紅軍在湘江之戰中損失很大，經過一路作戰，紅軍的兵力從長征開始時的約10萬人，到遵義時不足3萬7千人。
遵義會議後，情況依舊不樂觀。薛嶽兵團帶周渾元、吳奇偉兩個縱隊8個師尾隨紅軍，黔軍王家烈部3個師向遵義發起反撲。在川南，川軍潘文華集中10多個旅的精銳佈防，意圖堵住紅軍入川之路。湘軍劉建緒部4個師已進至黔東，鄂軍1個師又1個旅，沿烏江下游佈防，阻止紅軍東返。滇軍孫渡部3個旅又1個團向昭通、畢節地區開進，防堵紅軍西進。桂軍廖磊部2個師已經趕到了貴州的獨山一帶，準備策應進攻紅軍。
在西南地區，蔣軍集中了40萬軍隊！紅軍雖然在遵義會議糾正了軍事路線的錯誤，毛主席再次回到了核心，但面臨的壓力空前巨大。
遵義會議油畫
王家烈
紅軍將自己前進的方向定為四川。1月19日，下達《關於渡江的作戰計劃》。計劃指出，“我野戰軍目前基本方正，由黔北地域過川南渡江後轉入新的地域，協同四方面軍由四川西北方面實行總的反攻”，並決定“以粉碎敵人新的圍攻，並爭取四川赤化”。這就不可避免地與志在將紅軍堵截在川外的川軍正面作戰。
紅軍分三路縱隊向赤水急進，但川軍主將郭勳奇速度也很快，川軍2個旅先於紅軍進入赤水，並對紅一軍團進行反撲阻止紅軍北進，川軍總共預備隊2個旅積極圍追紅軍，其先頭部隊已到達土城以東地區，川軍模範第三旅隨後跟進。
川軍
面對來勢洶洶的川軍，紅軍決定趁薛嶽兵團尚在烏江南岸，黔軍新敗無力進攻的有利局面，集中主力對川軍圍追的4個團進行圍殲作戰。
1月28日晨，紅軍集中紅三軍團、紅五軍團及幹部團，對前進至楓村壩、青槓坡的川軍進行圍攻。但由於敵情有誤，尾隨紅軍追擊的川軍不是4個團而是2個旅6個團。而且川軍的戰鬥力也出乎紅軍意料。土城戰役時，劉湘模範師的步兵連，全連3個排9個班，每排一個步槍班，一個衝鋒槍班，一個47毫米小迫擊炮班，所以戰鬥打得極其不順利。
紅軍不斷對川軍發起進攻，川軍也積極應戰，戰鬥打成了拉鋸戰，後來紅軍投入紅一軍團也沒有改變戰場態勢。而這時，川軍獨立第三旅、教導第二旅和在赤水城的兩個旅一個團也趕到戰場，對紅軍側後進行攻擊。敵情的變化，促使紅軍只得放棄土城，1月29日晨，紅軍分三路渡過赤水。
蔣氏
紅軍時期的彭德懷
遵義會議之後，雖然指揮員層面進行了調整，但紅軍部隊的情況依舊混亂。根據1935年2月18日《由川南迴師東向對政治工作的指示》中記載：“自遵義出發後，由於疲勞、給養之不足，特別是政治工作的不深入，除個別部隊外，部隊中散漫疲勞現象是在增長，軍紀風紀相當鬆懈……減員較一月前增長，損壞與遺失武器加多。這些現象是與部隊的鞏固、紀律的保持，尤其是戰鬥情緒的發揚，水火不相容的。” 可見當時紅軍內部情況之嚴重。面對這個局面，紅軍上層只好調整部署。
2月7日，指揮部決定暫緩執行北渡長江計劃，改取“以川、滇、黔邊境為發展地區，以戰鬥的勝利來開展局面，並爭取由黔西向東的有利發展”。各軍團受命，迅速脫離川敵，向扎西地區集中。2月9日，各軍團相繼到達扎西地區。在這裡紅軍將迎來長征途中最為重要的一次整編。
長征結束後紅軍某部
紅軍長征經歷了數次血戰，各部隊的編制空缺很大，而紅軍機關的比例卻很高，這也造成了紅軍“頭重腳輕”的局面。為了更好整合戰力，紅軍決定對現有部隊進行統一整編。2月10日，發佈《關於各軍團縮編命令》，由此開始了整編。命令指出“為適應目前戰鬥的需要，並充實各連隊的戰鬥力，以便有力的消滅敵人有生力量，便於連續作戰，特決定實行縮編”。
全軍除了幹部團以外共編16個團，編餘人員全部補充野戰部隊，並扔掉了最後的負重包袱，實際戰鬥力提升，機動能力空前提高。除了紅一軍團保留師的編制外，其他3個軍團都取消師這一級編制。
改編後的情況為：
紅1軍團（林彪、聶榮臻）兩個師：紅1師（陳光、劉亞樓），轄紅1團、2團、3團；紅2師（李聚奎、黃甦），轄紅4、5、6團。經此改編，紅1軍團成為唯一保留師的軍團，林、聶軍團的主力地位空前凸顯。
紅3軍團（彭德懷、楊尚昆）轄紅10、11、12、13團。
紅5軍團（董振堂、李卓然）轄紅37、38、39團。
紅9軍團（羅炳輝、何長工）轄7、8、9團。在扎西紅軍還積極擴紅，增加了3000新戰士。
紅軍時期的林彪
隨著扎西整編的完成，紅軍在整體戰鬥力上得到了很大的提高，尤其是在部隊的機動性上有了很大的改善。在隨後紅軍再渡赤水、重佔遵義並在婁山關之戰中，重創蔣軍吳奇偉縱隊59、90師，繳獲大批武器、彈藥。最終，紅軍成功四渡赤水，化被動為主動，擺脫了蔣軍的圍追堵截。
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