關於納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票能不能作為稅前扣除的憑據，一般存在爭議。
但如果納稅人能同時提供合同、支付單據等其他憑證足以證明其支出的真實、合法的，這個業務的支出應該准許在所得稅稅前扣除。
一、稅法規定。《中華人民共和國企業所得稅法》第八條規定，“企業實際發生的與取得收入有關的、合理支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除”。
二、辦法規定。但是依據中華人民共和國發票管理辦法、國稅發（2008）88號、國稅發（2009）第114號等文件相關規定，不允許納稅人善意取得虛開的增值稅專用發票對應的業務支出在稅前扣除。
善意取得的虛開增值稅專用發票，稅法明確規定不得作為增值稅合法有效的扣稅憑證抵扣其進項稅額。但對這些增值稅專用發票對應的企業所產生的成本等是否可以作為企業所得稅稅前列支問題，稅法沒有作出明確規定。
三、《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》第十三條企業應當取得而未取得發票、其他外部憑證或者取得不合規發票、不合規其他外部憑證的，若支出真實且已實際發生，應當在當年度彙算清繳期結束前，要求對方補開、換開發票、其他外部憑證。補開、換開後的發票、其他外部憑證符合規定的，可以作為稅前扣除憑證。
第十四條企業在補開、換開發票、其他外部憑證過程中，因對方註銷、撤銷、依法被吊銷營業執照、被稅務機關認定為非正常戶等特殊原因無法補開、換開發票、其他外部憑證的，可憑以下資料證實支出真實性後，其支出允許稅前扣除：
（一）無法補開、換開發票、其他外部憑證原因的證明資料（包括工商註銷、機構撤銷、列入非正常經營戶、破產公告等證明資料）；
（二）相關業務活動的合同或者協議；
（三）採用非現金方式支付的付款憑證；
（四）貨物運輸的證明資料；
（五）貨物入庫、出庫內部憑證；
（六）企業會計核算記錄以及其他資料。
前款第一項至第三項為必備資料。
因此，企業善意取得虛開的增值稅專用發票，應於年度彙算清繳前，要求對方補開、換開合法合規發票，作為稅前扣除憑證。
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