觀影小子
很高興回答這個問題。
這兩個角色在《火影》中的人氣絕對是非常高的，尤其是宇智波鼬，在被作者強行畫死的時候，可是造成了不小的反響，不少狂熱粉都給作者寄了刀片。
回答這個問題之前，首先要確認鼬與水門的巔峰期都在何時？
先來說說鼬，最強的時候應該是被帶土穢土轉生之後，雙神器、須佐、別天神、無限的查克拉......這個時候，面對長門，一己之力改變戰局，將擁有輪迴眼的長門封印。
幻術月讀是鼬的成名絕技，五五開卡卡西、鳴人、佐助、大蛇丸等強者都曾吃過這個幻術的苦，對於沒有反彈幻術的人來說，可以說是簡單直接的對敵之術。
天照也是萬花筒寫輪眼的專屬技能，從鼬死之前還要將這一技能傳遞給佐助，可見這項技能的強大。雖然很強大，但在火影中的戰績卻不是很光彩，除了燒掉了雷影的一隻胳膊，好像也沒有什麼其他的了。天照的缺陷很明顯，就是燒的太慢，當初佐助和鼬大戰，鼬燒了一棵樹，結果打完了樹還沒燒完。
伊邪那岐和伊邪那美作為禁術，其強大是毋庸置疑的，但同樣的副作用也是很明顯的，直接報廢一隻寫輪眼，如果不能一擊致命，則意味著失敗。
從防守上，鼬有號稱“絕對防禦”的須佐，和“神器”八尺鏡，前者很難被攻破，後者可以反彈技能，可以說是絕配了。
再來說說波風水門，活著的時候沒能到達巔峰，同樣被穢土轉生是其巔峰期。水門在火影中的戲份真的不多，大都是通過敵人的回憶與評價體現出來的。水門的絕技沒有鼬那麼豐富多彩，自創的螺旋丸、空間之術飛雷神以及學自老婆的漩渦一族的各種封印術，當然還有九尾模式。
從進攻上，水門賴以成名的是螺旋丸和飛雷神。前者在鳴人手中發揚光大，但作為創造者，水門的螺旋丸肯定也是十分強大的，配合飛雷神的速度，也是 BUG 一般的存在。而且在和斑戰鬥裡水門也施展過仙術，就是不太熟練無法充分利用。
從防禦上，水門沒有什麼特殊，不過“天下武功，唯快不破”，只要速度夠快，就完全不需要防守，因為根本打不到。
較之兩者，個人覺得水門稍強，幻術對於九尾化的水門可以說效果甚微，天照的速度肯定是跟不上飛雷神，九尾模式對陣須佐，封印術對決禁術……綜合對比起來，水門可能會佔很小的優勢，但是水門的攻擊很難破開須佐的防禦，而鼬又很難擊中水門，這時候就看誰的體力更好了。
兩個人畢竟不是一個時代的人，真正對決顯然不可能實現，粉絲能做的就只有這種隔空對決了。
漫娛來了
火影兩大毫無爭議的天才，波風水門和宇智波鼬，假如兩人對戰，結果會如何？下面我們來詳細分析。
有些話需要說在前面，我們討論問題的基礎來自於漫畫劇情。畢竟，火影是一部漫畫作品，後來才被改編成動畫，漫畫裡沒有展現的劇情或者觀點，不做判斷，僅提供參考性意見，旨在拋磚引玉，無意於提供絕對正確的答案。
我們不妨假設四代與鼬處於同一時代，這就要求兩人同時是活生生的人，而非穢土轉生時期的不死之身。
我們將鼬迴歸木葉時的實力設定為他的巔峰實力時期。這是因為鼬在十三歲就當上了暗部分隊長，可見在當時鼬就已經在暗部中嶄露頭角。十八歲時，鼬迴歸木葉，第一次在卡卡西、夕日紅、阿斯瑪三人面前展現壓倒性實力。三年後，鼬二十一歲，在佐助的戰鬥中因病去世。我們無法肯定鼬的病是何時開始，姑且把他18歲打敗卡卡西等三人時的實力作為他的巔峰時期。
