，儘管確鑿的確認仍然難以捉摸。
已經提出人類試劑的擴散來解釋前哥倫比亞人在大洋洲存在的南美洲原產的幾種栽培植物物種，例如葫蘆（Lagenaria siceraria）或甘薯（Ipomoea batatas）。尚未出現這種前哥倫布時期接觸和運輸的直接考古證據。
毛利語和厄瓜多爾語（“kumari”）以及美拉尼西亞語和智利語（“gaddu”）的食用根名稱中的相似之處尚無定論。
2007年在PNAS上發表的一篇論文提出了DNA和考古證據，證明馴化的雞在哥倫比亞時代晚期通過波利尼西亞引入南美洲。
這些研究結果受到同一期刊發表的後期研究的質疑，該研究對使用的年代校準產生了懷疑，並提出了不同於波利尼西亞遺傳起源的替代mtDNA分析。起源和約會仍然是一個懸而未決的問題。
無論早期的波利尼西亞 - 美國交流是否發生，這種接觸的人類遺傳，考古，文化或語言遺產都沒有引人注目。
北奇科文明
在今天秘魯的中北部海岸，Norte Chico或Caral（在秘魯已知）是一個文明，出現在公元前3000年左右（當代城市化在美索不達米亞崛起。）它被認為是文明的一個文明搖籃。世界。它擁有一系列大規模的城市住區，其中位於Supe山谷的Caral神聖城市是最大和研究最多的城市之一。 Norte Chico或Caral是美洲最古老的文明，一直持續到公元前1800年左右。
瓦爾迪維亞文化
瓦爾迪維亞文化集中在厄瓜多爾海岸。他們的存在最近是通過考古發現發現的。他們的文化是美洲最古老的文化之一，從公元前3500年到1800年。
瓦爾迪維亞居住在一個圍繞中央廣場圍成圓形或橢圓形的房屋社區。他們是久坐不動的人，他們依靠農業和漁業生活，但他們偶爾也會尋找鹿。
從已發現的遺骸中，學者們已經確定Valdivians種植了玉米，芸豆，南瓜，木薯，辣椒和棉花植物，其中最後一種用於製作衣物。 Valdivian陶器最初是粗糙和實用的，但它隨著時間的推移變得豔麗，細膩和大。
它們通常使用紅色和灰色;拋光的深紅色陶器是瓦爾迪維亞時期的特色。在其陶瓷和石材作品中，瓦爾迪維亞文化展現了從最簡單到更復雜的作品的發展。
卡納里人
卡納裡是當今厄瓜多爾省Cañar和Azuay的土著土著居民。它們是一個精緻的文明，具有先進的建築和複雜的宗教信仰。印加人摧毀並燒燬了他們的大部分遺體。 卡納裡的舊城被取代了兩次，首先是印加城市Tumebamba，後來是殖民城市Cuenca的同一地點。
這座城市也被認為是哥倫比亞神話中的黃金之城埃爾多拉多的所在地。
Cañari最令人矚目的是，多年來他們以激烈的抵抗擊退印加入侵直到他們落到圖帕克Yupanqui。他們的許多後代仍然存在於卡納爾。大多數人沒有與殖民者混在一起或成為Mestizos。
查文文明
根據一些估計和考古發現，查文是一個秘魯文字文明，建立了一個貿易網絡，並在公元前900年發展農業。在現代秘魯的一個名為查文的地點發現了一件物品，海拔3,177米。 查文文明從公元前900年到300年。
穆伊斯卡人
講Chibcha的社區是前西班牙裔哥倫比亞人中人數最多，領土最廣泛，社會經濟最發達的社區。到了8世紀，土著人民在安第斯山脈北部建立了自己的文明。有一次，Chibchas佔據了現在巴拿馬的一部分，以及哥倫比亞東部塞拉利昂的高原。
他們在哥倫比亞佔領的地區是現今的桑坦德省（北部和南部），博亞卡和昆迪納馬卡。這是第一批農場和工業發展的地方。這也是獨立運動起源的地方。它們目前是哥倫比亞最富裕的地區。
Chibcha是瑪雅人和印加帝國之間人口最多的地區。在秘魯的克丘亞語和玻利維亞的艾馬拉語旁邊，哥倫比亞東部和東北部高地的Chibcha在南美洲久坐不動的土著人民中發展了最著名的文化。
在哥倫比亞的安第斯山脈，Chibcha包括幾個講類似語言的部落（Chibcha）。它們包括以下內容：Muisca，Guane，Lache，Cofán和Chitareros。
莫切文明
Moche在公元100至800年間在秘魯北海岸繁衍生息。 Moche的遺產在他們精心製作的墓葬中被看到。有些最近由加州大學洛杉磯分校的克里斯托弗·B·唐南與國家地理學會聯合發掘。
作為熟練的工匠，Moche是技術先進的人。他們與瑪雅等遙遠的民族進行交易。關於莫切的經驗是基於他們陶瓷陶器的研究;雕刻揭示了他們日常生活的細節。
