出色的劇本向來都是《如龍》系列的最大賣點之一，而《如龍 極》中也穿插了大量的過場動畫，考慮到這一點，只介紹任務目標將會讓攻略顯得相當單薄，甚至是前言不搭後語。因此本流程攻略將會包含過場動畫的簡單描述（以灰色引用框表示），以幫助讀者更好地瞭解遊戲的劇情走向。
過去
1995年9月30日，東城會直系組織堂島組舍弟頭輔佐桐生一馬帶著小弟田中真司前往和平金融收賬，這件事本不該由他出馬，只是這次的借貸公司拖了太久，真司才不得已請出大哥。
跟隨真司來到目標地點，發現這家公司的社長平田正在組織人手打包物件，準備連夜逃走。面對這種不配合的，桐生一馬決定給點教訓。
這是遊戲中的第一場戰鬥，敵人基本就是靶子，完全是給玩家練手的。熟悉了基本操作之後戰鬥基本也結束了，桐生和真司帶著搜刮出的2億元欠款離開了。
因為說好要和好友錦山彰見面，桐生帶著錢款前往瑟蕾娜酒吧。在瑟蕾娜樓下，桐生遇到了一名找事的黑道嘍囉，輕鬆將其打趴。
就在這時，桐生的老相識，東城會直系嶋野組內真島組組長真島吾朗突然現身。原來剛才找事的正是真島的手下，真島決定給這位管教不嚴的小弟來電教訓，不過被桐生制止了，兩人就如何教育小弟產生了不同意見，真島在雞婆了一番後表示將會24小時監視桐生，以見證他的決心。
處理完這破事，桐生終於來到瑟蕾娜。錦山和酒吧的媽媽桑麗奈早已等候多時。就在三人聊天間，出去買東西的澤村由美回來了。望著由美手上的戒指，麗奈的思緒回到了幾個月前……
當時正逢由美的生日快到了，麗奈建議桐生和錦山準備好禮物。錦山早已備好了粉鑽項鍊，直男癌晚期的桐生則兩手空空。經不住麗奈勸，桐生前往高級商店購買戒指。
戒指很容易就買到了，還在內側刻上了由美的名字“YUMI”。不料一出門就被人給順手牽羊了，幾經周折終於找到扒手，誰曾想後者已經將戒指當給了當鋪，換來的錢全買了彩票。無奈之下桐生只能找到當鋪，在問小弟真司借了兩次錢後終於取回了戒指。
桐生的禮物讓由美喜出望外，一旁的麗奈更是洞察出了玄機。原來之前曾有別的客人要送由美戒指，卻被由美婉拒了，理由是“戒指這種東西應該要由喜歡的人來送才對”，這不就暗示了由美也對桐生頗有好感？
時間回到9月30日。喝多了的桐生趴在桌上睡著了，等他醒來已經是次日下午4點，只有麗奈還在店裡。
桐生準備把收來的錢款送去風間事務所。一下樓就遇上了這一帶的情報販子田村，他向桐生介紹了一名雜誌新人記者青木。
來到事務所，風間組組長風間新太郎和若頭柏木修都在。正當風間老爹聊起成立桐生組的事宜時，桐生突然接到了真司的電話。電話那頭傳來了令人震驚的事實：由美被堂島組組長帶走了！為了解救由美，錦山已經先一步出發了。兩位發小身處險境，桐生不顧風間老爹的勸阻，毅然前往堂島組組長事務所。
在前往途中，桐生遭遇了之前收賬的對象和平金融社長平田，輕鬆將其擺平後，我們終於趕到了堂島組事務所。
當桐生推開門，迎接他的是衝擊性的一幕：拿著手槍的錦山雙膝跪地，不停地發抖，面前的堂島組組長堂島宗兵已經躺在血泊中，一旁的由美則因驚嚇過度而無法動彈。
錦山解釋說組長想要逼由美就範，情急之下他開了槍。為了讓錦山能照顧病重的妹妹，桐生表示這鍋就由他背了，讓錦山趕緊帶著由美離開現場。由美的戒指在慌亂之中掉到了地上，桐生默默地把它撿了起來。
當警方趕到時，屋內只有持槍的桐生和死去的堂島宗兵，一切都顯示這起命案是桐生所為。
然而，在警察內部也存在意見分歧。負責審訊桐生的刑警伊達真根本不相信一個即將升任組長的黑道會槍殺組內的高級幹部，但光靠他的努力並不足以改變結果。桐生委託伊達將由美的戒指轉交給風間，伊達答應了他的請求。
桐生的囚犯編號為1240號，很快小弟真司就來探監了。真司帶來消息，東城會第三代會長世良勝決定給予桐生“破門”處罰，而不是更為嚴厲的“絕緣”，而堂島組則會由風間接手。
就在會面結束之際，真司忍不住告訴了桐生監獄外發生的事：由美失憶了，之後便從醫院消失，現在風間和錦山都在找她。
身陷囹圄的桐生這邊也不太平，在吃飯時旁邊的囚犯故意找碴。從他的口氣來看，似乎是有人授意他們幹掉桐生。
前幾個囚犯都弱不禁風，直到雙手拿著叉子的忍者神龜1356號囚犯登場。他算是遊戲中的第一個強敵，不過其實也就比雜兵稍微厲害那麼一丟丟。在這場戰鬥中，我們終於可以習得“熱血精髓”（詳見系統詳解），掌握了這招對之後的BOSS戰很有幫助。
在教這幾個囚犯做人之後，桐生質問幕後黑手究竟是誰，得到的答案是東城會三代目世良勝。就在桐生疑惑之際，背後的獄卒一記悶棍為第一章畫下了句點。
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