跨境電商的痛點與此同時，我們也必須正視跨境電商現階段在產品、物流、通關、人才、本土化可單體驗等方面尚未解決的一些行業性難題，這些難題是制約跨境電商進一步發展的些問主要因素。雖然目前在國內報關通關、檢驗檢疫、出口退稅、外匯結算等方面的政策性問題已基本解決，但想要實現全球化的無縫對接，仍需要一定的時間。
1.產品同質化嚴重隨著近幾年跨境電商行業的迅速發展，大量的中國商家湧入，這些商家各有優勢，水平也參差不齊，使得行業競爭加劇。尤其是3C產品及附件、服裝等熱銷產品，更是有不同的跨境電商公司在爭搶市場，但它們的差異化並不明顯，以至於只能在價格戰中苦苦掙扎。因此跨境電商的轉型升級和產品的差異化是必由之式路，但目前大部分的跨境商家還沒有做好這一點。
2.物流時間長且波動較大應成衛幫平跨境電商由於涉及“跨境”產生了比較多的環節，這些環節只有少數幾家公司能夠全部獨立完成，大部分只能通過外包或者合作的模式來操作，難以把控整體的服務質量和妥投的時效。另外，由於各國的政策差異，絕大多數企業也很難通過自建物流的方式來解決這個問題，以至於貨物運到巴西、俄羅斯這些國家一般要25~35天。與此同時，物流還存在著投遞不穩定的情況，收貨時間波動比較大，有時甚至會相差幾十天。
3.通關障礙跨境電商在貨物投遞的實際操作中，存在一定的通關障礙，因為它需要經過兩道海關關卡—出口國海關和目的國海關，中國賣家在目的國海關面臨的具體情況各有不同，在有些國家可能會出現海關扣貨的情況，處理的結果一般有三種：
沒收、退回或要求補充文件。
通關障礙影響了跨境電商的交易效率，在某種意義上也增加了跨境貿易成交的難度。當然，像亞馬遜這樣的巨頭已提供了FBA倉儲和“龍舟計劃”服務，但如何更好地把控庫存也是考驗中國賣家的一個難題。尤其到了聖誕節、黑色星期五，陡增的訂單量會對現有的國際物流系統提出較大的挑戰，爆倉現象特別普遍。
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