1943年4月18日，59歲的山本五十六在視察部隊途中座機被美軍飛機擊落而斃命。山本的死亡是20日被確認的，這天午後軍令部總長永野修身進宮上奏天皇，海相島田繁太郎晉見伏見宮博恭王商量對策和聯合艦隊的後任人事。最後決定為了不至動搖人心，先將此事封起來，對內使用“海軍甲事件”的代碼來處理這件事。至於人事方面，則由橫須賀鎮守府司令長官古賀峰一大將接任。4月21日，古賀峰一親補（天皇任命）聯合艦隊司令長官。
根據日本海軍的《軍令承行令》，在聯合艦隊司令長官出現空缺又還沒有親補時由第二艦隊司令自動代理。從山本五十六失事到古賀峰一親補這三天中，代理這個位置的是第二艦隊司令長官近藤信竹中將。
4月25日到任的古賀峰一在特魯克環礁的聯合艦隊旗艦武藏號戰列艦上升起了將旗，但是外人都還以為這面將旗是山本五十六大將的，其實山本也在艦上，準確地說山本的棺木就在長官室和新任司令長官在作伴。
留給新長官古賀的，不僅僅是一付前任長官的棺材，還有一個殘缺不全的司令部。和山本五十六同時遇難的司令部人員有副官福崎升中佐，軍醫長高田六郎少將，航空（甲）參謀樋端久利雄中佐，通訊參謀今中燻中佐，同時參謀長宇垣纏中將，主計長北村元治少將身負重傷。可以說聯合艦隊不僅沒了司令長官，就連司令部也只剩下了半個。
因為“密不發喪”，現在古賀就只能先將就著使用這半個司令部。
古賀峰一
古賀峰一是海兵34期，吊床號14號，海大15期的第四名畢業。如果海大的“軍刀組”像陸大一樣的話，古賀峰一也能算進軍刀組，可是海大軍刀組就只有首席和次席兩名。和曾經是艦隊派的山本五十六不一樣，兩次擔任駐法海軍武官的古賀倒是首尾一貫的條約派，也反對對美開戰，在海軍中有一定人望。
古賀長期在軍令系統，擔任過不少艦長，艦隊司令，對作戰不是外行，也沒有什麼被貼過特別醒目的鉅艦大炮派的標籤，相反因為在艦政本部做過造兵監督官和監督官，對軍艦建造比較熟悉的原因，是出生於明治中期（1885年）那一代人中對主張航空主兵的青年軍官表示一定理解的為數不多的人中的一個。
1937年底，決定開始建造戰列艦大和號的時候，最激進的航空主兵主義者橫須賀航空隊副長大西瀧治郎大佐衝進了軍令部要和人拼命，他對軍令部次長古賀峰一說：“造大和是一個時代的錯誤，造一艘大和號的錢能造3000架飛機，你給我3000架飛機，我能把所有的艦隊都炸沉。”
古賀峰一也沒有訓斥大西瀧治郎，而是很困難地尋找著詞彙來想法子說服他：“大西，我不反對航空兵，但是你要知道，天皇出巡必須坐八匹馬拉的馬車，一個國家也一樣，必須有戰列艦。別人有的，我們也要有，這就叫做國家的面子，叫海軍的面子你知道嗎？”
大西瀧治郎還在絕望地掙扎：“那少幾匹馬行不行，咱不用八匹馬，只用四匹馬，四匹馬拉的馬車也挺氣派了。”
“不行大西，這不是我古賀次長能夠決定的。”
這段對話在評論大和號時經常被人引用，以說明建造大和號的愚蠢和古賀峰一的開明。
5月8日，古賀在旗艦上召開南洋方面戰備會議，有關的艦隊、戰隊、根據地和守備隊的參謀們雲集聯合艦隊旗艦參加。
開會了，與會的參謀們都覺得氣氛不對，從不遲到的山本長官還沒到會，但可能是視察路過順便參加會議的橫須賀鎮守府長官古賀大將倒在主席臺上正襟危坐著在，這是怎麼回事？是不是換長官了？怎麼沒聽說呢？
開會了，古賀大將一字一句地緩慢地但是很清晰地說：
