清廷對曾國藩的猜忌
咸豐四年（1854年）秋，湘軍頂著炎炎烈日，以破竹之勢一舉攻克武昌，這是曾國藩組建湘軍以來第一次攻克名城，當然不久後又被太平軍奪回。消息傳到京師，咸豐帝喜形於色，先是下旨擢升曾國藩代理湖北巡撫，幾天後又在軍機大臣前誇讚說：“想不到曾國藩一介書生，竟能建此奇功！”一旁的大學士祁寯藻卻潑了盆冷水：“曾國藩以一停薪留職的在籍侍郎，即無實權又無軍餉，卻能一呼百應，跟隨者上萬，這恐怕不是國家的福氣啊！”寥寥幾句話斷送了曾國藩朝思暮想的地方督撫實權。
清文宗咸豐皇帝
此後幾年，曾國藩在江西以客帥身份統領湘軍作戰，被江西官員處處掣肘，甚至州縣一級的官員都敢於質疑曾國藩的欽差關防。得不到地方官員的支持，湘軍在江西作戰處處失利，長江下游重鎮九江久圍不克，反而折損了名將塔齊布，江西的地盤也越打越小，全省十三府一直隸州竟有三分之二掌控在太平軍手裡。曾國藩枯坐南昌，繞室彷徨，聞城外秋風怒號則肝膽欲裂，困頓不堪，好在他的父親死得及時，借回籍守喪的機會離開了江西。
咸豐七年（1857年）二月，曾國藩因父喪向清廷請假三個月。臨行前，上書清廷抱怨說，自己督師的身份在江西得不到認同，地方官員既不能聽從自己調遣，又不能接濟錢糧。以目前的局勢，督師必須兼任地方巡撫，對下級官員有直接管轄的權力，否則縱然能治理好軍隊，卻籌不到軍餉，於大局無補。清廷自然明白曾國藩的苦衷，但出於畏忌，不但沒有委以封疆之任，反而接受他的請求，開銷一切職務，安心回老家守喪吧。咸豐九年（1859年），湖北巡撫胡林翼為湘軍大局著想，頻繁遊說湖廣總督官文，兩人聯名上書清廷，建議曾國藩到相對富庶、籌餉容易的四川出任總督。但清廷僅下達旨意以讓曾國藩以欽差身份督師四川，再無任何表示。
次年四月，被清廷委以重任的江南大營出乎意外的再次被太平軍擊垮，主將張國樑戰死，統帥和春自殺。這下清廷慌了，環顧全國唯有湘軍尚可依靠，因此再也顧不得猜忌，任命曾國藩以欽差大臣身份主持江南軍務，署理兩江總督，不久改為實授。至此，曾國藩自出山辦理湘軍八年後，方才得到封疆大吏的實權。“辛酉政變”後，清廷眼見東南事急，於是改弦更張，掌權的兩宮太后和恭親王奕再度對曾國藩委以重任，擢協辦大學士，加太子少保銜，命其節制蘇、浙、皖、贛四省軍務，以此期望湘軍早日攻克天京，蕩平太平天國。對於清廷的前倨後恭，曾國藩既感恩又畏懼，名滿天下，謗亦隨之，因此竭力推脫，清廷不允。部下們對此任命倒有另一番看法，他們痛恨清廷以前的刻薄寡恩，安慶攻克不久，水師統領彭玉麟即派心腹傳來小紙條，“東南半壁無主，滌丈豈有意乎？”這是部下的第一次試探與勸進。
湘軍的餉章制度和督撫專權
滿清以十萬八旗勁旅而得中國，縱橫天下無敵手，入關後以征服者自居，迅速腐化墮落，不復之前的勇悍。多爾袞死後，順治收攏兵權，將八旗改為皇帝私家軍隊，國家常備軍由六十四萬漢軍充任，在全國險要關隘、重要城市分七十一鎮駐紮，有事可供征戰，無事足資防禦，使用綠色旗幟，因此又稱“綠營”。“三藩之亂”時，八旗已不堪使用，康熙主要依靠張勇、趙良棟、孫思克（《鹿鼎記》中這幾人都是韋小寶的結拜兄弟）等人指揮的綠營部隊，最終取得了勝利。但是清廷為了防止統兵大將的尾大不掉滋生野心，設立了一套軍事羈縻制度，即“將無常兵，兵無常將”，遇有戰事則從各地拼湊綠營兵，再由中央下派統兵大臣前往指揮，作戰時號令不一，無法形成有效攻擊，綠營兵彼此不熟悉，敗不相救，一戰則潰。所以嘉慶年間川楚白蓮教起義，綠營已起不到鎮壓作用，最後還得依靠漢族地主們的民兵組織---鄉勇團練來平息起義。
