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太平天國從1850年在廣西金田起事到1864年被湘軍剿滅，歷時14年，席捲當時大半個中國，特別是中部和東南沿海幾個省份，對當時的清政府造成了嚴重的衝擊，動搖了當時的統治根基，差點讓清王朝提前五十年亡國。
作為當時清朝最高統治者，在太平天國快要滅亡之際，慈禧太后下旨嚴令對太平天國最高領袖洪秀全處以極刑是可以理解的。我們先來分析一下慈禧的恨，然後再分析曾國藩為啥拒絕慈禧的懿旨。
摧毀八旗兵
太平天國經過三年的戰爭就從廣西打到江寧（南京），並建都，改名為天京。在這段期間，天平天國打敗了清朝的正規軍八旗，這裡八旗是包括滿八旗和漢八旗（綠營）。
其中比較有影響的是攻佔武漢、安慶、江寧等地。這些地方都是清朝的軍事重鎮。
後來清朝為了阻擋天平軍的發展，建立了江南大營和江北大營，但也很快都被太平軍攻破，也就是清朝的正規軍基本不是太平軍的對手，損失慘重。
要是太平天國不發生內亂，說不定清朝就被掃蕩出山海關了，重新回到東北關外打獵去了。
截斷財源
要知道被太平天國佔領的地方，都是當時清朝的賦稅重地，包括兩江（今江蘇、安徽、江西三省）、閩浙（今福建、浙江兩省）、湖廣（湖南、湖北兩省）、兩廣（廣東、廣西），還有四川和雲貴的部分。這些地方在南宋以後快速發展起來，成了經濟相對發達的地方，逐漸取代北方的經濟地位。特別到明清時期，江南的經濟更加優越，自然也是國家財稅的主要來源地。
而太平天國佔領了這些地方就截斷了清朝的財源。
削弱統治基礎
太平軍在佔領南京前，為號召各地農民響應起義軍，擴大運動規模，曾提出 “薄賦稅、均貧富”，“將來概免租賦三年”、“均田以賑貧窮”等口號。
這些都在早期得到很多窮苦百姓的支持，也壯大了太平天國的勢力，這樣就削弱了清朝的統治基礎，使當時的很多老百姓成了清朝統治的對立面。
但是由於太平天國統治高層的腐化和內鬥，迅速破壞了自身的戰鬥力，以及對未來發展的錯誤認識，加上對地主士大夫階層的排擠和打壓，就失去了地主知識分子的有力支持。而在封建社會，地主知識分子是社會統治的中流砥柱，得罪了他們就失去了繼續發展的根本，失敗也就在所難免。
在1864年，隨著曾國藩的弟弟曾國荃攻破天京，太平天國也就轟然倒塌，這時的慈禧肯定不想放過洪秀全和太平天國的領導層，下令曾國藩對洪秀全處以極刑，同時要求將李秀成和洪仁軒押解到北京嚴加審訊再處以極刑。
對李秀成等人則是採用秘密審訊後，得到了對曾國藩和湘軍不利的口供，於是在南京直接殺掉。
那麼曾國藩為什麼採用這種抗命的方式處理呢？
規避誹謗檢舉
因為湘軍跟太平天國作戰多年，死傷也不少，在攻破天京後，曾國荃縱兵搶掠了好幾天，用曾國荃自己的話來講：“殺人如麻，揮金如土”。當時的軍費是極為短缺的，為了彌補對湘軍的虧欠和戰前的許諾，不得已而為之。
而在太平天國被攻破後，慈禧還想著從洪秀全那裡得到一些財物充實朝廷，現在卻被湘軍給瓜分了，肯定要追查，當然後來派的馬新貽也就是追查這件事，這也為“刺馬案”埋下了伏筆。
為了防止這些太平天國的投降將領到時誣告或者檢舉湘軍，特別是曾國藩等人，曾國藩棋高一著提前將他們殺掉，解決了後顧之憂。
杜哥說史
太平天國沒有失敗時，清軍快要攻進天京時，洪秀全就已經病故了，埋在了天京的花園裡。後來清軍攻進天京時，好像把洪挖了出來，放進大炮，給轟了出去……這些都是電視劇裡演的，具體歷史誰知什麼樣呢……
老李帶你去窮遊
因為兔死狗悲，太平天國之後對清廷威脅最大的曾了，曾經備受壓制的漢人經過太平天國一番戰爭也終於翻身了，如果讓清廷對漢人使用極刑，他們也就會對以曾為首的其他漢人集團做相同的事，曾的反對也開啟了漢人對抗清廷的序幕，後面的東南互保徹底翻牌。
瓊州三金
這些涉及到歷史與政治的話題不怎麼好回答，一句話就是勝者王敗者寇
朱仔54
這個其實是屬於政治考慮，
慈禧老佛爺自然是恨極了洪秀全，
他動搖了國本，
甚至差一點兒造成那個國家分裂。
可是曾國藩想的比較遠，
也就是說他的格局比較大，
為什麼說他最像王陽明的人在清代，
他能做到舉賢不避親，
舉能不避仇。
自然不會像慈禧老佛爺一樣，
被仇恨矇蔽了雙眼和心智，
所以他能從大局著想。
殺一個洪秀全，
寒了所有投降將領的心，
還有一些未歸順的將領，
以及此起彼伏的農民起義。
這樣的寬宏大度，
會讓農民，普通百姓，
感受到朝廷的仁慈，
不會再反叛，或輕易被煽動。
說簡單的就是收買人心，
這也說明了曾國藩的一個政治家智慧。
讓大清國又多存在了幾十年。
