目前在全國範圍的檢測數據中我們發現了五個“超級父系祖先”單倍群：Oα(O2a2b1a1a)-M133、Oβ(O2a2b1a2a1)-F46、Oγ(O2a1c1a1a1a)-F11、Oδ(O1a1a1a1)-F78、Cα(C2c1)-F1144。之所以稱為“超級祖先”，是因為這五個父系單倍群的爆發時間都在一萬年前的全新世開始之後，各自都佔到了全國男性人口10%左右的比例，分佈範圍遍佈整個東亞地區。那麼這五個超級父系家族能對應傳說中的“三皇五帝”嗎？超級父系祖先的形成是必然事件嗎？
我們知道，如果某個父系家族的Y染色體單倍群類型在某個時代一旦沒有男性後代（絕嗣），便就徹底失傳，再也不會出現了，這是一個不可逆的事件。所以，同一時期的Y染色體單倍群類型的多樣性隨時間的推移只會逐漸降低而不會增加。
例如，在七萬年之前走出非洲的應當是一個甚至多個現代人族群，包括了多個男性成員，但如今非洲外的現代人都只繼承了其中一個男性個體的Y染色體（CT-M168）。六萬年之前非洲外的現代人族群雖然已經形成了一定的人口規模，但也只有D、E、C、F這四個父系家族祖先的Y染色體傳遞到了現在。
這樣我們也可以理解，雖然根據對常染色體的研究，現代人曾經和尼安德特人及丹尼索瓦人有過血緣上的交流，但由於在這個混血過程中現代人的基因貢獻遠大於尼安德特人與丹尼索瓦人，所以後兩者的Y染色體或線粒體類型如果想傳遞到現代的話也是屬於小概率事件。
另一方面，雖然每個家族生育的後代中男女比例理論上應當都是接近1:1的，但在實際上會有個別家族出現偏差，有的家族可能會生到更多的女孩，有的家族生到更多的男孩。就好比分組做拋硬幣的實驗，雖然正反面出現的比例是接近1:1的，但在有限次數的前提下，總會有的分組更多次數的拋到正面，有的分組更多次數的拋到背面。
如果把這些分組的情況統計下來，會符合正態分佈的曲線。類似的，我們假設存在若干多個初始父系支系，在沒有外界環境壓力，每個個體都有平等的繁衍能力和機會的條件下進行實驗，統計每個初始支系男性後裔的增長率，結果同樣也會符合正態分佈曲線。
如圖所示，大部分初始支系的男性後裔增長率都會趨近於均值，男性後裔增長率明顯高於均值的只有一小部分支系。隨著時間的推移，增長率差異所帶來的人口數量差異會指數級增加。最終的結果是，大多數後代人口將會集中在少數支系中，形成超級父系祖先，而大多數支系只有相對少數的後代人口。這也是“馬太效應”在人口學上的體現。
由此，我們得到了Y染色體遺傳過程中的兩條定律，現實中的自然與社會環境影響所造成的“瓶頸期”與“奠基者效應”只會加劇這一結果的實現。所以，雖然一些具有強大政治文化影響力的歷史名人可能擁有更多後代，併成為超級父系祖先，但並非所有的超級父系祖先都需要用上古帝王或歷史名人來解釋其來源。那麼我們是炎黃子孫嗎？
按照《史記》等文獻的記載，黃帝和炎帝是生活在五千年前左右的古代部族首領。他們子孫眾多，後世的史書和姓氏書籍也都將幾乎所有姓氏家族的起源追溯到炎黃二帝，因此可以看做絕大多數現代中國人的父系祖先。
然而，即使是各自只包含10%左右現代中國男性人口的五個大簇，其共祖時間也要追溯到一萬到七千多年前的新石器時代中早期。這五個超級父系家族的形成很可能是一萬多年前隨著最末次冰期結束及農業技術逐漸成熟所帶來的人口增長的結果。
其下游不同分支後來廣泛參與到包括漢族在內的東亞各族群的形成過程中。到六七千年前，倖存於今的男性家族分支已達數百支之多，隨著大樣本量研究的深入，這個數字可能還會持續增加。也就是說如傳說中那樣在四五千年前成為絕大多數現代中國男性父系祖先的黃帝和炎帝是不存在的。
