本體論、認識論和方法論既是哲學研究的三個基本方向，也是哲學領域中三個不同層次的問題。本體論是認識論的基礎，認識論是本體論的發展與應用；同樣，認識論是方法論的基礎，而方法論則又是認識論的發展與應用。正是由於人類對上述三個不同層次的深入研究，才使哲學結構化，使之成為指導人類認識的一門完整和有用的學科。
本體論研究的課題是世界的本原為何物，這是人類迄今為止所要探討的最本質和最深刻的問題。不過，在近代，有很多人認為本體論是一個不可知的問題，並明確提出應將本體論從哲學中徹底地清除出去，因為研究不可知的問題是沒有認識意義的。
自19世紀起，掀起了對形而上學的批判，這些批判集中的焦點就是本體論。在當時，幾乎所有的哲學流派都或多或少地贊同，將本體論從人類的認識範疇中剔除出去。比如，實證主義學派認為，本體論是無法被實驗證明的，因而不屬於科學的範疇，沒有認識意義。實證主義由此得出的結論是，只有人類所能感受到的現象世界，才是具有認識意義的研究對象。他們認為，人類的認識應該僅限於此，之所以形而上學被髮展到了極點，以至於嚴重地阻礙了人類思想的進步，就是因為其關於本體論的研究超出了人所能及的範圍，使人類的認識誤入歧途。然而，實證主義自身也是有問題的，
實證主義將認識侷限於經驗，使認識的發展受到了限制，停留在唯象的認識層次上。 由此我們看到， 本體論在哲學中是一個既不能迴避， 但又無法解決的問題。本體論使哲學陷入了兩難的境地：
沒有本體論的哲學，是不完備的哲學；而研究本體論的哲學，又是不成熟的哲學。
其實，在現實的生活中無論我們是否研究本體問題，該問題在人們的頭腦中始終都是一個揮之不去的問題。在通常的情況下，人們只是簡單地用樸素的唯物思想，將本體歸結為外在的客觀世界，或從唯心論出發，相信上帝是世界的本體。此外，如果我們不能很好地解決世界本體的問題——這是一個最根本的哲學問題，我們就永遠也無法在真正意義上正確地理解和認識認識論和方法論的問題。
那麼，究竟是何種原因使人類關於本體的認識在哲學上陷入這種兩難的境地呢？是由於我們的思維方式停留在一維認識的觀念上，習慣於形而上學式的非此即彼的思維方式。在這一意義上講，實證主義對形而上學進行的批判是十分有益的。只是，我們不應該用形而上學的思維方式來批判在形而上學的思維方式下解決不了的本體論問題，更不能將本體論連同形而上學一起拋棄 。即便是形而上學也不能簡單地予以全盤否定，其作為一維的思維方式，在人類認識的過程中也曾有過積極的作用，在認識的初級階段是不可或缺的。
隨著認識範圍的擴展和認識的不斷深入，現代哲學又開始逐漸地迴歸本體論。比如，分析哲學認為，應該把存在者和存在區分開來，兩者的含義和概念是不同的。由此，人們把世界細分為自在世界和現象世界。人們已經意識到，其感覺到的世界（現象世界）和真正的外在客觀世界（自在世界）是完全不同的 。在此，人們開始用二維的思維方式，來認識其所面對的世界。
由於物質的實體性被物質的存在狀態所取代，所以當我們觀察和感受物質時，不可避免地會影響物質的存在狀態。而且，我們對物質觀察得越深入，對物質存在狀態的干擾也就越大。甚至我們無法分清楚在所獲得的結果中，究竟哪些來自認識客體的貢獻，哪些來自認識主體的影響。因為，我們所獲得的，只是兩者的相互作用。
於是，我們面臨著這樣一個認識的困境， 如果不與自在之物發生相互作用，我們就無法瞭解和認識自在之物；但是，如果我們與自在之物發生相互作用，我們所感受或認識到的就不再是自在之物，而僅僅是與自在之物的相互作用，或者說是被主體汙染而變性的自在之物。於是，我們所感覺到的自在之物已不再是原來的自在之物，而成為一個新的事件。
將現象世界與自在世界相分離，這在人類認識史上是一個飛躍 ，這一飛躍的重要性，可以與產生概念的重要性相提並論。後者使人類的認識擺脫現象的束縛，而前者則幫助人類揭開了自在世界的面紗。在此之前，自在世界被現象世界所掩蓋。
通過將現象世界與自在世界分離，我們將關於本體論的問題轉化為關於自在世界的問題，而我們已經知道對於自在世界的認識只具有相對的意義，必須連同認識主體一同考慮。於是，對於本體論的問題，既不能像形而上學那樣將其全盤接受，又不能像實證主義那樣將其完全放棄。我們應該用二維的思維方式，捨棄本體論關於絕對的認識，保留其相對認識的部分。
