1901年，美軍推翻了菲律賓共和國並將該國吞併。作為同在亞洲的國家，中國和日本因為各自實力不同，都做出了不同的反應。孫中山先生代表革命派為菲律賓募集資金，國內的新聞機構也對其深表了同情，共同表達了“天涯淪落人”的無奈。
美日雙方對各自勢力的核心範圍進行滲透，美日矛盾開始公開化
與中國不同，作為當時亞洲最厲害的國家，日本在外交上給予了一定反抗，但在美國抗議下很快默認。然而，外交上默認並不等於實際行動上沒有反應。
1901年後，日本的企業、僑民則開始大規模進入東南亞地區。日本的經濟和工業勢力，乃至軍事勢力也隨之相繼跟進。如此情況下，剛剛在菲律賓擁有不穩定勢力的美方也很擔心日本勢力。
與此同時，美國也向李氏朝鮮不斷地派入外交乃至軍事人員，日本對美國的行為表示擔心。1895年，日本獲得“甲午戰爭”勝利後，日本就取得了對李氏朝鮮控制權。
但閔妃一直想玩“以夷制夷”的策略，便邀請美方加入“制衡陣營”。美方則建議李氏朝鮮邀請沙俄進入，美國認為：在東北亞地區，只有沙俄的勢力才能與日本較量。因此，美軍的軍事顧問進入李氏朝鮮，美軍負責指揮王室的護衛隊。
在閔妃被殺期間，李氏朝鮮護衛人員做鳥獸散的時候，反而是美軍進行了一定抵抗。
在此情況下，為了確保各自的“勢力範圍”，美國和日本展開了數年的外交談判。
老羅斯福
美日各取所需下的暫時妥協
1905年7月，西奧多·羅斯福的陸軍部長塔夫脫（生卒年1857—1930年。1900年為菲律賓總督，1904年為陸軍部長，1909—1913任總統，1921年任美國最高法院首席大法官）在訪問日本時，與日本首相桂太郎（生卒年1848—1913年。1901—1906、1908—1911、1912—1913年三次任內閣首相，山縣有朋的學生）有過一次談話，史稱“塔夫脫—桂太郎秘密協定”。
該談話備忘錄在1925年被公佈，其核心就是關於菲律賓和李氏朝鮮。
塔夫脫表達了對日本控制李氏朝鮮的意見：日本軍隊建立對朝鮮的宗主權……是當前這場戰爭（日俄戰爭）合乎邏輯的結果，它將對東方的持久和平作出直接貢獻。
日本也向美國保證：對菲律賓沒有非分之想。
然而，兩個“土匪”之間的互相保證，可以信嗎？不可能的。
沒過兩年，美國、日本再次進行密商，日本擴張勢力的行為再次被美國確認，條件還是日本不向菲律賓進行滲透。美國要付出的代價則是：不向中國東北地區進行滲透。
塔夫脫
美國在實力不如英法俄的情況下，其主要精力在獲取經濟上
日美之間真正的競爭關係出現在中國鐵路權益上。1895年、1905年，美國駐華公使田貝、康格分別出臺了“田貝計劃”“康格計劃”，意圖在東北鐵路修築權問題上得到更大利益。
日俄戰爭後，美國的“鐵路大王”哈里曼則提出：收買南滿鐵路用以實現環球鐵路運輸計劃，日本對此百般阻撓。最終，
美國駐日公使威爾遜書面警告日本首相兼外相西園寺公望：日本不要忘記俄國企圖獨佔東北而失敗的教訓。日本對此毫不在意，繼續自己獨霸東北的計劃。
1906年，日本成立了“南滿鐵路株式會社”，意圖壟斷南滿鐵路。
到了1907年，作為當時的“東亞盟主”的日本，擁有北到庫頁島南到中國臺灣省的廣大勢力範圍。
桂太郎
美日之間的合作關係，逐漸轉變為競爭關係：菲律賓重要的戰略地位
1907年4月，日本又強迫清政府簽訂了《新奉鐵路提案大綱》、1909年9月迫使清政府簽訂了《東三省五案交涉條款》。眼見著，日本在東北地區的勢力越來越強大，在李氏朝鮮越來越穩固，1910年甚至將其吞併。在此情況下，美國感到了威脅。
美國對於菲律賓非常重視，因為它關係到美國在亞洲東部地區的戰略問題。菲律賓是其他勢力進入東南亞諸國的渠道。對於中國，淮河以南地區才是其重要利益所在，北方、東北只是美國“擴大利益”的一個方面，屬於“錦上添花”的範疇。
美國經濟實力雖然強大，當屬世界第一，但因為其剛剛從美洲走向世界、其他列強的實力特別是軍事實力比較強大，論軍事實力、論國際威望，當時的美國是無法和英國、沙俄、法國甚至德國比擬的。
光憑經濟是無法讓一個國家掌握話語權的。在“叢林世界”裡，沒有軍事作為依靠的話，經濟在強大也只是作為“肥羊”。美國不是“肥羊”，它只是一隻尚未變成“鐵齒銅牙”怪獸的“二等猛獸”而已。
西園寺公望
更讓美國“投鼠忌器”的地方在於，日本和英國的關係。
英國、美國、日本三方形成一種“複雜關係”。英國作為當時世界第一強國，在全球範圍內都有自己的利益所在，在亞洲，他首先面臨著沙俄的競爭；在美洲，他面臨著美國的蠶食。
如今，英國勢力在全球範圍內都受到競爭，沙俄勢力在亞洲雖然不在“暴風”，但多了德國、美國等強勢勢力。因此，英國便拉攏日本作為自己的小夥伴。面對“英日同盟”，美國只好採取“隱忍”態度。
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