如何選擇，是海因克斯的拜仁，還是瓜迪奧拉的拜仁？
如果問題是哪支球隊硬實力更強，那必會掀起一場激烈的辯論。海因克斯在2012-13賽季贏得“三冠王”的那支拜仁可能是更熱門的選擇，也有些人則認為，瓜迪奧拉沒能在巴伐利亞贏得歐冠是失敗的。
但在戰術層面上，瓜式拜仁無疑更有意思。在接手歐冠冠軍後，瓜迪奧拉完全推翻了海因克斯的藍圖，進行了徹底的改造。鑑於拜仁在德甲一家獨大的地位（分別在2013-14、2014-15、2015-16賽季，以19、10、10分的優勢奪冠），瓜迪奧拉可以時不時、有選擇性、有實驗性地做戰術演練，以此保持工作的新鮮感，用瘋狂的陣型測試球員。其中，他實打實地創造出了一個新的體系。
當年在結束一年的休假後加盟拜仁，眾人翹首以盼，期望“瓜女神”把他在巴塞羅那的模板帶到新東家。的確，瓜迪奧拉自己也曾打算這麼做。但是當他備戰德甲的比賽——當他有了親身經歷——他幾乎被每一個聯賽對手的反擊能力所震動。
因此，瓜迪奧拉比以往任何時候都更關心他的球隊的控球結構，以確保拜仁在丟掉球權時，可以處於一個良好的狀態來壓迫緊逼——或者，即使不能的話，也至少要在陣容中心維持穩固的結構。
這也促成了他對拉姆和阿拉巴改造中衛的革命性使用。紙面上，他們是傳統的邊後衛，位於中後衛的兩邊，而在球隊控球時（大部分時間都是這樣），兩人會向中路收，在中場的兩邊打掩護。一開始，這似乎是一個奇怪的策略，看上去是為了讓裡貝里和羅本在一對一的情況下有更多的空間。
但其實，這是為了維持一種防守的姿態。人們普遍接受的邊後衛移動方式，是邊後衛由外側直插對手後衛線。這意味著當他們失誤時，經常會距離中衛50碼開外，而速度快的對手便可以由邊路走廊的空當進行突破。瓜迪奧拉這樣佈置邊衛，意味著他們可以用更少的空間來恢復陣型，而理論上的四後衛可以在球場上緊密配合。
這種戰術佈置給人的感覺是革命性的，考慮到幾乎沒有其他球隊嘗試複製這種思路，這種佈置興許根本就解釋不通。但這仍然是瓜迪奧拉獨特的想法，至少在頂級聯賽中是這樣。無人效仿的部分原因，是其他球隊沒有像拉姆和阿拉巴這樣控球自如、國家隊中擔任過中場並經常在拜仁青年隊踢這個位置的邊後衛。
瓜迪奧拉在巴薩時期玩過的花活有：中場拖後改後衛，以及偽9號。他向來以瘋狂的陣型部署而聞名，但這一次這麼使用邊後衛，你在其他任何球隊身上都看不到一點影子。
邊後衛收到中場，意味著傳統的中場球員可以在更有侵略性的位置上向前推進。德布勞內曾說過自己在曼城扮演著“8號自由人”角色——這實際上形成了前場“五”叉戟。有時候——包括在2015年10月4-0戰勝科隆的比賽中（如下圖所示），瓜迪奧拉從字面上詮釋了當時的情況，派出了五名攻擊手。
對陣科隆，由於裡貝里缺陣，他使用了道格拉斯-科斯塔、托馬斯-穆勒、萊萬、羅本和科曼5人組成的前場攻擊組，中場三人有邊後衛拉姆和拉菲尼亞，而只放了包括阿拉巴在內的兩名中後衛。
2-3-5陣型作為一種遠古“金字塔”陣型，在紙面上看來就離譜，但瓜迪奧拉已經意識到他的球員們在以4-3-3進攻時會形成這種陣型。既然本隊可以保持長時間的控球，那就不妨在進攻中部署適當的球員。
在調教個體球員方面，瓜迪奧拉經常因為善於挖掘年輕人的潛力而備受讚揚。在拜仁，更值得注意的是，他有了轉變——鼓勵世界級球員去扮演不同的角色。
其中令人意想不到的，便是作為關鍵球員的羅本和裡貝里。一開始，他們作為盤帶大師，不同於佩德羅和比利亞那樣的無球跑動者，似乎與瓜迪奧拉在巴薩的模式格格不入。但是，瓜迪奧拉看菜下飯進行調整，特意安排邊路，使他們其中之一有機會單挑對方邊後衛。作為一名突前右邊鋒，羅本在7-1勝羅馬那場的作用尤其令人難忘，尤其是對阿什利-科爾來說。作為這一代球員中最穩定左後衛之一，他經歷了災難般的上半場，半場結束時就被換下。
同樣值得注意的是，哈維-阿隆索在瓜迪奧拉手下，甚至成為了一名更好的球員。他有時會回撤到中後衛中間組織進攻，專注於傳出突破防線的直塞，而不是如他以往熟知的那樣進行對角線長傳轉移。哈維-馬丁內斯曾經在一場比賽中擔任過四種不同角色，而諾伊爾則被鼓勵在一條格外高壓的防線後面，在比以往任何時候都更開闊的後場範圍進行掃蕩。
有時候，這意味著瓜迪奧拉認為諾伊爾是一個優秀的清道夫，所以他相應地改變了陣型。在2015年歐冠半決賽客場對陣老東家巴薩時，他對梅西、蘇亞雷斯和內馬爾三人組時使用了三人防守。很難想象他在職業生涯早期會冒這樣的風險。當時他會用四人防守，以確保有一人可以進行協防。然而，瓜迪奧拉卻認為諾伊爾能勝任新的“協防人”。然並卵，梅西在第一回合的後半段開啟殺神模式，終結了比賽。
這是瓜迪奧拉連續3年歐冠半決賽慘痛回憶之一。前一年，他的拜仁以0-5慘敗給皇馬，而2015-16賽季他們客場被馬競淘汰。每一次，瓜迪奧拉都輸給了西班牙對手，而他並沒有像人們預期的那樣，讓至高無上的地位轉移到德國，讓拜仁成為歐洲最具統治力的俱樂部。
這仍然對他不利，特別是拜仁在他到來時已經拿到歐冠冠軍，而現今曼城的歐戰表現不佳的情況還在繼續。但從純粹的戰術角度來看，在拜仁的那段時間是，瓜迪奧拉最迷人、最大膽、又最具創新性的時期。
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