在農村常見的雞糞、豬糞、牛糞、羊糞等富含氮、磷、鉀等養分，而且還富含有機質。這些糞便是改良土壤，肥沃土壤的優質有機肥資源。但是，如果直接使用新鮮糞便的話，會產生傷根、病害、草害等不良影響。
很多苗農會選擇傳統的方法，自然堆漚發酵這些糞便，但是傳統方法中存在不可避免的負面影響。
傳統的堆漚發酵糞便，堆漚時間長，一般需要4-6個月，如果氣溫比較低，那麼堆漚的時間更長，而且發酵的效果十分不理想；堆漚需要長時間佔據一塊地方，對周圍的環境也會造成一定的汙染，特別是高溫季節，堆漚製造出的氣味很難聞；堆漚的糞便呈溼爛狀，還會散發惡臭，運輸起來很困難，而且自然堆漚發酵的糞便裡面藏著病原菌和蟲卵等有害物質，如果施加於苗木，會影響苗木的生長。
除了自然堆漚發酵，還有一種更好的發酵家畜糞便的方法就是益生菌發酵。
益生菌中含有大量的功能性菌群，如光合細菌、酵母菌、乳酸菌等，這些菌群還有代謝產物，這些代謝產物能夠起到加速分解轉化糞便物質的作用，提高糞便發酵轉化率，縮短髮酵時間，提高發酵效果，減少甚至消除糞便在發酵過程中散發惡臭的問題，也能夠有效減少環境汙染問題，最最重要的是益生菌能夠殺死或者抑制糞便中病原菌和蟲卵的生長和繁殖，可以說是百利無害。
下面，小木為大家介紹一種益生菌發酵糞便的方法，僅供參考。（按照1噸原料配比）
第一步製作益生菌激活液。益生菌原液和營養劑與水的比例為1:1：8，配製出10公斤的益生菌激活液，取出5公斤留使用。具體配置方法為：先用少量熱水把1公斤營養劑融化，然後加涼水將溫度降低到30-35℃，接著倒入益生菌原液1公斤，加足水量後均勻攪拌；
第二步製作"混合稀釋液"。這一步是把上一步取出的5公斤益生菌激活液倒入100-150公斤的水中，用水量由原料的乾溼程度決定（控制堆制時含水量在40-50％就行了），注意倒入的水溫不能超過30℃；
第三步是把1噸的糞便原料和秸稈等配料以及腐殖質混合均勻，直接在地面堆制，一般堆成梯形，高度最好不要超過1.5米，堆底寬度不要超過5米，然後噴灑益生菌"混合稀釋液"，均勻攪拌，這個時候要控制含水量40-50％。接著就進行幾天的好氧發酵，等到料溫達到40-50℃（夏天一般2-3天可到達，春秋天一般5天左右），溫度到達後堆垛壓實，用塑料布或防雨布密封（布料周圍要壓實防漏氣，否則影響質量），然後進行厭氧發酵。
第四步倒堆。因為糞堆表面和堆內溫度不同，發酵腐熟程度也不同，應該適時倒堆。倒堆次數與堆內溫度密切相關，一般從堆制開始，當堆內溫度達到60-65℃時，應該嚴格控制溫度，當堆內溫度超過70℃時，應及時進行補水倒堆，而當堆內溫度不足40℃時，應進行倒堆降低水分，倒堆次數一般不低於2次。發酵時最適宜溫度是25-35℃。發酵好的堆肥有曲香味不臭，如果到了這種標準就說明發酵好了。
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