上文說到從外交、戰略層面看，魯肅的聯合荊州力量北抗曹操的外交努力是十分成功的，而赤壁之戰的結果無疑為魯肅謀劃的“跨有荊揚、建號帝王”孫吳建國大戰略的實現鋪平了道路。
這次我們談談戰爭本身。我們傳統上一般認為孫劉聯合北抗曹操，以火攻之計實現了以少勝多。而翻開《三國志》你會發現，其實戰爭的本來面目並不是這麼簡單的。
《三國演義》在敘述這一段的時候，為吸引眼球，進行了大量的藝術誇張描寫。孔明草船借箭、七星壇借東風，龐統巧施連環計，黃蓋苦肉計詐降。
而在《三國志》的記載中是這樣說的，《三國志卷一•魏書•武帝紀第一》：“公至赤壁,與備戰，不利。於是大疫，吏士多死者，乃引軍還。”
《三國志卷十四•魏書•蔣濟傳》載：“時大軍徵荊州，遇疾疫，唯遣將軍張喜單將千騎，過領汝南兵以解圍，頗覆疾疫。”
《三國志卷三十三•蜀書•先主傳第二》：“先主遣諸葛亮自結於孫權，權遣周瑜、程普等水軍數萬，與先主併力，與曹公戰於赤壁，大破之，焚其舟船。先主與吳軍水陸並進，追到南郡，時又疾疫。北軍多死，曹公引歸。”
《三國志卷四十七·吳書·吳主傳第二》：“瑜、普為左右督，各領萬人，與備俱進，遇於赤壁，大破曹公軍。公燒其餘船引退，士卒飢疫，死者大半”。
《三國志卷五十四•吳書•周瑜魯肅呂蒙傳第九》：“時曹公軍眾已有疾病，初一交戰，公軍敗退，引次江北。”“蓋放諸船，同時發火。時風盛猛，悉延燒岸上營落。頃之，煙炎張天，人馬燒溺死者甚眾，軍遂敗退，還保南郡。備與瑜等復共追。曹公留曹仁等守江陵城。徑自北歸。”
《文選》引“建安七子”之一的阮瑀《為曹公作書與孫權》：“昔赤壁之役，遭離疫氣，燒船自還，以避惡地，非周瑜水軍所能抑挫也。江陵之守，物盡谷殫，無所復據，徙民還師，又非瑜之所能敗也。”
從以上幾段引文來看，由於建安十三年荊州地區出現了瘟疫，北來的曹軍大量染病死去，曹操於赤壁初戰失利之後，主動燒燬剩餘船隻，後來退守南郡江陵（還是荊州的地方）。當時士兵“飢疫”，軍隊死者過半，曹軍主動撤退北歸。作為南方聯軍主力的荊州軍（關羽水軍、江夏劉琦部隊）和周瑜的三萬軍隊，染病情況要好一些。
我們從大環境看，東漢末年短短三十年間，有明確記載的全國性大瘟疫有十二次之多。以至於中原地區出現了曹操《蒿里行》所說的：“鎧甲生蟣蝨，萬姓以死亡。白骨露於野，千里無雞鳴。生民百遺一，念之斷人腸。”
曹植的《說疫氣》中說：“建安二十二年，癘氣流行。家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。或以為疫者，鬼神所作。夫罹此難者，悉被褐茹藿之子，荊室蓬戶之人耳！若夫殿處鼎食之家，重貂累蓐之門，若是者鮮焉！此乃陰陽失位，寒暑錯時，是故生疫。而愚民懸符厭之，亦可笑也。”這記載的是建安二十二年（217年）的大瘟疫。從建安初年以來瘟疫一直在騷擾虛弱的大漢王朝，到建安二十二年達到頂峰。這一年，大量的人員死亡，從平民到貴族無一倖免。
《三國志•魏書•王粲傳》說：“（阮）瑀以（建安）十七年卒，幹、琳、瑒、楨二十二年卒。（魏文）帝書與元城令吳質曰：‘昔年疾疫，親故多離其災，徐、陳、應、劉，一時俱逝。’”這段話明確說“建安七子”中的徐幹、陳琳、應瑒、劉楨均死於同一場大瘟疫。
《三國志•魏書•王粲傳》說：“（王粲）建安二十一年從徵吳。二十二年春，道病卒。”
《三國志•魏書•武帝紀》說：“（建安二十一年）冬十月，治兵，遂徵孫權，十一月至譙。二十二年春正月，王軍居巢。……三月，王引軍還。留夏侯惇、曹仁、張遼等屯居巢。”又一次由於瘟疫撤軍，這一次兩方稍一接觸就各自撤兵了。
《三國志•魏志•司馬朗傳》說：“建安二十二年與夏侯惇、臧霸等徵吳。到居巢，軍士大疫。（司馬）朗躬巡視，致醫藥，遇疾卒。”
從以上各條，可知王粲和司馬朗（司馬懿的大哥）一樣，陪曹操到居巢，遭遇“大疫”，一起死在前線。因此，“建安七子”中除徐幹、陳琳、應瑒、劉楨死於建安二十二年（公元217年）的大瘟疫之外，王粲也死於同一年的大瘟疫。不同的是，徐、陳、應、劉死在河南，而王粲死在安徽。同一年（建安二十二年）江東的魯肅也以四十六歲的壯年死去。
當時著名的醫學家張仲景在《傷寒論·序》中記載：“卒然遭邪風之氣，嬰非常之疾，患及禍至，而方震慄；降志屈節，欽望巫祝，告窮歸天，束手受敗……餘宗族素多，向餘二百，建安紀元以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七。”神醫在面對瘟疫的時候，也發出了浩嘆，家族二百多人，但在不到十年的瘟疫流行期間，竟有三分之二的人口死去了，而其中又有七成是死於傷寒。在東漢王朝的首都洛陽地區，瘟疫竟奪去了一大半人的生命。張仲景到各地行醫，親眼目睹了各種疫病流行對百姓造成的嚴重後果，也藉此將自己多年對傷寒症的研究付諸實踐，進一步豐富了自己的經驗，充實和提高了理性認識。經過數十年含辛茹苦的努力，終於寫成了一部名為《傷寒雜病論》的不朽名作。
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