《元史》成書以後，當時就有許多人不滿意。明朝的徐一夔說：順帝在位三十六年的事，既無“實錄”可據，又沒有參考書，只憑採訪寫成，恐怕史事未必核實。明成祖時命解縉改修《元史》，他寫了《元史正誤》一書。後來，參加纂修《元史》的朱右又寫《元史拾遺》，許浩作《元史闡微》等，都是對《元史》的訂正和補充。
清朝的學者，進一步對《元史》加以考證和改編，成果累累，象邰遠平的《元史類稿》、魏源的《元史新編》、洪鈞的《元史譯文證補》、屠寄的《蒙兀兒史記》等；還有從《永樂大典》中輯出的《元朝秘史》。這些書籍對《元史》作了不少增補考證，但仍有許多遺漏。直到清末民初柯劭忞撰成了《新元史》，才有了一部差超人意的元代史書。
柯劭忞（1850—1933年）是清末民初的史學家、字鳳蓀，山東膠縣人。光緒年間考取進士，曾任翰林院編修、京師大學堂總監督。民國初年，為廢帝溥儀侍講，以遺老自居；北洋軍閥政府請他主持一些學術機構，他除接受主持纂修《清史稿》的職務外，其他都不肯承擔。他一生用了較多的時間研究元史，成就以此為最大。
柯劭忞利用明清時期有關元史研究的新成果。又吸收了西方有關元史的資料和書籍，如法國人多桑著的《蒙古史》等書，對元史進行系統的研究。在此基礎上，前後用了三十年時間，於1920年編撰成《新元史》。第二年，北洋軍閥政府總統徐世昌，下令把《新元史》列入正史，1922年刊行於世。這樣，原來國家承認的史書“二十四史”就成了“二十五史”。《新元史》成書以後，日本東京帝國大學授與柯劭忞名譽文學博士學位。除《新元史》外，柯劭忞還著有《新元史考證》等書。
《新元史》以《元史》為底本，斟酌損益，重加編撰。這是近代篇幅巨大的一部斷代史。全書二百五十七卷，包括本紀二十六卷，表七卷，志七十卷，列傳一百五十四卷。《新元史》的體例基本沿襲舊史，但也有一些改動。如本紀前增加一篇《序紀》，記述成吉思汗以前的史事，這同《金史》的本紀之前增加一篇《世紀》相仿。又如，在本紀的最後增加了元順帝的兒子《昭宗紀》。《新元史》的內容比《元史》充實，它補充了元世祖以前的蒙古史事。柯劭忞修《新元史》時，利用了《元朝秘史》和《元史譯文證補》。《元朝秘史》的底本叫作“忙豁侖紐察脫必赤顏”，忙豁侖是蒙古，紐察是秘密，脫必赤顏是總籍，合起來是《蒙古秘史》。原書是畏兀兒文，元仁宗時，由察罕譯成蒙古文，藏在宮裡，不讓外人看。明
太祖時，譯成漢文，名之曰《元朝秘史》，清人錢大昕從《永樂大典》裡把這部書的內容輯出來，這是我國保存的蒙古初期歷史的唯一史料。《元史譯文證補》是清朝人洪鈞根據波斯人拉施特的《蒙古》和伊兒汗國的《黃金史》編寫的。這樣一來，柯劭忞就有可能在《新元史》中補充《元史》對世祖以前事蹟的疏略。《新元史》還補充了北元時期的一部分歷史，載述的截止時間延長到昭宗宣光八年（1378年）。《新元史》中增補了許多列傳，象元朝初年不肯降元的一些英雄志士，尤其是元末農民大起義中的領袖人物，如韓林兒、徐壽輝、張士誠、陳友諒等，《新元史》都為他們一一列傳，詳述他們的事蹟。對宋元之交在歷史上起過重要作用的人物，如夏貴，也增立了傳。夏貴是南宋大將，他以淮西三府、六州、三十六縣投降元軍，牽動宋軍全線潰敗。入元以後，他靠出賣民族利益換取參知政事等高官，但時間很短，僅三年就死了。《宋史》以他是降元的官，沒給他列傳；《元史》以他在元朝沒有事蹟，也沒為他立傳。《新元史》考慮他在元宋戰爭中的重大作用，增補了《夏貴傳》。這個傳的增補，對向後世人進行民族氣節教育，也很有意義。此外，《新元史》對成吉思汗至蒙哥時期蒙古經營西域的內容、四大汗國盛衰興亡的情況等，記載得也比《元史》詳細。《新元史》還糾正了《元史》的錯誤。《元史》中一人兩傳的不少，如速不臺與雪不臺本是一人，完者都與完者拔都是一人，石抹也先與石抹阿辛是一個人，《元史》中都列有兩傳，《新元史》則糾正了這個錯誤。《元史》的列傳編排不合理，如元末人泰不華等人的列傳之後，又接上元初耶律楚材等人的列傳，《新元史》按照時代先後，做了合理的調整。
總之，《新元史》集明、清學者研究元史之大成，以一人之力成此鉅著，功不可沒。近人李思純在《元史學》中說：“其書（指《新元史》）兼具全部改造與詳備博贍之二種長處。中國元史學之有柯劭忞，正如集百川之歸流以成大海，集眾土之積累以成高峰。”這話不免有些溢美。不過《新元史》的確是研究元代歷史的一部重要的、有價值的參考書。
當然，《新元史》也存在一些不足。最大的缺點是沒有編《藝文志》，而且書中所引用的新資料，都沒有註明出處，以致後人研究元史時，用它的史料深感不便。柯劭忞修的《新元史》仍脫不出歷代舊史的重修辦法，疊床架屋，卷帙浩繁；加之書首沒有《敘例》，讓人看不出他著書的義例。此外，《釋老傳》裡沒有補上回教傳和耶教傳，馬可·波羅等人在元朝的活動，也沒有寫入，這些都是《新元史》的不足。
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