1951年1月20日，中央人民政府衛生部接管私立北平協和醫院，接管後，私立北平協和醫院更名為北京協和醫院。
20世紀50年代，協和將培養和積蓄的大批醫學人才輸送到全國軍隊和地方各主要醫學院校、科研機構和醫院，在新中國醫療衛生事業發展和醫療衛生服務體系建設中起到了不可替代的重要作用。圖為協和向全國輸送人才的地區分佈。
1957年，張孝騫上書中央建議恢復協和醫學院，周恩來總理親自為學校定名為“中國醫科大學”，中央指示：“只要有黨的領導，可按照老協和醫學院的辦法辦”，該方針後來被簡化為“黨的領導加舊協和”。圖為張孝騫建議的謄清稿。
1965年6月26日，毛澤東主席作出“把醫療衛生工作的重點放到農村去”的“6·26”指示。自1965年至1977年12年間，協和共派出由著名專家組成的醫療隊94批，共計1458人次，足跡遍佈19個省市的60餘個地區，林巧稚、張孝騫、曾憲九、黃家駟、吳英愷、劉士豪、李洪迥等知名專家都參加了農村巡迴醫療隊。圖為1965年農村巡迴醫療隊在湖南湘陰合影。
1971年，美國國務卿基辛格為尼克松總統訪華做前期準備來訪，隨行的《紐約時報》副社長因急症緊急送到協和，經吳蔚然、曾憲九、朱預等手術後康復出院。協和的出色表現受到周恩來總理的表揚。圖為1971年7月26日《紐約時報》頭版發表作者在協和就醫經歷的文章。
1985年，由協和婦產科宋鴻釗院士牽頭的《絨癌的根治療法及推廣》榮獲國家科技進步一等獎，該研究使絨癌從死亡率90%到根治率90%。圖為宋鴻釗（左一）帶領課題組成員查房。
1991年，在全國首次進行的醫院等級評審中，北京協和醫院以最高分通過評審，成為國內首批三級甲等醫院。
1991年，在北京協和醫院建院70週年之際，醫院舉辦“協和精神研討會”，全院上下廣泛討論，總結出“嚴謹、求精、勤奮、奉獻”八個字作為“協和精神”的表述。
1992年，由協和內分泌科史軼蘩院士牽頭九科室聯合開展的《激素分泌性垂體瘤的臨床及基礎研究》榮獲國家科技進步一等獎。圖為史軼蘩（站立者）與課題組部分成員在討論病例。
2003年，在抗擊非典重大戰役中，協和開設四個病區，一千餘名醫護人員參與一線救治，中國用於非典疫苗研製唯一合格的SARS病毒株由協和人親手採集，被命名為“PUMC”病毒株。
2008年奧運會期間，協和被指定為奧運醫療定點醫院。醫院派遣128名業務骨幹奔赴6大現場，上百位專家坐陣奧運病房，通過多科協作，成功搶救美國刀扎傷遊客，為降低突發事件的影響作出貢獻。圖為美國駐華大使館代表美國政府對協和全體醫護人員表示衷心感謝。
2011年1月，上海復旦大學醫院管理研究所首次發佈“中國最佳醫院排行榜”，北京協和醫院位居第一。迄今為止，協和連續蟬聯該榜榜首。
2012年9月28日，北京協和醫院新門診樓正式啟用，一個樓內收納全部門診功能，患者“足不出戶”就可完成所有就診流程。隨後急診樓、外科樓相繼啟用，協和醫療服務再次升級。圖為新門急診樓鳥瞰圖。
2015年8月，協和牽頭執行中組部、人社部和國家衛生健康委組織的“組團式”醫療援藏任務，選派業務骨幹赴西藏自治區人民醫院開展“造血式”醫療幫扶。
2015年10月31日，在2015協和住院醫師培訓國際論壇暨第五屆西湖論壇上，由北京協和醫院牽頭，聯合國內一流教學醫院共同成立“中國住院醫師培訓精英教學醫院聯盟”。
2016年5月25日，北京協和醫院臨床醫學博士後項目正式啟動，是協和恢復小規模“醫學精英”教育、創建適合我國國情並與國際接軌的高端醫學人才培養模式上邁出的重要一步。圖為臨床醫學博士後項目啟動會現場。
2017年6月8日，北京協和醫院轉化醫學樓開工儀式在老門診樓舊址上舉行。該項目將建成五大核心繫統、十五個平臺，計劃於2020年建成試運行，2021年協和建院百年之際正式投入使用。圖為轉化醫學樓開工儀式現場。
2017年11月，受國家衛生計生委派遣，由協和專家帶隊的“中國—老撾眼科光明行”醫療隊赴老撾首都萬象開展白內障手術。此間對老撾展開國事訪問的中共中央總書記、國家主席習近平親切接見了醫療隊成員並作交流。圖為習近平主席與醫療隊成員合影。
2018年10月24日，由協和牽頭的“中國罕見病聯盟”成立，北京協和醫院院長趙玉沛院士擔任聯盟理事長。聯盟旨在整合我國罕見病防治資源，提高罕見病診療水平。圖為《中國第一批罕見病目錄釋義》贈書儀式。
2018年12月21日，協和舉辦“以人民為中心，一切為了患者”主題活動暨百年協和倒計時1000天啟動儀式，面向協和未來發展，趙玉沛院長在講話中提出建設“六大體系”的“規劃圖”。圖為百年協和倒計時1000天啟動儀式現場大合影。
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