縣級以上公立醫院實行“編制備案制”管理，取消原來使用的差額編制，由機構編制部門收回統籌使用。公立醫院只保留事業單位屬性，其人員招聘使用和管理、薪酬管理、考核考評等工作由單位自主實施，由衛生主管部門、人社部門、財政部門按照各自分工和權限，實行監督。這是公立醫院制度改革的要求，也是2017年《事業單位分類改革實施方案》規定的內容。該《規定》明確要求，高校和縣級以上公立醫院，取消編制使用，只保留事業單位屬性。按照改革要求，2018年3月份開始，縣級以上公立醫院體制機制改革工作在陝西省開始了試點。
縣級以上公立醫院取消編制，實行合同招聘制，基本已成定局。原來一些地區試行的過渡措施，即“老人老辦法、新人新辦法”，也被取消。所謂的“老人老辦法、新人新辦法”，即原來有編制的人員繼續使用編制，直至退休、調動等自然減員，空出編制後由機構編制部門回收，逐步取消；而改革後新招聘人員，實行編制備案制管理，不再使用正式的編制，只是由醫院根據實際需要，設置崗位，按需設編，自行核定，自行管理，只需報機構編制部門備案即可。根據改革要求，這種過渡措施，並不會採用。
公立醫院改革後，醫院本身對人事管理和使用，有極大的自主權。可以根據需要設立崗位，並根據崗位要求，自行招聘人員，自行管理，自主考核，按勞分配。同一崗位，按照《勞動合同法》規定，實行同工同酬，能者多勞，多勞者多得，徹底打破“大鍋飯”機制，實現專業技術人員的公平競爭和激勵機制。
同時，在衛生主管部門、人社部門、財政部門的共同參與下，制訂完備的管理與考核機制，在崗位薪酬制度制訂中，充分考慮公立醫院的公益屬性，將醫保、基層衛生醫療服務、“三下鄉”、家庭醫生等公益服務職能，按比例係數合理分配到崗位工作和薪酬考核中，以及職稱評審條件中，充分體現公立醫院的公益屬性，確保醫療服務提質降費。參照專業技術人員薪酬，確定管理人員比例和薪酬標準，成立管委會和評委會，確保管理人員競聘、專業技術人員職稱評審、崗位競聘等工作的公平公正性。同時加大衛生主管部門和人社部門的監督檢察作用，使公立醫院體制機制改革順利實施，以及改革後公立醫院規範有序運營。
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