天局
這兩個學校都是中國的頂尖級院校，都是C9，985/211，雙一流院校，地理位置又都是位於華東地區。南京市雖然稍強於合肥市，但是兩者上海周邊城市總體發展趨勢都不錯。
南京大學，位於江蘇省南京市。是教育部直屬重點大學，是211工程、985工程，雙一流A類高校。其前身繼承了國立中央大學的主體部分，底蘊深厚。1952年，在全國高校院系調整中，南京大學調整出工學、農學、師範等部分院系後與創辦於1888年的金陵大學文、理學院等合併，仍名南京大學。
本科專業86個，專業碩士學位授權點24個，專業博士學位授權點1個，碩士學位授權一級學科10個，碩士學位授權二級學科點（不含一級學科覆蓋點）6個，博士學位授權一級學科41個，博士學位授權二級學科點（不含一級學科覆蓋點）2個，博士後流動站38個，國家級人才培養基地12個。
第四輪學科評估中，A+類專業4個，分別為天文學、地質學、圖書情報與檔案管理。A類專業11個，分別為哲學、社會學、中國語言文學、外國語言文學、中國史、物理學、生物學、計算機科學與技術、環境科學與工程、軟件工程、工商管理.A-專業7個，分別為理論經濟學、法學、數學、化學、地理學、生態學、電子科學與技術。B+專業10個，分別為應用經濟學、政治學、馬克思主義理論、新聞傳播學、考古學、世界史、材料科學與工程、城鄉規劃學、管理科學與工程、公共管理。B類專業5個，分別為大氣科學、光學工程、信息與通信工程、建築學、地質資源與地質工程。B-類專業2個，分別為統計學、水利工程。C+專業2個，海洋科學、生物醫學工程。C專業1個，控制科學與工程。
中國科學技術大學，簡稱中科大，C9成員，985/211工程大學，雙一流A類院校。儘管創辦時間相對較短，但是為中國培養了大量高素質的科研人才，在其他院校不斷擴招的背景下，中科大一直秉承小而精的教學模式。
中科大擁有28個一級學科博士學位授權點，34個一級學科碩士學位授權點，21個博士後流動站。學校有8個一級學科國家重點學科、4個獨立的二級學科國家重點學科、2個國家重點（培育）學科、19個安徽省一級重點學科。
在教育部第四輪學科評估中，最高評級為A+類專業7個，分別為物理學、化學、天文學、地球物理學、科學技術史、核科學與技術、安全科學與工程。A類專業2個，分別為數學、生物學。A-類專業6個，分別為統計學、材料科學與工程、計算機科學與技術、環境科學與工程、軟件工程、管理科學與工程。B+類專業7個，分別為生態學、力學、儀器科學與技術、動力工程及工程熱物理、信息與通信工程、控制科學與工程、工商管理。B類專業3個，分別為地質學、電子科學與技術、公共管理。B-類專業2個，分別為光學工程、生物醫學工程。C-類專業1個，分別為大氣科學。
南大和中科大都有自己見長的方面，很難比較綜合實力誰更強，兩者在理學方面都十分突出，幾乎打成平手。個都是中國的頂級院校，比較綜合實力高低實在沒有意義。專業水平可以參見上述學科評估。
不問光陰
你好提問者
南京大學和中科大都是中國名校，眾多名校標籤C9，華東五校等等，綜合實力無論如何評估都是國內前十的水平。
不過在學科評估中，中科大還是相對比較好一些，尤其是理科。明顯能看出中科大小而精的特點，中國科學技術大學參評學科為28個，獲得A+的學科為7個，A級2個，A-級6個，好多都是提問者說的理科，這也正是科大的優勢。
南京大學在學科評估上相對其他名校有所落後，第四輪學科評估，南大共有41個學科參評，A類學科（包括A+、A和A-）獲得總數共21個，
A+級，天文學、地質學、圖書情報與檔案管理。
A級，哲學、社會學、中國語言文學、外國語言文學、中國史、物理學、生物學、計算機科學與技術、環境科學與工程、軟件工程、工商管理。
A-級，理論經濟學、法學、數學、化學、地理學、生態學、電子科學與技術。
能看出來南大的整體實力還是很強的，不過在頂尖理工科方面還是不如中科大，但是南大的優勢在於文理都很強！而且南京的地域優勢也很明顯！
綜上所述，兩校發展側重也不一樣，搞研究出國深造的話中科大優勢更大，就業的話南大優勢更多，當然各專業具體情況不一樣。
糖瓜爸爸
IGBT人
南京大學和中科大兩個的理科都很強，不分伯仲吧，但是南京大學是文理兼修，中科大更加偏向理工，具體選擇那個學校還要看自己偏好了，這要從他們的歷史沿革說起。
南京大學的前身是國立中央大學，當時的國立中央大學實力是很強的，後來解放後改名國立南京大學，在1952年全國院系大調整中，國立南京大學分出來八所院校，分別是南京大學、東南大學、河海大學、南京農業大學、南京師範大學、西北工業大學、南京林業大學、第五軍醫大學。現在的南京大學是這些分出來的院校中實力最強的，也被稱為華東五校（復旦大學、上海交通大學、浙江大學、南京大學、中國科學技術大學），這五所學校應該是不分伯仲吧。
南京大學不僅理科比較強，文科也是很強的，是一所文理兼修的學校。
中國科學技術大學是中國科學院創辦的大學，首創於北京，1970年遷往合肥，2019自然指數年度榜單顯示，中國十家領先的科研機構為中科院（第1）、北京大學（第10）、清華大學（第13）、南京大學（第15）、中國科學技術大學（第17）、中國科學院大學（第24）、浙江大學（第27）、復旦大學（第34）、上海交通大學（第41）、南開大學（第51）。可以看出中國科學技術大學的實力是很強的。
heart心隨勇動
各有特色！但中國科技大學理科總體優於南京大學！因為中國科學技術大學是為中國科學院服務的，所以它的學科幾乎涵蓋了中國科學院所有研究領域，而且都很強。相比較南京大學理科學科數少。
鐘山俠客
我們這裡高考分數線中科大比南大高很多。
用戶4741537272785
科大比南大強
用戶7345422463433
我傾向於男精大學
汪偉136
我感覺這兩個重點大學綜合實力可能半斤八兩，都是國家一流大學，實力也差不太多。哪個學校理科強得分專業看，每個學校都有自己的特色，不能一概而論。
每天懂點英語
無疑中科大更強。