“聯合艦隊司令長官山本五十六大將已於昭和18年（1943年）4月18日壯烈戰死，現在是本官親補聯合艦隊司令長官之職，請諸君協力，以報君恩。”
這一句話把出席會議的參謀們都被這個噩耗震昏了，滿場是死一樣的寂靜，人人都咬著嘴唇，似乎在拼命控制著顫抖。什麼？我們的長官死了？現在我們該怎麼辦？既然“我們的長官”都已經戰死，那我們除了戰死還能有什麼別的出路？會場氣氛突然古怪地變得有點悲壯了起來。
古賀清了清嗓子，繼續說了下去：“現在本官來說明聯合艦隊司令部對目前戰爭形勢的觀測和對策。”
對於出席這次會議的參謀們來說，古賀新長官所說出來的每一個字，都像一把錘子在敲打著會議室，會議室的空氣被這種敲打震盪著，讓人喘不過氣來。
古賀峰一頭一句就是這麼說的：“日本海軍的兵力對美比率已經低於了一半。”
接下來的一句是：“而且，拉包兒陸上航空戰（指い號作戰）的結果導致了決戰兵力的大量損失，現在即使我們所希望的迎擊艦隊決戰能夠進行，我們的勝算也明顯低下，應該說不到三成。”
這是作為海軍三巨頭之一的聯合艦隊司令長官在甲午戰爭以後五十年來第一次公開宣稱對正在進行的戰爭沒有勝利信心。
古賀還在繼續：“勝算雖然很低，但並不是完全沒有。如果能夠在戰略上和地理上對我有利的馬紹爾群島在早期和美軍進行決戰的話，哪怕是玉碎戰鬥，也是我們唯一能夠取得最大戰果的機會。”
雖然還有點視差，但無論如何，這是大日本帝國海軍聯合艦隊第一次睜開眼睛看現實。
古賀是接受了一個爛攤子上任，但有趣的是不認為這是個爛攤子的日本海軍軍官還不少，所以古賀峰一下車伊始，就讓大家“丟掉幻想，準備鬥爭”，這個嶄新“玉碎戰法”的名詞，更是讓與會的參謀們心驚肉跳。
既然長官都已經戰死了，大家都玉碎不是很自然的結局嗎？
但是美國人的行動比古賀預想的還要快，而且也和古賀預想的方向截然不同。
美國人這次的行動是阿留申群島，美國人要收回被佔領的領土了。
古賀在做了最初的訓示以後，率領旗艦武藏返回國內，無論如何前任長官的遺骨要處理，在長官室裡和一具棺材作鄰居辦公總不是一回事，古賀決定先把山本五十六送回去。
就在古賀還在路上的5月12日，美國人跳過被日軍佔領的基斯卡加島，向同樣被日軍佔領的阿圖島發動了太平洋戰爭中的首次“蛙跳攻擊”。
古賀峰一的“玉碎”作戰話很不幸地立即兌現了：阿圖島守軍玉碎了。
受東鄉提督在對馬海峽勝利的“畢其功於一役”的決戰思想的影響，聯合艦隊新任總司令古賀峰一專心致志地夢想著一戰而改變戰爭的進程。由於他是個講求實際的人，他也明白成功的把握極小，但卻又是日本最後的希望。1944年3月8日，他發佈了戰鬥計劃，在挺進中的美國艦隊一旦經由馬里亞納群島或帛琉群島或新幾內亞闖入菲律賓海，聯合艦隊就全力出擊。他高效率地開始集中日本的大部分海面力量。3月底，他下令把設在"武藏"艦上的司令部從帛琉遷往菲律賓。
“咱們一起出擊，一起捐軀吧！”古賀對他的參謀長福留繁中將說，然後他們乘飛機飛往南方。他說，“山本死得正是時候”，他“羨慕他”。1944年3月31日上午9時，他們分乘兩架川西造四引擎水上飛機出發，朝西向棉蘭老作3小時的飛行。但在飛抵菲律賓前，他們遇到暴風雨，古賀因飛機墜毀而喪命。福留因飛機在與暴風雨搏鬥中耗盡燃料，險些作了麥克阿瑟的俘虜。聯合艦隊不到一年失去了兩位總司令，而且都是乘飛機在前線死去的。
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