徵收農村集體土地時，如果沒有對地上的房屋進行安置補償，之後該房屋被劃入城市規劃區內，房屋所有權人有權請求按照國有土地上房屋徵收標準補償，對之前已經領取的一部分土地補償費進行扣除。
根據《最高人民法院關於審理涉及農村集體土地行政案件若干問題的規定》第12條規定，農村集體土地被依法徵收，權利人可以依照《物權法》第42條規定主張對地上不動產進行補償。
《物權法》第42條規定：“為了公共利益的需要，依照法律規定的權限和程序可以徵收集體所有的土地和單位、個人的房屋及其他不動產。 徵收集體所有的土地，應當依法足額支付土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗的補償費等費用，安排被徵地農民的社會保障費用，保障被徵地農民的生活，維護被徵地農民的合法權益。 徵收單位、個人的房屋及其他不動產，應當依法給予拆遷補償，維護被徵收人的合法權益；徵收個人住宅的，還應當保障被徵收人的居住條件。 任何單位和個人不得貪汙、挪用、私分、截留、拖欠徵收補償費等費用。”
根據現行的《土地管理法》規定，因建設徵收農村集體土地的，除了涉及基本農田和超過35公頃耕地以及超過70公頃的其他土地由國務院批准外，其他土地的徵收由省級人民政府批准，但需要報國務院備案。市縣人民政府並無徵收土地的批准權。
對於農用地，在徵收前需要先辦理農用地轉用手續。
國家對土地徵收規定的其實很嚴格。嚴禁地方採取化整為零或者以租代徵等方式規避依法徵收。對侵犯農民合法權益的行為，除了可以複議或者提起行政訴訟外，還可以依法向紀委監察委舉報投訴。
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