綠營採用的是徵兵制，相當於義務兵，湘軍則是募兵制，以高薪招兵，加以訓練成為職業軍人，在“國不知有民，則民不知有國”的晚清時代，孰優孰劣，可想而知。“兵由將選，兵歸將有”這是湘軍的基本制度，即湘軍大帥組建湘軍時，最先招募的不是士兵，而是高級軍官，再由高級軍官招募下級軍官，下級軍官招募作戰士兵。統帥與軍官間，軍官與士兵間，都是親友、師生、鄉鄰，人際關係相錯雜，軍官一旦戰死，所部士兵立即遣散，所以作戰時能夠如臂使指，拼死相救。
湘軍的戰鬥力是毋庸置疑的，統帥們的苦惱在於籌餉，湘軍不是國家正規部隊，出境作戰只能依靠統帥籌餉，那時候看湘軍大帥們的本事，主要在於籌集糧餉的手段如何。湘軍的糧餉早期主要依靠湖南湖北的捐輸和厘金，但是兩湖地脊民窮，收到的糧餉根本不敷使用，後來曾國藩坐困於江西，就是因為在江西設卡抽取厘金與巡撫陳啟邁鬧翻，得罪了江西大小官員。所以，曾國藩取得東南四省軍事指揮權，實授兩江總督後，湘軍幾乎不再擔心糧餉問題，兩江膏腴之地徵集上來的錢糧以及廣東的厘金悉數供給湘軍使用，不再解壓至京師。胡林翼、左宗棠、李鴻章、李續宜、劉長佑等人出任督撫後，與曾國藩如出一轍，以所轄之境的錢糧養自己的軍隊，而原先負責財賦民政、刑事等權、只對中央六部負責的布政使和按察使逐漸淪為督撫的下屬，湘軍大帥們取得了地方上的人事和經濟大權，猶如中晚唐的節度使，形成了督撫專政的格局。
馬新貽被刺的前因後果
據說，湘軍攻克天京後，九帥曾國荃再次試探，在他的大哥手中寫了“趙”字，暗示曾國藩只要願意學趙匡胤，他就可以奉上黃袍，曾國藩思考了半天，說出一句底氣不足的話：“人家畢竟對我們兄弟不錯！”隨後，新上任的江寧將軍富明阿拜會曾國藩，打探太平天國遺留在天京的藏寶，言語間暗示清廷對曾氏的失望；接著，因攻克天京有功被封為男爵的福建陸路提督蕭浮泗，在押運滿船珠寶回湖南老家時，被江西巡撫沈葆楨奉旨扣押。既然不敢造反，為了消弭清廷日益緊迫的猜忌，那麼只有自剪羽翼，以示效忠吧。攻克天京的次月，曾國藩裁掉湘軍二萬五千餘人，同時讓曾國荃辭去浙江巡撫，回籍養病，尚未赴任的官缺則由安徽布政使
馬新貽接替。
同治四年（1865年）五月，咸豐皇帝的老表、蒙古親王僧格林沁被捻軍設計殺死於山東高樓寨，他是清廷最為信任的統帥，因此朝野震悼，急調曾國藩北上。此刻，距離天京攻克不到一年。再次帶兵出境作戰的曾國藩不願重蹈覆轍，他奏調江蘇巡撫李鴻章署理兩江總督，以保障糧餉按時輸送。捻軍作戰以流動為主，兼有大量騎兵，素來是打得贏就打，打不贏就走，來去如風，縱橫中原數千裡。曾國藩仔細研究捻軍的作戰方式，認為自己一貫沿襲的結硬寨，打呆仗，仍然是對付捻軍的最好手段，因此沿河防建圍牆堵截捻軍。曾國藩的方法後來證明是行之有效的，只是需要時間，心急如焚的清廷眼見師久無功，決定換帥，讓李鴻章到前線指揮，曾國藩進京述職。
消息傳來，幕僚們嚇壞了，他們分析清廷此舉有可能會將曾國藩軟禁在京城，曾國藩自己也憂心忡忡。關鍵時刻，曾國藩多年來苦心培養的李鴻章終於投桃送李，他上奏清廷說，只有讓曾國藩坐鎮兩江為前方部隊調集糧餉，自己才能安心作戰。李鴻章是嶄露頭角的政治新星，早就引起朝野關注，清廷也希望利用他來牽制曾國藩，自然滿足他的要求。因此，曾國藩後來寫信給李鴻章說，自己晚年的富貴與名聲都是李鴻章及其淮軍保全的，誠不虛言。
