景定五年（1264年）11月16日，趙昀病逝，在位四十年，享年六十歲。宋理宗在位期間對當時的南宋來說並沒有什麼太大的貢獻，他自己並不管朝廷的事情，把朝廷所有的事都交給其他大臣去處理，自己就享受著生活，他做夢也沒有想到他死後，竟然有人把他的頭顱製成了酒器。
元朝滅南宋之後，對於當地人進行了殘酷的統治。當時，元朝統治者崇信喇嘛教，對密宗的喇嘛們十分信用，並派遣一名叫楊璉真迦的西夏和尚到江南為官，成為“江南釋教總統”。楊璉真迦在當地享有特權，他不守清規戒律，四處強搶民女，掠奪民眾的民脂民膏。
為了弄到更多錢，楊璉真迦打起了宋朝皇陵的主意。南宋時期，皇帝一般被埋在會稽，形成南宋六皇陵。在六皇陵中，以宋理宗的陵墓陪葬品最為豪華。終南宋一代，總有恢復中原的期望，所以南宋所有皇陵埋得都很淺，這也是為了日後回中原改葬方便。正是因為埋得淺，方便了那些貪婪的盜墓賊，特別是那些披著合法外衣的盜墓者。
1278年，就在宋理宗去世的14個年頭，那時南宋還有少數勢力沒有被元朝平定。妖僧楊璉真迦迫不及待地衝向南宋六陵，並將試圖阻擋他的守陵使羅銑痛打了一頓。隨後，楊璉真迦開始大肆發掘皇陵，將宋寧宗、度宗和楊皇后的陵墓一併盜取，所獲財寶不計其數。
之後，楊璉真迦又將宋理宗的墳墓搶個精光，並將他的屍骨暴露於外。一位西域僧人見宋理宗的頭骨長得別緻，於是將其盜走。駭人聽聞的是，這名僧人截去了頭骨的天靈蓋，鑲上珠寶，做成了酒碗。這是遊牧民族一貫的習俗，匈奴的冒頓單于就曾將仇敵大月氏國王的頭骨做成酒碗。之後，這個酒碗被獻給楊璉真迦，一直供他向他人炫耀。
宋皇的屍骨散落一地，楊璉真迦還不讓漢族百姓為他們收屍，將之視作反抗行為。然而，還是有五個不怕死的百姓，冒險潛入陵區，將散落的骨骼收集起來，安葬蘭亭天章寺前，上植冬青樹為記號。
最後，楊璉真迦失去了忽必烈的信任，被抄了家，理宗的頭蓋骨酒碗也到了忽必烈手裡。而忽必烈對理宗毫無同情之心，又將此酒碗送給了當時的帝師八思巴。直到元朝滅亡，此碗還掌握在喇嘛僧人手上。
明朝取代元朝後，朱元璋與故元大臣危素討論到酒碗之事，不禁百感交集。於是他下令，從一名喇嘛手中強行奪過了這枚酒碗。朱元璋撫摸著酒碗說：“朕今天為你報仇了！”1368年，朱元璋派25萬大軍北伐，攻入漢人闊別500年的幽雲十六州，驅逐胡元，恢復了漢家河山。一次，朱元璋與侍讀學士危素的談話中，兩人談及前朝往事，聽說了“骷髏碗”一事。這個骷髏碗竟然是用宋朝皇帝宋理宗的頭骨製成的，朱元璋聽完唏噓不已，派人四處尋找，終於找到了此碗。朱元璋將頭骨以帝王之禮重新下葬，並且說道：“朕為你報仇了！”洪武元年（1368年）四月，朱元璋將宋理宗的頭蓋骨下葬於金陵聚寶山。歷經多年，宋理宗終於入土為安了。
宋理宗曾經有兩個兒子，即永王趙緝和昭王趙繹，但都夭折了。此後，後宮再沒有為理宗生下皇子。吏部侍郎兼給事中洪諮夔曾建議理宗選宗室子弟養育宮中，擇其優者為皇子，但理宗此時剛過中年，仍然希望後宮能產下一子，所以沒有采納。淳祐六年(1246)，理宗已經年過40，仍然沒有兒子，而立儲之事已經不能再無限期拖延下去，遂開始物色皇子人選。從感情和血緣關係來講，理宗理所當然地傾向於親弟弟趙與芮的兒子。
宋理宗於淳祐六年十月將趙與芮的兒子接入宮內接受教育，賜名孟啟。寶祐元年(1253)正月，又立他為皇子，賜名禥，正式確立了皇儲身份。十月，又封趙禥為忠王。趙禥之母是榮王趙與芮府中的一名小妾，因出身微賤，總受正房夫人的欺負，發現懷孕後立刻被夫人逼服打胎藥，誰知胎兒沒打下來，還是出生了。因為是皇帝近親唯一的男孩，得到全府上下人的保護，無奈已中藥毒，天生體弱，手足發軟，很晚才會走路，七歲才會說話，智力低於正常水平，宋理宗為他配備了良師，精心教導，仍不能使他開竅，常常把皇帝氣得發昏。左丞相吳潛不同意讓這個弱智兒為大宋天下的繼承人，請求另選宗室子弟，但是，宋理宗是史彌遠從民間選來的，本來就與宋宗室沒多大關係，當然不願意。賈似道乘機進讒言，將吳潛貶往外地，別人更不敢多言了。
理宗對趙禥的教育非常嚴格。趙禥7歲時，理宗就讓他入宮內小學讀書，立為皇子後，又為他專門建造“資善堂”，作為學習的場所，並親自為他作了一篇《資善堂記》。理宗還遍選名家作趙禥的老師，如湯漢、楊棟、葉夢鼎等人，都是名聞一時的大儒。理宗對趙禥每天的日程作了嚴格的規定，雞初鳴入宮向理宗問安，再鳴回宮，三鳴就要到會議所參加處理政事，以鍛鍊其理政能力。從會議所出來以後，去講堂聽各位老師講說經史，終日手不釋卷。傍晚的時候，再到理宗面前問安，理宗藉機考問他當天所學的內容，回答得正確，賜座賜茶;回答得不對，理宗則為他反覆剖析;講完以後，如果趙禥還不明白，就會受到理宗的斥責，令其明日再學。由於趙禥學業並沒有太大長進，經常惹得理宗大怒。然而趙禥畢竟是與理宗血緣關係最近的侄子，即便不成器，理宗也只能盡力而已。
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