該論文分析可以提供證據表明，新冠病毒不是人工合成的。
關於新冠病毒“人工合成”陰謀論的最“硬核”反駁來了！
2月18日，Scripps研究所的著名病毒進化學家Kristian Andersen在preprint（預印本）的virological.org上發文反駁新冠病毒“人工合成”陰謀論。
作者通過對可用基因組序列數據的比較分析推導出新冠病毒的起源和早期進化方法，並提供了有關新冠病毒基因組中顯著特徵的觀點，基於此討論可能出現這些特徵的場景要求。
最重要的是，該論文分析可以提供證據表明，新冠病毒不是人工合成的。
反駁新冠病毒是人工合成陰謀論的證據
首先論文對圖中描述的α和β冠狀病毒（Coronaviridae家族）的基因組進行了比較，以此確定新冠病毒基因組所具有的兩個明顯特徵：
1、基於結構模型和早期生化實驗可知，新冠病毒針對的是人與ACE2（宿主細胞受體血管緊張素轉化酶2）受體結合；
2、新冠病毒在S蛋白的2個亞基S1/S2交界處有一個預測的多鹼基切割位點。
因此Andersen先從SARS-CoV與ACE2結合最重要的RBD（受體結合結構域）的6個氨基酸殘基，Y442、L4772、N479、D480、T487、Y4911入手。
他發現：新冠病毒的相應殘基為L455、F486、S494、N501、Y505，與蝙蝠冠狀病毒RaTG13相比，有5個不同。新冠病毒S蛋白中第486位殘基的苯丙氨酸（F）對應於SARS-CoV Urbani株中的L472，但F486並不是計算生物學預測時該位置點最優化的氨基酸選擇。
並且，新冠病毒的RBD中幾個關鍵氨基酸殘基與計算生物學預測的最適合結合人ACE2受體的氨基酸殘基也完全不同。
所以Andersen認為，
從新冠病毒S蛋白結構特徵來看，新冠病毒並非是通過算法所預測最優化的，而更像是自然選擇的。其次，新冠病毒第2個明顯的特徵是在S蛋白的2個亞基S1/S2交界處Furin蛋白酶切割位點（RRAR），除了兩個鹼性精氨酸和一個切割位點的丙氨酸之外，還插入了一個脯氨酸。
脯氨酸插入產生的轉角結構導致Furin蛋白酶切割位點側翼的S673、T678、S686發生添加O末端糖基化，而以前的β冠狀病毒均無Furin蛋白酶切割位點。
從SARS-CoV的體外實驗中可知，在S1/S2交界處突變出這樣的位點，可以增強細胞-細胞融合，但並不影響病毒進入。另外3個預測的O末端糖基化潛在功能還不清楚，但值得一提的是，它們可以產生一個“黏蛋白樣結構域”，該結構域可以屏蔽新冠病毒S蛋白上的潛在表位或者關鍵殘基。
但新冠病毒在體外培養體系中連續傳代極難同時獲得Furin蛋白酶切割位點和O末端糖基化。
第三個論據是病毒的宿主。新冠病毒與蝙蝠冠狀病毒RaTG13非常相似，所以蝙蝠是新冠病毒的宿主可能性很大。目前初步分析表明，非法進口到廣東的馬來穿山甲可能是新冠病毒的中間宿主。
馬來穿山甲的冠狀病毒在6個關鍵RBD殘基上都與新冠病毒相同，但不同的是，馬來穿山甲的冠狀病毒不具有Furin蛋白酶切割位點，這意味著新冠病毒可能存在其他中間宿主，病毒在這些宿主身上形成了Furin蛋白酶切割位點，然後才傳播給了人。
而病毒要在中間宿主身上實現這種進化的話，新冠病毒的中間動物宿主必然具有極高的密度，這樣自然選擇才能快速發生。
因此從新冠病毒的S蛋白結構特徵、早期進化以及人工合成所具備的條件等方面來看，新冠病毒是自然的選擇，而不是合成的。
關於新冠病毒為“人工合成”的種種陰謀論
自疫情爆發以來，有關新冠病毒是“人工合成”的論調層出不窮。
最早有人扒出曾與2015年發表在Nature上的一篇論文，並以此為據，稱新冠病毒是人為製造的。
那麼這個論文的內容是什麼呢？
其實該論文闡述的是研究人員用SARS-CoV反向遺傳系統，生成並鑑定了一種類似SARS新型冠狀嵌合病毒。
在體內實驗中證明，嵌合病毒在小鼠肺中的複製具有明顯的發病機理，能夠感染小鼠呼吸道細胞並引發嚴重急性呼吸系統綜合徵。這項研究可以表明，蝙蝠種群中流行的病毒，可能會再次導致像SARS那樣的傳播風險。
該研究由美國北卡羅萊納大學教堂分校主導，石正麗是該論文的作者之一，而她現在擔任中科院武漢病毒所研究員，於是這一巧合之下，不少陰謀論開始滋生。
“疫情源頭是實驗室病毒洩露”、“病毒是美國人制造的”等傳言，流傳於網絡上，這篇論文成為了這類謠言的論據。
與此同時，不甘寂寞的印度也搞出了一個“大新聞”。
印度德里大學和印度理工學院的研究人員在bioRxiv的預印本上發表了一篇論文稱：“在新冠病毒突刺蛋白中發現4個插入序列，其與HIV-1gp120和Gag高度相似，而這4個插入序列均為新冠病毒獨有，在其他冠狀病毒中不存在。”
該論文將新冠病毒與引發“非典”疫情的類似冠狀病毒的基因組進行了對比，分析了二者存在差異的地方，然而發現了與艾滋病毒的關聯。論文摘要中寫道：4個獨特的插入序列都與HIV-1關鍵結構蛋白中的氨基酸殘基具有同一性，這在自然界中不太可能是偶然的。
需要強調的是：bioRxiv網站不是學術期刊，在這上面刊登的論文，無需經過同行審閱，可由學者自行刊發。
這篇論文發表後遭到了學術界強烈質疑。
美國弗雷德·哈欽森癌症研究中心研究員、全球聯合分析新冠病毒基因組項目的領導者之一的特雷弗·貝德福德就表示，“該論文不該發表。”因為從新冠病毒的基因上來看，根本沒有基因工程的證據，病毒變異完全符合自然進化規律。
貝德福德還指出，該論文得出的結論在很多層面上都是錯誤的，所謂的4個插入序列並不是獨一無二的，它們也不是插入的，而是天然的。
最終這篇未經審稿的論文以撤稿結束。
如今在Andersen的這篇論文發佈後，眾多國際著名病毒學家紛紛轉載這篇文章並支持駁斥了新冠病毒人工合成陰謀論。在科學的強有力證明下，一些在社交媒體上推崇新冠病毒人工合成論的人被瘋狂“打臉”後，刪除了他們的陰謀論。
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