秘魯利馬的Larco博物館收藏了大量此類陶瓷。他們表明，人們實行人類犧牲，喝血儀式，並且他們的宗教信仰包括非生殖性行為（如口交）。
蒂瓦納庫帝國
蒂瓦納庫帝國總部設在玻利維亞西部，現在從300到1000擴展到現今的秘魯和智利。蒂瓦納庫被安第斯學者認為是秘魯印加帝國誕生之前最重要的南美文明之一;它是一個大國家權力的儀式和行政資本大約五百年。
古城的廢墟位於蒂瓦納庫市的喀喀湖東南岸附近，位於拉巴斯省的Ingavi省，距離拉巴斯以西約72公里（45英里）。
印加帝國
在秘魯庫茲科這座美麗的大型城市舉行首都，印加文明從1438年到1533年在安第斯山脈地區占主導地位。在克丘亞語中稱為Tawantinsuyu，即“四個地區的土地”，印加文明非常獨特並發展。
印加統治延伸到近百個語言或種族社區，約有900萬到1400萬人通過40,000公里的道路系統連接起來。
城市建造有精確的石雕，建在多層山地地形上。露臺農業是一種有用的農業形式。在印加文明中有證據表明金屬製品非常出色，甚至是成功的腦部手術。
Cambeba人
Cambeba也被稱為Omagua，Umana和Kambeba，是巴西亞馬遜河流域的土著居民。坎布巴是一個人口眾多，有組織的社會，在哥倫布時代晚期，人口在哥倫比亞交易所的早期急劇下降。
16世紀，西班牙探險家弗朗西斯科·德奧雷利亞娜（Francisco de Orellana）穿越了亞馬遜河（Amazon River），據報道，人口密集的地區沿河流動數百公里。這些人口沒有留下任何持久的紀念碑，可能是因為他們使用當地木材作為建築材料，因為石頭不是當地可用的。
雖然Orellana可能誇大了亞馬遜人的發展水平，但他們的半遊牧後裔在遺產但沒有土地的貴族的部落土著社會中有著奇怪的區別。
考古證據顯示，半馴化果園以及大面積土地富含土地的持續存在。這些發現以及在相同的考古水平內發現的Cambeba陶瓷表明該地區存在大量有組織的文明。
農業發展
美洲的早期居民發展了農業，從長度為2-5釐米的耳朵開發和繁殖玉米（玉米）到目前的規模是熟悉的。土豆，西紅柿，tomatillos（一種去殼的綠色番茄），南瓜，辣椒，南瓜，豆類，菠蘿，紅薯，穀物奎奴亞藜和莧菜，可可豆，香草，洋蔥，花生，草莓，覆盆子，藍莓，黑莓，木瓜和鱷梨是當地人種植的其他植物。
當時界種植的所有類型糧食作物中有三分之二以上是美洲原產的。
當地人開始廣泛使用火。對植被進行了故意燃燒，以模仿天然火災的影響，這些火災往往能夠清除森林的不足之處，從而使旅行更加容易，並促進對食品和藥品都很重要的草藥和漿果生產植物的生長。這創造了北美洲的前哥倫比亞大草原。
雖然沒有世界其他地區（亞洲，非洲，歐洲）那麼普遍，但土著美國人確實有牲畜。馴養的火雞在中美洲和北美的一些地區很常見;他們的肉，羽毛和蛋可能都很有價值。
中美洲的文獻記載了利用無毛狗，尤其是Xoloitzcuintle品種的肉類。安第斯社會擁有用於肉類和羊毛的駱駝和羊駝，以及負擔的野獸。
在安第斯山脈飼養豚鼠。鬣蜥和一系列野生動物，如鹿和鵜鶘，是墨西哥，中部和南美洲北部的另一種肉類來源。
到了15世紀，玉米已從墨西哥傳來，並在密西西比州的土地上養殖，直到美國的東海岸，以及加拿大南部的北部。印加人使用土豆，阿茲特克人使用巧克力。
遺傳學
最常與土著美洲印第安人遺傳學相關的單倍群是Haplogroup Q1a3a（Y-DNA）。與mtDNA一樣，Y-DNA與其他核染色體的不同之處在於，大多數Y染色體是獨特的，並且在減數分裂期間不會重組。這可以很容易地研究突變的歷史模式。
該模式表明土著美洲印第安人經歷了兩個非常獨特的遺傳事件;首先是美洲的初始人口，其次是歐洲的美洲殖民地。前者是當今美洲土著居民群體中存在的基因譜系和建立單倍型數量的決定性因素。
美洲人類定居點從白令海岸線分階段進行，最初在Beringia為創始人口停留了2萬年。微衛星多樣性和南美特有的Y譜系的分佈表明，自該地區最初的殖民化以來，某些美洲印第安人種群已被孤立。
Na-Dené，因紐特人和土著阿拉斯加人群表現出單倍群Q-M242（Y-DNA）突變，但與其他具有各種mtDNA突變的本土美洲印第安人不同。這表明最早進入北美和格陵蘭北極的移民來自後來的人口。
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