雖然科學主義認為人不能先入為主的去判斷思想的對錯和真假，要依靠觀察、假設、求證，特別是實驗證明。能夠重複被不同觀察者證明確實有解釋力的思想，就會是真的，直到出現例外。這個例外就是被人發現實驗方法或實驗對象存在人為控制和虛假成分，或者宇宙中出現了新的事物和現象，不管是它自己冒出來的，還是被人所觀察到的，這些新的事物和現象迥異於曾經被人們所知曉的事物，我們無法將其歸類，或者將其歸類以後，用過去的理論又無法解釋在它身上存在和發生的現象。這樣，我們必須要有新的思想和理論來解釋它，而且這些新的思想和理論也必須能夠解釋以往的一切事物和現象。用例子來說明一下：
在顯微鏡沒有發明之前，在人的觀念裡是不存在細菌這個概念的。那麼解釋因細菌感染而發生的疾病現象時，人類自有一套理論，西方的我不懂，東方的應該是中醫裡面的諸種理論。似乎也能解釋疾病的原因本質。但自顯微鏡發明以後，西方發現了細菌的存在，中醫理論就遭受了質疑，至少這一理論不能解釋細菌是怎麼一回事，也不能解釋細菌導致的疾病是怎麼一回事。你可以認為細菌就是邪氣的化身和凝聚，但為什麼還有益生菌呢？那也可以解釋成正氣的化身和凝聚，但益生菌多了呢？會不會反而成了壞事？那就可以用物極必反來辯證的解釋和說明這一現象，如果這樣來說，那病菌多到一定程度是不是也會變成好事？物極必反嘛，這樣想來，至少對於人來講，恐怕不存在這樣的物極必反，病菌多到一定程度就是要人命。在往上拔高，你也可以說要了一個人命，可以給後來者提供生存空間，也是好事。那這個世界就會在這種相對論和條件論中無限論證和解釋下去，這就變成了一切都是可以解釋過去的虛無主義。回到關於細菌的問題上來。說了半天，還是一個價值問題。對於宇宙中的無機物來講，細菌的存在無所謂有益無益，有益無益是作為有機體生存發展層面來講的。這就和真理無關。這裡講的真理就是以世界為本體而言它的存在變化規律。一旦談到好壞（真假是對於人的認識能力而言的）、善惡都是以人為本體而言的道理，如果把真理的概念擴大化，價值論也就是人的真理，人的真理還包括物理和化學，而無機物的真理只有物理和化學。人的真理之所以有價值論、倫理觀，不是因為物理世界的存在規律所要求的，物理世界對人沒有價值要求，而是人本身由生存所導致的要求。進化理論之所以有效，就是基於人的價值判斷。它的解釋效力來自於其符合人的價值觀。比如其中的觀點適者生存，對於世界而言，不存在生存、適者這些觀念，所以客觀存在的現象被賦予生存、適者這些定義。如果拋開人的觀念，從猿進化到人，其過程可能是這樣的：一堆能量子在一定時空內振盪躍遷，從一個狀態變化成另一個狀態，沒有任何目的，從宇宙爆炸之後，這些能量子就始終聚合離散，是什麼把它們固定到生物的身體之內？由它們構成的原子、分子、分子團、細胞、組織、器官以及軀體如何能夠存在和出現？對於軀體而言，能夠生存活動，有大量的外界刺激和反射活動，其微觀上講也要符合物理規律，不管是量子力學的還是相對論的抑或是牛頓經典力學的，而從受精卵到一個活的有機體，是物理化學規律決定的生長過程，依靠基因的控制下的細胞複製，受精卵生成了一個軀體，在全部基因表達完成以後，軀體變會從成熟走向衰老和死亡。用純物理化學的詞彙來表述，就是運動和變化，軀體中的一些由細胞構成的組織結構分解了，這些結構的老化分解導致了由它們構成的組織器官的功能變化（衰弱、異化），最終導致整個軀體功能的喪失。那麼變換一下說法，我們用出生、成長、衰老、死亡也能表述一個有機體的狀態。這麼表述和用物理學的語言表述有什麼區別？一方面，前者含有更加明顯的價值判斷，後者似乎不含價值判斷；另一方面，前者更抽象和一般，後者更具體和特殊。
回到進化論問題上。提出進化論，有一個前提就是人有生存的概念，這個概念在純粹的物理學上是不存在的，因此物種的演化不能在分子層面進行方向性的探討，而只能是利用物理理論進行分子層面的解釋。生物進化的動力無法直接從生物構成的分子結構中去認識，而要從具體生物個體之外的環境和生物生存行為之間的關係中去認識。這倒不是說在未來當有了超級量子計算系統之後，當人類確認宇宙就是爆炸產生的存在以後，當人類發現了超越量子力學的大統一場理論之後，也不能從微觀上認識進化論。如果這個世界的物質規律被徹底揭破，確實存在一個不擲骰子的上帝，從奇點開始，我們利用計算機可以計算出歷史的每一個瞬間所有物質的狀態，那麼解釋和判斷生物進化現象完全可以用物理的概念術語，不需要生存、適者、變異、演化、繁衍、獲得、物種等等這些詞彙，與物理學的詞彙相比，前者顯得過於古老、含混和模糊了。但是，在物理科學還沒有獲得全面勝利的歷史階段，生物學還將保持自己的領地，它那更趨於人的價值判斷性質的詞語概念還將適用。但我們依然不具備預言未來的能力。而這一點，物理學似乎更拿手些。畢竟，因為這門科學，人類已經創造了物質世界的歷史和未來。而進化論像一副安慰劑，只是撫慰著我們對於自身來源問題的焦慮，而且它還在為自身的存在的合理性繼續尋找著證據。
為什麼科學（主要指物理學）擁有其他學科（哲學、心理學、政治學、生物學）不曾有的解釋和預測效力。重要一點就是它最大程度的保持了自身的價值中立，或者說客觀性。它始終在同人類的直覺進行抗爭，在對事實的觀察上不遺餘力，在對理論的驗證上持久不息。而很多人類的學科是無法進行物理學意義上的實驗的，它們更多情況下是靠似是而非的歷史現象和價值判斷來進行邏輯建構，因而在形而上學的領地裡，很難擺脫窠臼。但這些學科與物理學相比較而言，更接近對人性的觀察和理解，如果這個世界實際上永遠不能脫離人來理解，那麼它們恰恰是比物理學更為重要的學科。理解了大自然並不能保證人類的福祉，從人類的認識能力出發，我們要從內外兩個方向進行觀察與思考，對人類之外的自然界，對人類內心的精神世界，這個過程如果是永遠沒有盡頭的，它恰恰保證了人類發展的動力，因為只有存在未知的未來，我們才願意活下來、去奮鬥、去探索、去創造。希望和等待與其說是某種智慧，不如說就是人性的基石。
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