同樣，我們將四代火影吊打帶土當時的實力，設定為他的巔峰時期。由於四代火影是在第三次忍界大戰中崛起的英雄，他的實力巔峰時期應該是從忍界大戰開始到九尾事件之間。
綜上所述，鼬的巔峰時期是他加入暗部到迴歸木葉時期，四代火影的巔峰時期是九尾事件之前到第三次忍界大戰。
兩個人的對戰會帶來什麼樣的結果呢？我們從忍者戰心得之忍術、體術、幻術這三大方面來分析。
一、忍術。
宇智波鼬：火遁系忍術、寫輪眼洞察力、天照、須佐能乎，十拳劍、八尺鏡、烏鴉分身。
波風水門：螺旋丸、飛雷神、仙人模式、通靈術—妙木山蛤蟆。
分析：從忍術類型上來說，鼬的忍術類型無疑更多，但是火影世界裡，並不能因為忍術總類多寡判斷實力強弱，也沒有絕對無敵的忍術，只有善用忍術和一切有利條件的忍者。
波風水門就屬於善用忍術的忍者，將飛雷神術發揮到了極致水平，並結合其他攻擊性忍術，在速度上壓倒對手，從而使自己立於不敗之地，“黃色閃光”得名於此。
鼬也屬於善用忍術的忍者，在位移速度上，也許並不能與四代比肩，但他的忍術結印、施放速度屬於頂級，對戰卡卡西、夕日紅、阿斯瑪時的結印之快到肉眼看不見，而忍術發動速度快，意味著更加高效的戰鬥應變能力，因此在速度上，可以說四代並不能從鼬那裡取得什麼便宜
有人可能會為鼬的藍耗擔心，關於這一點，其實漫畫中已經有暗示，那就是巔峰時期的鼬，MP一點都不少。
鼬二十一歲時死於和佐助的戰鬥，在當時身患重病的情況下，依然逼迫佐助使出了當時的最終大招麒麟。在此之前，鼬使用了手裡劍術、火遁、天照、萬花鏡寫輪眼幻術、烏鴉分身等忍術。在佐助藍量見底的情況下，鼬依然有餘力，使用了須佐十拳劍、八尺鏡封印了大蛇丸。這就證明，即使在身患重病的情況下，鼬的藍量，依然不比當時的佐助少。
那麼在鼬健康無病的時期，也就是十三歲任職暗部分隊長時到十八歲迴歸木葉這段時期，可知他的藍量當不少於忍界大戰時的佐助。即使四代開了仙人模式，藍量也不會比鼬巔峰時期更多，這是因為所謂仙人模式，並不是有些觀點認為的“無限回藍”，實際是一種強化能力。
上圖為妙木山仙人為鳴人講解仙人模式，從對話裡可知，仙人模式實際是要從大自然裡吸取能量，與自身的精神能量、身體能量達到平衡，強化忍術、幻術、和體術的一種強化能力，跟無限回藍沒有什麼關係。
忍術比拼上，鼬和四代應該是旗鼓相當的。
二、體術
兩人都是具有影級實力的忍者，這一點應該沒有爭議。體術本來就是忍者的必修課，從漫畫中可以得知，同等級忍者的體術其實基本在伯仲之間，不分上下。當然，除了阿凱和濃眉毛這樣的特例。
因此體術較量上，兩人應該也是半斤八兩。
三、幻術
因為漫畫中沒有展現四代的幻術能力，我們無從得知四代使用或者破解幻術的能力到底如何，但還是可以做一點推測。
四代師從自來也，而自來也就是一個不擅長使用幻術的忍者。自來也曾經教授鳴人破解幻術，但從風影救助篇裡我們知道，鳴人遇見了只有百分之二十實力的鼬，依然被幻術所迷。鼬用一根手指頭讓鳴人陷入了幻術無法自拔，還是小櫻和千代婆婆幫助鳴人才破解了幻術。
因此我們有理由相信，四代在破解幻術上，進一步說在破解鼬這種級別的忍者使出的幻術上，是不具備優勢的。更何況鼬的月讀根本是無法破解的，卡卡西已經說的非常明白了。
假設四代和鼬兩人對陣，假設四代中了幻術，沒有人可以幫忙解開，這是鼬的一個優勢。同時請注意，我們設定的四代巔峰時期，是不包括穢土轉生階段的，因此四代體內也沒有九尾，可以幫忙解開幻術。
