1980年，考古专家穆舜英女士在新疆罗布泊地区，挖出了一具女性干尸，距今有4000余年。在出土时，由于这具干尸肤色呈红褐色，且富有弹性，眼大窝深，鼻梁高而窄，下巴尖翘，所以又称她为“楼兰美女”。
最初考察时，由于楼兰美女面部具有明显的中亚和北欧特征，所以当时普遍认为她是欧洲人种，白人的血统。然而，在随后的考古发现中，却又挖出不少黑头发的楼兰美女。
于是，楼兰美女人种来源就成了一个谜团，一直困扰着历史学家。前些年，借助现代DNA技术，终于解开了楼兰美女（下为复原图）的真实身份。
从中国历史记载来看，最早的记载源自《史记·大宛列传》，所谓“楼兰，古邑有城郭，临盐泽（罗布泊）。”当时，汉匈争霸时，只是一个西域小国的楼兰，夹在两个大国之间，处境艰难。
公元前77年，被遗忘的西汉外交官傅介子，杀楼兰王更其国名为鄯善。后来，《汉书·西域传》中有比较详细的记载：
鄯善国，本名楼兰，王治扜泥城，去阳关千六百里，去长安六千一百里......（人口）口万四千一百。
总之，在中国史书上留下不少记载的楼兰古国，却没有一点楼兰人种来源的记载。公元448年，传承600余年的鄯善（楼兰）亡国。
从史料上找不到答案，对楼兰美女人种起源问题，就只能告一段落。但随着科技的发展，DNA技术的兴起，楼兰美女人种起源问题，有了新的研究手段。进入新世纪之后，上海复旦大学现代人类学研究中心有了新发现，颠覆了传统认知。
DNA测定结论显示：楼兰美女的C线粒体显示是东方人，而线粒体遗传于母方。
也就是说，虽然楼兰美女是北欧人种相貌，但从遗传学上说，却是东亚人种。显然，楼兰美女是东西方混合的人种，由此也能解释出土的黑头发楼兰人等情况。
对于复旦大学的这一结论，美国《纽约时报》都专门刊文报道。之所以这么重视，因为从楼兰美女身上，可以追踪到中西方究竟何时、何地开始交流的答案。复旦大学该机构的金力教授评价：
新疆古代居民是东西欧亚大陆人群的混合人群，东西方交流比我们想象的要早许多。
传统认为，中西方正式交流，应该起源于张骞出使西域，开创了丝绸之路。然而，从楼兰美女身上却能看到，在公元前2000年左右，中西方就已经有了交流。而这种交流的存在，必然会对各国文明进程等产生重要影响，当然也能解释很多令人不解的考古发现。
在楼兰遗址以东102公里的地方，考古专家发现了一座墓葬群。由于两者相邻，所以专家认为这一墓葬和楼兰人应该关系密切。复旦大学也对此作了DNA技术研究，一共做成功20个样本，结果18个的C线粒体是典型的东亚特征。
至少在4000年前，东西方人种就已经在现在的新疆地区进行了文化和族群上的交流，这比以前我们所认为2000前东西方开始交流的年代早许多。新疆古代居民是东西方欧亚大陆人群的混合体，时间至少在4000年前。
显然，在历史的烟云掩盖之下，还隐藏了很多秘密。在4000年前，中西方古人究竟是如何交流的，屠刀还是包容？
在新疆的吉仁台沟口遗址中，考古专家发现了一些来自中国北方的小米，而这一遗址距今3500年以上。显然，如果将这两者联系起来，或许可以猜想当时的中西方交流情况。
现代技术研究确认，维吾尔族和楼兰人并非同一支。公元448年，楼兰国灭亡，楼兰城被弃，东西方混血的楼兰人也神秘消失，楼兰人究竟去了哪呢？
关于楼兰突然消失之谜，有很多种分析，比如瘟疫说、战争说（当时处于五胡乱华期间）、环境恶化说等等，只是如今这每一种分析都缺乏确切的考古证据。
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