根據公開信息顯示，海航航空股份有限公司持有祥鵬航空70.19%的股份，認繳245380.000439萬元。雲南鵬夏元昊投資合夥企業（有限合夥）持有祥鵬航16.49%股份。
雲南省交通投資建設集團有限公司則持有13.32%股份，認繳出資46558.80976萬元。
此外，海航在祥鵬亦有人事佈局，其中雲南祥鵬航空有限責任公司的董事長蒲明是前海航副總裁，現在還是西部航空有限責任公司董事長。
祥鵬航空成立於2004年7月，樞紐機場是昆明長水國際機場和麗江三義國際機場。重點機場是武漢天河國際機場和成都雙流國際機場。截止2019年9月，祥鵬航空公司共擁有57架客機，其中包括3架空客A319-100、8架空客A320-200、6架A320neo、4架空客A330-300、12架波音737-700、21架波音737-800和3架波音737 MAX 8（處於停飛狀態）。
2008年，雲南省國資委和海航集團簽署戰略合作協議，雙方共建祥鵬航空。2016年，祥鵬航空正式轉型為低成本航空公司，這也是雲南省第一個低成本航空公司。2016年8月2日，祥鵬航空正式獲得國際航空運輸協會（IATA）會員證書，成為國際航協正式會員。2017年4月10日，祥鵬航空引進了首架空客A330，成為大陸地區首個擁有寬體客機的低成本航空公司。
祥鵬航空還是U-FLY聯盟成員，U-FLY聯盟是全世界第一個低成本運營商聯盟，成立於2016年1月，聯盟成員包括香港快運航空、祥鵬航空公司、烏魯木齊航空、西部航空和易斯達航空。
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