東南大學和同濟大學都是建築老八校的成員，建築土木實力大致是勢均力敵，水平實力都很高。北京航空航天大學是國防七子，涉及到的的軍工的領域較多，科技科研實力雄厚。

學校定位

北京航空航天大學是中華人民共和國工業和信息化部直屬、中央直管副部級建制的全國重點大學，位列世界一流大學建設高校、211工程、985工程重點建設高校，入選珠峰計劃、2011計劃、111計劃，是全國第一批16所重點高校之一、80年代恢復學位制度後全國第一批設立研究生院的22所高校之一，也是新中國第一所航空航天高等學府。

北京航空航天大學

同濟大學是中華人民共和國教育部直屬並由教育部、國家海洋局和上海市共建的全國重點大學，中央直管副部級高校，國家“雙一流”、“211工程”、“985工程”建設高校；入選珠峰計劃、卓越工程師教育培養計劃、卓越法律人才教育培養計劃、卓越醫生教育培養計劃。

同濟大學

東南大學是中華人民共和國教育部直屬、中央直管副部級建制的全國重點大學，建築老八校及原四大工學院之一，國家首批雙一流（A類）、211工程、985工程重點建設高校，入選卓越工程師教育培養計劃、卓越醫生教育培養計劃，教育部與江蘇省、國家國防科技工業局共建。

師資力量

北京航空航天大學有在職教職工3928人，其中專任教師2172人，教授、副教授1726人，專任教師中具有博士學位比例為78.0%。凝聚了以3位兩院院士、27位中組部“千人計劃”入選者、31位“973”計劃首席科學家、65位“長江學者獎勵計劃”教授、50位“國家傑出青年科學基金”獲得者、3位國家級教學名師等為代表的高層次人才，引進諾貝爾獎獲得者2人。

北京航空航天大學

同濟大學有專任教師2814人，中國科學院院士10人（含雙聘），中國工程院院士13人（含雙聘），第三世界科學院院士2人，美國工程院外籍院士1人，德國工程院外籍院士1人，瑞典皇家工程科學院外籍院士1人，比利時皇家科學與藝術學院外籍院士1人。

同濟大學

東南大學有專任教師2899人，有兩院院士11人，歐洲科學院院士1人，國務院學位委員會第七屆學科評議組成員13人，國家“萬人計劃”專家37人，“長江學者獎勵計劃”教授62人，國家級教學名師獎獲得者6人。

學科建設

北京航空航天大學有8個一級學科國家重點學科（並列全國高校第7名），28個二級學科國家重點學科，23個博士學位授權一級學科點，40個碩士學位授權一級學科點，20個博士後科研流動站。

東南大學

在2018年“軟科世界一流學科排名”中，航空航天工程學科為世界第一。教育部第三輪全國高校學科評估中，北京航空航天大學有6個學科排在全國前5位，有13個學科排在全國前10位，航空宇航科學與技術、儀器科學與技術兩個學科位居全國第一。

同濟大學有博士後科研流動站30個，博士一級學科學位授權點32個，博士專業學位授權點3個，碩士一級學科學位授權點47個，碩士專業學位授權點18個。12個一級學科在全國高校學科水平排名進入前2%或A類。

東南大學

東南大學有33個博士學位一級學科授權點，49個碩士學位一級學科授權點，5個國家一級重點學科（涵蓋15個二級學科），5個國家二級重點學科，1個國家重點（培育）學科，30個博士後科研流動站 。

這是三個很好的學校，沒有可比行，如果真的要分出高低，國內外發布了眾多高校排行榜，如果一定要比較一下，應該具體哪個專業。