這五個超級父系祖先也不可能對應史書中所描繪的“三皇五帝”。另一個史書及傳說中後世姓氏繁多的“大戶”是建立周王朝的姬姓家族，按照姓氏起源的文獻資料，指向姬姓起源的姓氏佔據了一半以上，然而目前所知四千年內的父系支系，沒有任何一支在現代中國男性中的佔比超過5%。只能說周人在文化上所形成的影響力要遠遠大於其在遺傳上的影響力。
那麼史書中記載的炎黃又是誰呢？追溯早期的歷史文獻如《詩經》、《尚書》、《論語》、《春秋》、《左傳》、《孟子》及東周之前的青銅器銘文和甲骨文中都沒有出現過黃帝或與之相對應的歷史人物，即使是成書於戰國時期的楚辭《天問》也只提及堯舜。我們所能找到的關於“炎黃共祖”最早的記載只能追溯到戰國末年成書的《國語》，而已知最早載有黃帝的青銅器也是戰國晚期齊威王所鑄的陳侯因齊敦。
司馬遷在《五帝本紀贊》中說：“學者多稱五帝，尚矣。然《尚書》獨載堯以來，而百家言黃帝，其文不雅馴，薦紳先生難言之。孔子所傳《宰予問五帝德》及《帝系姓》，儒者或不傳。”其實太史公已經發現，早期文獻中難以找到黃帝的蹤跡，而傳世文獻中提及五帝的內容又疑點頗多。
同樣根據《史記·封禪書》的記載，黃帝與炎帝只是秦人祭祀的四個方位神之二，秦人同時祭祀的還有青帝與白帝。在早期的歷史文獻中，夏人的祖先禹、商人的祖先契、周人的祖先棄等古代族群的祖先之間並沒有明確的共祖關係。
然而隨著時間的推移，到戰國時代之後，這些族群的共祖關係被逐漸“發掘”出來，融合到出現更晚但資格更古老的帝王名下，家族間的共祖關係好比雪球一樣越滾越大。直至後世，連拓跋鮮卑的祖先也都被安排到了黃帝的名下。這實際上體現了華夏地區不同族群在融合過程中重新構建共同的祖先認同的需求。
所以，雖然不存在生物學上作為中國人共同父系祖先的炎黃，但作為形成於戰國秦漢之際，標識著中國人“大一統”情結的文化圖騰，“炎黃子孫”已經成為了漢民族共同的民族記憶，其象徵意義也是無法否定的。
拋開這些所附加的文化意象，傳說中“三皇五帝”的真實人物原型是否存在，依然是一個既難以證實，又難以證偽的問題。還需要未來更多的考古學、歷史學、遺傳學等多方面結合，通過更深入的研究尋找線索。我們的祖先是誰？
傳統上來說，我們已經習慣了古代文獻中對於民族和家族一源多流接近於樹形分化的歷史敘事。這種樹形分化從分子生物學上來說自然是正確的，但其形成的時間卻要遠遠早於歷史記述的時期，甚至要上溯到三四萬年之前的舊石器時代。
事實上正如考古學所展示給我們的一樣，早在四五千年之前的，中華大地上已經存在有“滿天星斗”般的考古文化人群。也正是這些活躍在不同地區的考古文化人群“百川歸海”，最終匯合成了中華民族的雛形。新石器時代晚期文化遺址分佈。
所以否定掉“炎黃共祖”並非否定我們祖先的來源，而是我們在尋找真實祖先的路途上所踏出的第一步，不久的未來，結合考古成果與古DNA研究，我們可以將自己的血脈與古代的祖先再次連接在一起，追尋我們祖先真實的來源與所走過的歷程。
如今可以確定的一點是，每個存活到現代的人的祖先都是歷史進程中的幸運者和成功者，並很可能在某個歷史時期掌握有一定的社會資源，擁有一定的社會地位。因為古代社會普通人的絕嗣率是非常高的，連續多代的平民家族是很難有後代存活下來的。
此外需要說明的一點，本文雖然重點介紹了男性後代的繁衍模型，但並非因為帶有“重男輕女”思想。而是因為從一方面來說，近兩三千年來的歷史文獻記載都是以父系家族為主，並通過父系家族建構了華夏族群的上古起源。
另一方面，因為Y染色體的某些特質，使其成為了現階段用於研究人類遺傳最為便利的材料。在未來基於全基因組的深度測序普及之後，線粒體所代表的母系祖先、常染色體所代表的全體祖先，都可以成為我們追溯的對象。到那時，我們也可以為每個人描繪出更為全面的族群起源背景。
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