事實上，就算體內有尾獸幫忙，四代也不見得躲得了鼬的幻術。因為奇拉比曾經牛氣哄哄的說過幻術對人柱力沒用。
但實際上，在鼬後來與奇拉比的戰鬥中，卻打臉一般陷入了鼬的幻術之中， 靠八尾才解開了幻術。不過我們注意到，從中幻術到解開幻術，依然是有一定時間空當的。假設鼬和四代兩人對壘，短短几秒鐘，也足夠決定勝負了。
綜上所知，鼬在幻術上，對四代是有絕對優勢的。也不要認為閉眼、或者不看眼睛就可以躲開幻術，鼬是憑藉一個手指頭也可以發動幻術的天才忍者。
最後來談談鼬和四代兩人的天賦誰更高。
漫畫顯示，鼬是佐助入學之前，忍者學校最優秀的學生。
這句話來自佐助的回憶。佐助6歲入學時，忍者學校的一位老師說過這樣的話：
“他（鼬）可是忍者學校前所未見的天才，到目前為止，都沒有比他更優秀的學生。”
這位老師從容貌上判斷，應該與佐助的父親宇智波富嶽年齡相仿，也就是四十歲左右。佐助入學六年前，九尾事件爆發，四代二十四歲去世，推算當時這位老師年齡應該在三十四歲左右。
假設水門六歲入忍者學校學習，那麼這位老師當時應該在十六歲左右，已經是該升中忍的年紀，不可能沒有聽過波風水門在忍者學校的表現，但他依然說鼬是最優秀的學生，還不能說明鼬的天賦高於水門麼？
也許有人會問，既然鼬的天賦這麼優秀，怎麼名聲沒有水門大呢？
通過佐助的回憶我們知道，佐助六歲入學時，鼬加入了暗部，而鼬大佐助五歲，可知鼬在十一歲就加入了暗部，到離開木葉為止，一直是暗部成員。暗部這個部門，說重要也重要，但加入暗部，也意味著斷送了前途和名聲。
上圖紅框中為兵之書裡關於暗部的描述：“直屬火影的影之部隊，專責執行拷問及暗殺等難度特高的任務。部隊會依據任務的難易度，隨時做出調配，但以達成任務為首要目的。”
簡單總結，暗部就是火影的特務部隊，乾的活都是上忍不屑於幹或者見不得光的髒活，所以加入暗部就要帶面具。
加入了這種部隊，前途可想而知。看看歷代火影，哪一個是暗部出身？卡卡西曾經在暗部待過一段時間，但也沒有一直待下去，估計可能是因為暗部的工作實在不是人乾的，否則六代火影哪裡輪得到他。
反觀水門，參加第三次忍界大戰，立功無數，聲名顯赫，黃色閃光無人不知無人不曉。
所以說鼬生不逢時，水門是亂世英雄。
總結：鼬在幻術上，對陣四代火影波風水門無疑是有優勢的，其他方面兩人基本旗鼓相當。但兩人畢竟不是一個年代的人，這決定了鼬和水門無論如何也不能真的打上一架，所以以上所有分析皆屬於筆者個人意見，旨在為大家提供一點參考。
以上。
邪見帝國
其實我之前回答過此問題，兩人都有自己的優點和短處。
宇智波鼬從小天賦異稟，學習快腦子好用，尤其是宇智波的眼睛自帶bug身形速度都勝人一籌可以說體術忍術都是一流的存在，尤其是幻術和須佐能乎，在曉組織中也是數一數二的高手。但缺點就是藍量少，身體欠佳。
水門也是極具傳奇色彩的任務，在忍者大戰中一戰成名，更得到黃色閃光的名號，可見其體術和飛雷神之術的厲害，加之後期當了火影之後肯定也習得了不少厲害忍術。缺點就是防禦力較低，但查克拉量深不見底，消耗戰沒問題。
如果兩人作戰鼬肯定想速戰速決，水門也要注意鼬的多攻擊手段，個人認為水門會打鼬查克拉量不足的戰術，水門的勝算大點。