於是，本體論作為哲學研究的內容是有意義的，但這個意義只限於對其認識的相對部分，即侷限在相對於主體的那部分自在世界。只有相對於具體的主體，作為本體的客體才具有一定的認識意義。所以，人類關於本體論的認識只具有相對的意義。
比如，宇宙是一個巨大的封閉體系，任何超出宇宙範圍的本體問題都是沒有意義的。因此，我們無法獲得關於本體的絕對認識，我們不知道宇宙之外是什麼，我們也不可能再進一步地分割構成宇宙的量子。但是，這並不意味著關於本體的認識是毫無意義的。我們可以獲得關於本體的相對認識，我們已知宇宙的半徑約為140億光年，宇宙的量子是由普朗克常數h定義的。關於本體的這些相對認識，為我們認識世界奠定了一個堅實的基礎。這就足夠了，
即便是相對的認識，也具有一定的認識意義。因為，雖然人類的認識是關於自然界的同構系統，而同構系統相對於自然界不同的輸入信號和輸出信號是不一樣的；但是，由於自然界的變化是不連續的，我們所能獲得的關於自然界的輸入信號和輸出信號是有限的，只限於宇宙的範圍內。比如，我們並不知道，大爆炸之前的宇宙是什麼樣的。所以，一方面沒有必要為無法認識哲學的本體而煩惱，另一方面也不能連同現實的本體一起放棄。根據自然哲學第二定律——凡具體的都是有限的，只有抽象的才是無限的，作為抽象的哲學本體本來就是不存在的，它只是一個開放的概念；只有針對具體的宇宙和主體，世界的本體才是存在的。所以，本體論雖然只具有相對的認識意義，但由於人類的認識在本質上是主體與客體的相互作用，人類的認識所涉及的客體是具體而有限的，因此關於本體論的研究仍具有一定的認識價值和認識意義。比如，我們已經獲得的關於本體的相對認識，即關於宇宙的認識，有助於建立一個有機的宇宙景觀，而有機的宇宙景觀又為二維認識觀的產生奠定了認識的基礎。
認識論是在本體論的基礎上進一步探討人類的認識問題。如果說自在世界需要我們進行關於本體論的研究，而現象世界是我們的認識對象，則理論世界就需要我們進行關於認識論的探討，以確定理論世界與自在世界和現象世界的關係，進而指導我們更有效地建立和發展理論世界。具體地說，認識論是要說明人類的認識究竟為何物。按照一維 認識觀，人類的認識（理論）要麼是客觀世界的反映與摹寫，要麼是主觀世界的意志與顯現，它們都是原有事件的再現。而根據二維認識觀，人類的認識是主體與客體的相互作用，是由主體和客體雙方共同確定的，是認識主體構建的關於認識客體的同構系統，是關於認識客體的相對認識。
不同的本體論會導致不同的認識論，而不同的認識論又可以決定不同的方法論。比如，與唯物論和唯心論等絕對的本體論相對應的是一維認識觀，而一維認識觀所應用的方法論是形而上學和形式邏輯；反之，與系統論和控制論等相對的本體論對應的是二維認識觀，而二維認識觀所應用的方法論則是辯證法、概率邏輯和構建邏輯。
根據二維認識觀，人類的認識（理論）是在現實世界中實際發生的新事件。這一事件是前所未有的。認識的進步和理論的好壞，除了取決於人與自然界相互作用的大小外，還取決於認識效率的高低。因此，人類的認識具有很大的自由度，人類所採用的認識方法在原則上是無限的。作為認識的工具，人類的認識方法只有使用是否得當的區別，而沒有好壞之說。二維認識觀為人類的認識方法提供了一個廣闊的應用空間，使方法論獲得了前所未有的解放。於是：
本體論的相對性決定了認識論的二維性，認識論的二維性又決定了方法論的多樣性；而本體論的相對性、認識論的二維性和方法論的多樣性，共同為人類的認識奠定了新的哲學基礎和發展框架。
如果只是孤立地研究本體論，那麼由於本體論不具有絕對的意義，因而是沒有認識意義的。然而，本體論的相對性，可以使我們產生二維認識觀，進而獲得方法論的多樣性，可以最大限度地發揮人類認識的主觀能動性，可以明確人類的認識目標即充分實現人與自然界的相互作用，可以知道何者為，何者不可為，從而使人類的認識獲得更大的效率。
因此，本體論、認識論和方法論，只有當它們共同作為哲學的一個有機認識體時，才具有它們各自存在的價值和認識意義。本體論、認識論和方法論的認識意義就在於，作為認識工具必須彼此相匹配，進而從它們各自不同的角度提高人類的認識效率。
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