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全日制專碩和全日制學碩，學制都是三年，這是大多數學校的規定，但目前也有很多學校規定全日制專碩的學制可以根據學生情況，兩年或者兩年半。他們主要有以下幾個方面的不同：
培養方式：全日制學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位；全日制專業型碩士是克服學術型碩士的弱點，國家新增的培養特定高層次專門人才。學習模式：大多數學碩都是第一年上課，第二年做課題寫論文開題，第三年找工作忙畢業答辯；大多數專碩是第一年上課，第二年企業實習，要麼實習完直接畢業，要麼第三年找工作忙答辯。有些學校的專碩是不用寫論文的，直接考核。未來發展：如果只止於碩士研究生階段，學碩和專碩沒得啥子區別，甚至專碩因為更早的在企業實習，能更快的融入專業領域，得到專業領域知識與實踐的相互驗證。但是如果是想要進一步深造，學碩可以直接申請碩博連讀或者直博，而專碩卻只能順利獲得碩士學位證後，通過考試後者考核的方式進入到博士學習。
至於還有些區別，就是比如入學考試的難易程度不一樣，對於工學和理學而言，學碩的考試難度是要高於專碩的，主要體現在專業課和英語上，錄取比例也是學碩大於專碩。然而對於臨床醫學這個特別的門類來說，專碩的考試難度卻又要高於學碩或者科碩，錄取比例反之亦反。
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