工程保通管理費是2018新編辦新增加的費用。
一、概念
工程保通管理費是指新建或改擴建工程需邊施工邊維持通車或通航的建設項目，為保證公（鐵）路運營安全、船舶航行安全及施工安全而進行交通（公路、航 道、鐵路）管制、交通（鐵路）與船舶疏導所需的和媒體、公告等宣傳費用及協管人員經費等。
二、內容
工程保通通常情況下分為三種情況：
（1）陸地上保通：主要發生在與其他高速公路及道路交叉處，需要跨越其他道路進行施工，而又不能中斷該道路正常運行，需要採取措施進行保通的費用，也就是常說的公路配合費。
（2）水上保通：主要適用於沿海水域、航道等級Ⅲ級及以上的內河水域需要開展通航安全保障的公路工程涉水項目。
依據交通運輸部辦公廳 2018 年 5 月 10 日發佈的《關於印發橋區水域水上交通安全管理辦法的通知》，將涉水項目施工期通航安全保障費計入工程建設其他費用中的"工程保通管理費"中 。
（3）跨鐵路保通：主要是指跨越鐵路時的相關費用。參考案例算法見圖。
主要包括
1、安全監測費用：根據鐵路部分相關規定，必須在施工期和施工後一段時期內對高鐵橋墩的變形、沉降，鐵路軌道的位移進行安全監控，確保施工過程中鐵路的運輸安全。
2、施工安全配合費：為確保鐵路行車安全，工程施工期間的費用。
（1）工務部門施工安全配合費
（2）通信、電務、供電部門施工安全配合費
（3）車務部門施工安全配合費
（4）公安部門施工安全配合費
（5）鐵路欄柵臨時開口費
三、取費方式
1、工程保通管理費僅為保通管理方面的費用。
其他保通措施需要根據保通工程方案另行計算，例如保通便道、保通安全設施、河道佔壓費等則需要根據設計方案單獨計算。
2、2018新編辦並規定了涉水項目施工期通航安全保障費計算方法。
具體見編制辦法
3、鐵路配合費用則需要根據不同鐵路的管理權限以及相關規定計算。上文提供的是《廣鐵集團鐵路營業線施工安全管理實施細則》（廣運發[2012]310號）相關規定。
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