《雲海玉弓緣》講述了金世遺（林峰）離開蛇島來到中原先後遇到厲勝男（葉璇）和谷之華（李彩樺）並且相愛，聯手除去武林敗類孟神通和西門牧野的江湖武俠故事。
在一箇中原人稱蛇島的荒島上，絕世高手獨龍尊者突然因練功而走火入魔，臨死前吩咐其撫養孤兒金世遺（林峰飾）帶同一信函回中土務必交給邙山派掌門呂四娘（白茵飾），金世遺於是黯然神傷離開蛇島，自金世遺踏入中土起，便是他命運轉變的開始…
金世遺首次踏足中原，遇上的都是好心人，所以對獨龍指中原人心險惡存疑。他插手干涉一女子厲勝男與仇家的打鬥，卻為救她而中毒針，勝男替他療傷，不料世遺竟無事醒來，令勝男很生氣。實際上勝男是西門野派出殺手，為的是暗中挑撥門派紛爭。
正當少林和丐幫兩派大打出手之際，入世未深之世遺卻無意中大顯身手，令奉呂四娘之命前往化解紛爭之邙山派弟子谷之華惺惺相惜，而江南（陳國邦飾）也自此非要跟隨金世遺學武不可，更令李沁梅（羅敏莊飾）視他為白馬王子，而厲勝男卻因為被他破壞大計而對其恨之入骨。
金世遺因長居蛇島，純真善良不懂男女有別，這令谷之華啼笑皆非，不過也讓她對金世遺有更深刻認識，二人不知不覺間互生情愫……
厲勝男一心要向金世遺進行報復，於是設法跟金世遺混熟，顛倒是非黑白騙其對付正派人士，令金世遺惹禍卻懵然不知，但厲勝男反因此被金世遺之純真可愛胸無城府，不知不覺間對他孕育出一絲微妙感情來……。勝男懷疑之華的身分，使計令她出醜於世遺眼前。之華因被世遺見其出浴模樣，羞愧難當，留書趕回邙山。
金世遺趕到邙山，四娘知道自己大限將至，耗盡內力救世遺，亦在所不惜，之華見四娘吐血，傷心，四娘臨終將玄女鐵劍及掌門之位傳予之華，並囑咐她繼續修練少陽神功心法。四娘圓寂，錦兒認定這是獨龍害死四孃的陰謀，再見之華手持玄女鐵劍，即指她私通世遺，謀害四娘奪位，仲牟指出四娘確為耗盡真氣而亡，著錦兒冷靜面對，與曉風等勸她先行替四娘治喪。
谷之華與金世遺百辭莫辯傷心離開，金世遺不住安慰，二人感情大進，決一起闖蕩江湖。谷之華雖然離開邙山卻擔心邙山安危，悄悄返回邙山，遭勝男所阻，世遺決誤會她被勝男欺負。心梅知道之華懷疑勝男偷走心法，就使計往勝男房搜尋心法，驚動眾人，世遺相信勝男，心梅不忿拂袖而去。之華為此向勝男道歉，勝男卻不接受。
十五年前，勝男一家慘遭滅門，金世遺安慰勝男並發現半張藏寶圖，他覺得這就是厲家被滅門的關鍵。勝男擔心終有一天被世遺發現自己的真正身分，試探世遺能否接受及原諒自己，世遺答允只要明白她的苦衷，決不怪責她，勝男高興不已。
而金世遺在救谷之華的過程中，兩個人感情升溫，這令勝男十分難過。勝男刻意令之華誤會自己與世遺親密，之華難受。谷之華原來是神通的女兒，她的身世被揭穿，可金世遺仍對她維護不已。這更讓勝男意難平。之華出走，勝男以找她的理由騙金世遺出海。
勝男用計策撇下之華和金世遺單獨出海，在島上遇到勝男的叔婆，勝男為保世遺性命，訛稱他是其未婚夫，阿英逼著二人當晚成親，世遺吃驚。世遺無奈與勝男拜堂成親，世遺強調一切只是做戲，氣壞勝男。勝男得到北冥神功，卻被隨之趕來的孟神通用之華的性命威脅，勝男指出之華是其女兒，神通半信半疑。世遺交出半部秘籍，勝男難過。世遺走火入魔，狂性大發，眾愕然。
為救金世遺勝男不斷輸真氣給世遺，終令他甦醒過來。被孟神通帶走的之華卻在醒後失去了記憶。 世遺擔心之華安危，做木伐準備離開海島，勝男不悅，更指出木伐不能抵擋海上強風。世遺冷靜下來亦明白勝男話中有理，決定暫居海島。勝男與世遺於海島上相處三個月後，感情漸濃。
世遺為勝男慶祝生辰，卻無意中發現她偷偷藏起之華所贈的香囊，大表不滿，勝男難過。翌日，勝男帶世遺到北冥當年所預備的小艇，並決定與他回中原，好讓世遺於二女之間作出抉擇。
之華髮現孟神通是不會為了自己放下屠刀的，金世遺及時將險遭赤符汙辱的之華救出。世遺對眾人說出與勝男於海島上的經歷，勝男刻意在眾人面前說出已跟世遺拜堂成親，之華聞言神傷。世遺欲向之華解釋拜堂一事，之華不理。
孟神通終於死去，此時，牧野出現說出與勝男關係，世遺感受騙，怒摑勝男，勝男駁斥後痛心離去。 之華拜祭神通後，為勝男向世遺說好話，世遺卻惱一直被其矇騙，不肯接受。牧野練成北冥神功，欲稱霸武林，命勝男殺世遺以除後患，勝男乘機要求事成後要回復自由。
勝男送上神通首級恭賀之華榮升邙山派掌門，之華暈倒，卻原來中了勝男所下的毒。 世遺找勝男求解藥，勝男即要脅要與他成親，世遺為救之華無奈答允。
世遺跟勝男拜堂後，問她取解藥，才知勝男根本沒有加害之華之意，並驚悉她練成北冥神功最後一章的「天魔解體大法」來對付牧野。勝男達成心願與世遺合巹交杯後，祝福他與之華白頭到老，便死於他懷中。世遺因勝男之死，終日茶飯不思，經之華開解後，世遺決為勝男做最後一件事情。他帶著勝男的屍體出海,給她一個屬於兩個人的家……
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