萬曆十二年（1584年）以後，明神宗朱翊鈞終於擺脫了張居正和馮保在政治上對他的威勢，一切留在心中的昔日暗影統統被抹去了。自從，他才真正感到自己是個名副其實的皇帝，他要施展自己的權力，要堂堂正正地親政了。
照理說，曾經有過抱負的朱翊鈞應該堅持張居正的改革，使十年來取得的成果繼續發揚下去，中興大明，建功立業。然而親政以後，朱翊鈞來了一個一百八十度大轉彎，張居正的改革措施幾乎被全部廢除，那些對皇上、對體制有制約因素作用的規章制度，盡行罷棄，曾被革除的冗官得以恢復。他還親自謀劃自己的生活用度，以養帝王之尊。 如果說僅僅是在觀念上的不同而廢除張居正的改革，這倒也沒什麼，只要朱翊鈞肯發奮圖強，國家應該也能治理好。而親政以後，朱翊鈞沉溺於酒色，後宮已有美女數千計，但他還覺得不夠，讓太監為他從民間搜求美女，以供他享樂。 日夜縱酒，沉溺美色，而且動則大醉，醉後必怒，怒則打人，宮女，內侍稍有不留意，便遭責打，重的常常被打死。他還逐漸學會了抽大煙，玩花鳥，在宮中常常以擲銀葉為戲，其貪婪秉賦隨著年齡的成長，也在與日俱增。
玩物喪志使得神宗朱翊鈞的生活開始墮落，兒時的母后的嚴教下的寒窗苦讀，雄心壯志，已蕩然無存了。他每日處理政務，批改奏章感到厭倦，常常見到奏章留下不處理，及所謂的“留中”，時間長了也就不了了之了。後來朱翊鈞又將日講、經筵和早朝野一概停止了。 在長達二十多年的時間裡，閣臣們有事，卻長時間無法面奏，便上疏央求神宗，哪怕每個月能臨朝三四次也行，可神宗讀罷覺得好笑，天下是朕之天下，我都不著急，爾等何故著急。 當時有個叫雒於仁的京官，任職一年多了，只見過皇上三次面，看到皇上的懶散荒怠，甚是不安，於是寫了一份上疏，題為《酒色財氣四箴》，力數神宗日夜飲酒、耽於女色、貪財好貨、亂伐天辜等劣跡，希望皇上能幡然醒悟。神宗看到上疏，勃然大怒，一定要治雒於仁的死罪，後經首輔申時行的勸阻，還是不要張揚的好，否則恐怕招致眾議，令其歸家為民。
神宗自知理虧，也只好作此處理了。從此以後，神宗索性把不理朝政公開化，自萬曆十八年（1590年）起，不再臨朝，直到萬曆四十三年（1615年）發生了“梃擊案”，他才召見過一次群臣，滿朝文武才有幸得瞻仰天顏。作為一個皇帝，二十五年不臨朝，在中國封建社會歷代王朝中是僅見的。 神宗不理朝政，造成了整個國家機器處在癱瘓之中，許多軍政大事得不到處理。政府部門的官缺得不到及時補充，正常的運作難以維持，者成為了當時大明王朝的一大問題。 萬曆二十四年（1596年）七月，吏部尚書孫丕揚上疏神宗，懇請皇帝體察國家多事之秋，必須因政設官的苦衷，准予吏部辦理補缺，神宗對此不予理睬。到萬曆三十年（1602年），官員短缺的問題十分嚴重了，兩京尚書缺三人，侍郎、科道缺九十四人，巡撫缺三人，布政使、按察使及監司機構缺六十六人，全國有二十五個府缺知府。
萬曆三十四年（1606年）二月，大學士沈鯉魚和朱賡上疏，請求補六部大員，神宗對此奏疏十分反感，這一年，中央九卿要員空缺一半，有的衙署竟空無一人，參與上疏的朱賡任職三年，未見過神宗一面，而且有近一年的時間，內閣中只有他一人。 到了萬曆四十年（1612年），內閣僅葉向高一人，六部僅趙煥一人，都察院連續八年無正官，六科只有數人，全國半數以上的府沒有知府，新科文武進士及教職千人，待命在京城無人管。 萬曆四十五年（1617年）二月，有數百人圍聚在長安門外，大學士方從哲、吳道南路過此地便上前詢問，原來是鎮撫司所管犯人的家屬，問之則曰：“司裡沒有主事的官，好長時間犯人得不到判決，關在獄中乾耗著，人都快死光了。”
方、吳二人受犯人家屬之託上書神宗，希望趕快結案，是殺死赦來個痛快。神宗依然是將此疏留中，不作處理。人云，明之亡自萬曆始，由是觀之，當不誣也。
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