木葉在2代和3代的治理下，形成了兩個至關重要的部門：暗部和根部 。他們有著很多的相似之處，特別是外貌上的服裝和麵具，讓一些朋友對暗部和根部傻傻分不清，其實兩者還是有很多明顯的區別，下面我們就來看一下都有哪些主要區別。
①兩者的創立時間和創立者不同
暗部是在二代火影千手扉間上任之初，由扉間主導創辦的，對木葉的發展都帶來了不錯的推進作用。
而根部的成立是在三代火影猿飛日斬上任後，由團藏一手創立的一個組織，後來隨著團藏的死亡，木葉在向著和平發展的整頓過程中廢除了這一組織。
②兩者創立的目的不同
扉間相對柱間在管理上確實要有天分的多，在那個戰亂時代，暗部成立的初衷對外是說保護影和預防敵人入侵忍者村的工作，本質其實就是木葉直屬於火影的特殊戰鬥（暗殺）部隊，有著他存在的絕對必要性。
而根部的成立，雖然團藏是以為暗部培訓部作為藉口獲得了許可，但事實上根部的成立原因主要是團藏在與日斬的火影之爭敗下陣後，為了鞏固和擴大自己的力量和權利所採取的措施。
③兩者在人員補充方式不同
暗部的人員主要是通過在木葉的優質上忍或有特殊能力的一些忍者中進行選拔，其中作為木葉的上忍也可以自行申請進入暗部，暗部挑選成員的考量並不侷限於實力，還有性格方面是否合適暗部的工作特性，邁特凱就是那個申請無數次都被拒之門外的上忍。
根部的人員或許主要是通過團藏以養蠱的方式進行殘酷培養的一批又一批孤兒，以及從各個家族中尋找有潛質的小孩以威逼利誘地方式進行招納。
④兩者成員的生活方式不同
暗部的成員大都是木葉的上忍，暗部這一職位對他們而言其實本質上就是一項工作，在沒有工作的時候，他們與正常忍者是沒有區別的。
而根部的成員，那些孤兒從小到大就被殘酷的方式進行培養，生活單一，在他們的生命裡，只剩下遵守團藏命令這一個選項，生命中只有兩個狀態，一個是執行團藏命令，另一個是等待團藏下達命令。是一個沒有姓名沒有感情的工具。
⑤兩者的直接領導者不同
暗部是直屬於現任火影管理的組織，隨著木葉火影的更迭，管理者也一直在隨之變化，所以暗部的直接領導者是火影這個職位，而不是某一任的火影。
根從創立到結束，管理者一直是團藏一人，而且裡面很多成員都是從幼年開始進行封閉式培養，這些人的資料團藏並沒有與木葉高層公開，完全自己一人掌握。
⑥根部更為神秘，某種程度上是對暗部的補充
上文提到暗部的管理方式造成了暗部成員的神秘只是相對於敵方勢力或者木葉的普通民眾而言，對木葉的一些高層或者朋友間並沒有秘密可言，這使他們在執行任務過程中，面具有時候形同虛設，對於一些比較見不得光的任務，顧及很多，有時候不能徹底地完成任務。
而根的存在很大程度上彌補了這方面的問題，根在團藏的授意下，做了許多三代想做而不能做的事情，而且不用擔心事情敗露或者敗露後牽扯到自己，所以雖說根提高了團藏與自己抗衡的能力，但同時，三代也從中獲利不少，這也是三代一直沒有徹底取締根這個組織的原因。
03最後總結
總結起來就是暗部的忍者本質上依然是木葉的上忍，暗部對於他們是一個能更好為木葉做出貢獻的工作。他們能選擇進不進入，也能選擇什麼時候退出，一切的功績都會被記在個人名義下。
而根部的人，已經淪為團藏為了牟取利益的工具，不再是正常人，不能擁有情感和自己的是非判斷，還被強制施加咒印，一切只能以團藏為首是從，即便做損害木葉的事也不會有任何猶豫，他們的功績會被認為是團藏的，而一旦進入根部，除非有特殊機遇，否則是很難從裡面脫身而出。
做一個比較形象的比喻，就如同一個是特種兵，而另一個是思想被洗腦的特殊教徒。
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