捻軍活動接近尾聲的時候，曾國藩被清廷再次調離兩江，出任直隸總督，遺缺由閩浙總督馬新貽接任，不久李鴻章實授湖廣總督。這樣，號稱天下財賦半出其中、素有“錢袋子”的兩江重地終於讓一個與湘淮軍全無瓜葛的人所掌控了。對於這次安排，李鴻章頗有微詞，他預言說不是出自於老師曾國藩門下的人，絕對幹不好兩江總督這一職。
馬新貽是道光二十七年（1847年）的進士，與李鴻章、郭嵩燾、張之萬等人是會試同年，他中進士後沒能進入翰林院，而是直接分發到安徽當知縣，可見他的會試成績不是很好。但他是個精明幹練的人，安徽的大員翁同書、袁甲三等人都很賞識他，太平天國大起義後，安徽淪為兵災之地，文武官員都要帶兵打仗，馬新貽亦以軍功起家，至太平天國失敗後接替曾國荃出任浙江巡撫，此次再次接替曾國藩坐鎮兩江。馬新貽既被委以重任，自然感恩戴德，決意勵精圖治，幹出一番成績來。此刻被裁撤的湘軍尚有很多人留在江寧，這些人無處可去加上游手好閒，不可避免的會騷擾百姓，馬新貽是帶過兵的人，深知散兵遊勇對地方的危害性，因此下手狠辣，誅殺了不少湘軍。馬新貽的激進手段必然招致報復，尤其身處“湘半城”的江寧。
清同治九年（1870年）七月二十六日，兩江總督馬新貽考核督標中軍後，在回督署的途中被刺客張文祥於光天化日之下刺殺，這是清朝開國以來從沒有過的事。刺客的身份非常複雜，幹過捻軍、太平軍、湘軍、海盜甚至開過典當行，被抓後曾喊過“養兵千日，用在一朝”，說明背後有人指使，審訊時卻一口咬定刺殺馬新貽是出於私人恩怨，並無人指使。案子尚未審出個結果，坊間已謠言四起，都是對馬新貽的個人攻擊，私德方面說他“漁色友妻”，政治方面說他維護洋人教會、勾結西北迴民起義，而刺客卻被塑造為講義氣的英雄人物。
馬新貽被刺前，湘淮軍大佬們步履維艱，如履薄冰。左宗棠用兵西北，原本曾國藩督兩江時竭盡糧餉供應他，此刻主要依靠老部下浙江巡撫楊昌浚輸送浙餉；曾國藩出任直隸總督這一有名無實的職位，靠近京師，上有朝廷下有順天府尹，位尊而權輕，清廷只是一味讓他練兵保護京畿，而關於吏治民生全然施展不開手腳，此刻因“天津教案”被廷臣彈劾，士民譏諷；李鴻章則虛懸湖廣總督位置上無所事事，曾一度被安排去貴州鎮壓苗民起義；曾國荃回籍後復出任山西巡撫，不久轉任湖北巡撫，因防堵捻軍一事與總督官文鬧翻，被摘去頂戴，再次告病開缺。
湘軍大佬們既然不便公開對抗清廷，那麼他們的積怨必然要找個發洩對象，馬新貽這顆半路殺進的“柺子馬”就此淪為犧牲品，當然，馬新貽的死還可以帶來意外之喜。我們可以假設湘軍系統的統帥們經過多次推演得出一個結論，解決當前唯一困境的只有讓曾國藩回到兩江，遠離京城是非之地，曾國藩能夠得以保全，曾氏家族和門生故吏以及湘軍系統也就有了依靠，左宗棠西征的軍餉自然不是問題，善於做官的李鴻章或可離開湖北到兩廣或直隸大展拳腳。假如上面假設成立，接下來就是執行問題，而負責馬新貽安全及進出校場閱兵路線都是由喻吉三安排的。喻吉三以總兵身份充任督標副將，他早年當過曾國藩心腹親兵，靖港之戰時，曾國藩投水自殺，下去撈救人的就是喻吉三。馬新貽被刺殺時，他並不在現場，事後聞訊趕來，所以“刺馬”一案中他僅得到降兩級處分的輕微懲處。
“刺馬”案最終以私人恩怨罪將刺客張文祥凌遲處死，雖然草草收場，但是負責辦案的朝廷大員都一身輕鬆，湘軍大佬們終於得到他們想要的結果，倒逼清廷退了一步。
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