普寧歷史悠久，在三四千年前已有先民生息。普寧始建城於明朝嘉靖年間，但有人類居住的歷史可以上溯到新石器時代。
先秦時
中原各政權並沒有對普寧一帶有實際的控制，直至秦漢時期方納為中原王朝疆土。漢時隸屬南海郡,東晉成帝咸和六年（331年）隸屬潮陽縣。
南宋末年
因逃避戰亂，十幾萬福建莆田人移民到現在的潮州汕頭揭陽普寧一帶，遷來普寧揭陽一帶的莆田人思念故鄉，普寧可能取“莆田安寧寧謐”之意，莆諧音普，命名普寧。
明代
普寧屬潮州府。
清代
普寧屬惠潮嘉道潮州府。
明清時期
明朝嘉靖年間，隨著人口增加和土地開發，潮州府潮陽縣西境洋烏、戎水、黃坑三都日漸殷實富足，但三都離縣城一百七十餘里，“勢難遙制, 重以山寇屢擾”，巡按陳聯芳、總督張臬等疏言“宜割三都設縣治, 以便統馭, 取名曰普寧”。
嘉靖四十二年正月丁未（1563年2月20日）明朝廷批准析潮陽縣西境洋烏、戎水、黃坑三都地域，可能取“普遍寧謐”之意或沿用移民至此的莆田人的“莆田安寧寧謐”之意，莆諧音普，命名普寧，首在今普寧市境內首置普寧縣，並建築城郭。明嘉靖四十三年（1564年）分置普安縣。萬曆年間改安為寧。
明清大事記
嘉靖四十二年
(始設)正月丁未（1563年2月20日）
朝廷批准析潮陽縣西境洋烏、戎水、黃坑三個都的地域置普寧縣。
嘉靖四十三年
三月，總兵俞大猷統官兵6萬，與入侵的2萬名倭寇於戎水神山溝（今軍埠）展開血戰。
此役殺死和俘倭1100多名。
嘉靖四十四年
普寧首任知縣趙鉞到任，縣衙暫寄於潮陽縣貴嶼民舍。
萬曆三年
知縣劉鈍於厚嶼（今洪陽）營建城垣。
萬曆十年
普寧縣洋烏、戎水兩都劃歸潮陽縣轄。
萬曆三十八年
冬，知縣阮以臨主修《普寧縣誌略》，無刻印，今存抄本。是年，阮以臨在縣城東郊築新堰，
堤上植柳，後人稱為阮堤。
崇禎十六年
十二月，朱晚、張十一等數百人佔領普寧城郊村寨，知縣朱統鎙率兵出戰，朱統鎙戰死，
官兵退入城固守。
順治五年
清首任知縣週一元到任後，普寧城遭黃鼎集結貴山都後山村李芳等眾夜襲，並自此被其佔據三年。
順治十二年
九月九日，鄭成功部將蘇茂、林文燦串兵抵普寧，將城垣拆除，並拆卸官署、
學宮的瓦木運往揭陽縣城固防，翌年正月平南王尚可喜遣劉伯祿、徐有功克普寧城，清廷再治。
順治十四年
泗竹埔村塾師呂東陽倡建陂溝水陂，辦13鄉引水工程。
康熙十三年
四月二十二日，潮州鎮總兵劉進忠反清並派部將劉斌佔據普寧城，受靖南王耿精忠印。
同年七月，平南王尚可喜命其子之孝率兵討劉進忠，進踞普寧以包圍潮州，
劉進忠遂改投南明延平郡王，鄭經即出兵以援劉進忠，使得次年尚之孝敗走普寧，
並很快被迫退守惠州，普寧再為明鄭所控制，奉南明永曆年號。康熙十六年六月劉進忠降清，
普寧城方又歸清廷統治。
康熙二十六年
八月，東華嶼寨總陳振仙、陳振玉在洪山頂古寺聚眾舉事，知縣汪溶日請潮州府兵鎮壓，寺被毀。
是年，知縣汪鎔日主修《普寧縣誌》，出木刻本，今佚。
雍正十年
(1732年)
廣東巡撫楊文乾奉旨批文將潮陽縣戎水都170個村、貴山都西半部93個村以及洋烏都尾段45個村劃歸
普寧縣管轄，在明、清兩代普寧縣隸屬潮州府。
乾隆七年
(1742年)
知縣蕭麟趾倡建培風塔。
乾隆十年
(1745年)
知縣蕭麟趾重修《普寧縣誌》，分10卷，84目。今存1934年再版鉛印本。
嘉慶十七年
(1812年)
七月十六日，窖尾村莊阿親以白蓮教名義於鐵山聚眾舉事，
白布大旗書“順天王”三字，後莊阿親為清軍所殺。
道光三十年
(1850年)
十月十九日．欽差大臣兼廣西巡撫林則徐抱病奉旨往廣西赴任，
行次普寧，二十二日在普寧城文昌閣病逝。
咸豐四年
(1854年)
天地會陳娘康於石港山起事攻打潮陽城，五月北山許阿梅亦舉事，並於六月十六日和二十二日
至七月十五日兩次圍攻普寧縣城，十一月在大壩圩打敗潮州知府蔣立言官軍，蔣立言敗後自劾解任。
咸豐六年
(1856年)
方耀於普寧城募集鄉勇千餘人，於同治二年（1863年）擊敗大成國興王陳金缸，
初顯聲名，此後方耀家族影響普寧乃至潮汕歷史將近一個世紀
同治九年
(1870年)
潮州鎮總兵方耀奉檄清辦積案，追究陳娘康農軍殺官陷城事，大長隴村被毀。
同治十年
(1871年)
潮州鎮總兵方耀燒燬馬院橋村，驅散村民，奪地為自己建府第“德安裡”。
光緒十五年
(1889年)
賴煥辰纂《普寧縣誌》續稿，未印行，今存抄本。
光緒三十一年
(1905年)
縣學改辦高等小學堂。縣設立學務公所，光緒三十二年九月十六日學務公所改為勸學所。
宣統三年
(1911年)
九月二十一日（陽曆11月11日），辛亥革命後，革命軍光復潮汕，任趙絛云為普寧縣民政長。
近代
1949年7月1日普寧縣人民政府在流沙鎮成立，新中國成立後，普寧縣先後隸屬廣東省潮汕專署、粵東行署、汕頭專區專員公署、汕頭地區行政公署、汕頭市，1950年3月1日將惠來縣的南陽山區505個村、陸豐縣的大坪鄉以及揭陽縣的九鬥、烏石村劃歸普寧縣，1952年普寧縣駐地由洪陽遷至流沙鎮，1958年12月惠來縣併入，1961年3月惠來縣析出。
1993年4月6日，民政部（民行批[1993]71號文）批准普寧撤銷縣建市（縣級）。
2000年12月撤流沙鎮，整合周邊設流沙東、流沙西、流沙南、流沙北四個街道辦事處， 2002年池尾撤鎮設街道辦，2013年燎原，大南山撤鎮設立街道辦，形成七街辦共同作為流沙中心城區，大南山北麓及燎原、雲落北、梅塘東納入規劃控制區。
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