有著“日本建築及設計黃金時期”之譽的江戶時代（1603年—1867年），是日本風格的和式建築大規模成型的關鍵時期。建成於400年前的二條城是江戶時代初期保留下來的珍貴建築遺存，見證了日本歷史從封建時期進入近代社會的重大事件。
開啟江戶時代
在日本戰國時期，天皇雖然號稱國家元首，但那只是個政權象徵。實權掌握在武士手裡，武士的首領被天皇授予“將軍”稱號，而握有軍權的將軍挾天子以令諸侯。日本歷史上，先後有鎌倉幕府（1185年—1333年）、室町幕府（1336年—1573年）、江戶幕府（1603年—1867年）共三個幕府時期。
經歷了漫長的戰國時代，1600年，德川家族於關原之戰後，統一了日本。引領日本邁入長達260年的的江戶時代。這是日本歷史上最穩定繁榮的時期之一，德川家康建立的幕府持續了十五代。
1601年，德川家康下令西日本（關西）的各大名（封建領主，在不同歷史時期，大名經歷了從地主到藩王到諸侯的成長曆程）修建二條城。1603年，德川家康被天皇封為“徵夷大將軍”，成為德川幕府的初代將軍。被任命後，家康向駐紮在二條城的大名們宣佈了此事，並初次進駐二條城。從此，二條城成為了開啟日本歷史最重要時代的歷史舞臺。
德川家康創建的江戶幕府所在地，當然在江戶（東京）了，所以叫江戶時代。但是，二條城是江戶幕府在首都京都的權力象徵。雖然他很少來首都，但他每次到京都都住在二條城。他不在時，二條城由他從江戶派人來輪守。
1614年，德川家康成功包圍了大阪城，宣告了此前曾統治日本的豐臣秀吉家族走到了盡頭，也進一步確定了德川幕府在日本的統治地位。
而後，德川家康回到京都，正式在二條城定居下來。
大規模擴建二條城
1624年，為迎接後水尾天皇（日本第108代天皇，1596年—1680年），將於兩年後的行幸，江戶幕府第三代將軍德川家光，對二條城進行了大規模的改建。
為了鞏固家族地位，第二代將軍德川秀中將女兒德川和子，於1620年6月18日嫁給後水尾天皇，成為京都御所的中宮娘娘。為了籌備婚禮，早在一年前的1619年，德川家族對二條城進行了擴建。修建了天守閣、行幸御殿、本丸御殿等。
1626年，天皇蒞臨二條城，進行為期五天的省親。二代將軍秀中和三代將軍家光全程陪侍接待。安排了豐富多彩的文體活動，欣賞了他們家資助的畫家狩野派的壯麗畫作，聆聽了傳統音樂，觀賞了能及和歌，還參加了騎馬和蹴鞠（足球的前身）等賽事。
其中要提到的是，與歐洲、中國宮廷豢養畫家一樣，日本皇室、幕府也都有自己的御用畫家。德川家族的畫家叫狩野探幽，他弟弟狩野尚信，以及他們為首的狩野派畫家，為德川家族留下了至少3600多件障壁畫。在二條城，有1016件障壁畫被政府認定為“重要文化財”。
後來，二條城內的大多數建築都被拆除或焚燬，但1626年迎接天皇所建，又碩果尚存的二之丸御殿，是唯一保留至今的建築，被政府認定為“國寶”。由六棟建築構成，裝飾著狩野派的作品，各房間由精雕細刻的推拉格子門分開，隨處鑲嵌著代表幕府身份的華麗五金飾品。
天皇臨幸，鞏固了幕府與皇室的關係，標誌著江戶幕府統治地位的穩固。
幕府時代的終結
十九世紀末，德川幕府開始面臨內外交困。
外國使團要求將軍結束約二百年的閉關鎖國政策，與海外通商。茲事體大，引起了日本社會的混亂。而南方的武士長期覬覦德川家族的勢力，一直試圖通過武力結束江戶幕府，歸政天皇。
迫於壓力，第十五代將軍德川慶喜於1867年，在二之丸御殿的大廣間，召集在京諸藩的重臣，表明了“大政奉還”的意圖，向群僚徵集意見。最終，在翌日，即1867年10月14日，他在大名面前宣佈將政權交還天皇，德川幕府結束。意味著，一夜之間，日本迅速完成了由封建制到近代國家的轉變，進入明治時代，史稱“明治維新”。
二條城成為開啟和終結封建制最後篇章的舞臺，於1868年春天，德川家族將二條城交給了朝廷。建成400年的二之丸御殿、唐門、二之丸庭園等，見證了日本走向近代社會的歷史過程。
二百年後，1884年，二條城成為天皇的別墅，改稱“二條離宮”。1915年，大正天皇（日本第123代天皇，1879年—1926年，日本近代第一位實施一夫一妻制的天皇），在京都御所舉行了即位大典，之後在二條城的大饗宴場招待了首相、朝臣、外國使節，為此建造了南門等配套建築。
又過了近二十年，隨著民主社會的到來，二條城又由皇室庭園，出讓成為公共園林。1939年，宮內省將二條城賜給京都市。
二十世紀末，1994年，二條城被聯合國教科文組織登錄為“世界文化遺產”。
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