雖說東晉還是司馬家的王朝，但東晉本身並沒有強大的實力，主要是憑著長江天險，偏安江南；及依靠丞相王導號召南遷避難的中原士族，並聯合南方大族，取得他們的支持。
東晉雖然是司馬氏政權的延續，但本身司馬氏在政治上威望不高，整個朝廷都由世族大家把持，最先的一個乃出身琅琊王氏的王導，其後又有陳郡謝氏的謝安、謝玄、王敦等等。而世家大族中，代表者，有南下的王、謝、袁、蕭等僑姓，和本身居於江南的朱、張、顧、陸的吳姓。最初東晉有賴權臣王導主持大局，一方面拉攏江南士族，一方面又安排予從中原南下的士族，並以司馬家族作為共同擁戴的對象。
但世家大族本身並不真正忠於司馬氏，尤其是他們本身都擁有大量田地，以至擁有自家部隊（即所謂“部曲”），有足夠實力抗衡司馬氏政權。最初有王導主持大局，東晉政權得以穩定，故時人稱“王與馬，共天下”。但晉元帝以降則內亂頻生，如有早期王敦之亂、蘇峻之亂，後期又有孫恩、盧循之亂等。
東晉王朝的統治階層大部分是由過江避難的中原名門望族與江南的土居氏族組成的，存在著地域、文化等方面的差異，他們之間一直相互排擠；在東晉統治的一百多年中，中原氏族佔據統治的主導地位，而南方土居氏族則一直被排斥。元帝年間，北方大臣王導希望改變這種狀況，他在南北氏族之間奔走，極力勸說各族修好，但收效甚微。後來江南氏族也曾多次因不滿東晉的統治而起來反抗，大大的動搖了東晉的統治。
自晉元帝元年（公元317年）至晉安帝隆安三年（公元399年），是東晉發展比較平穩的時期，雖然在此之間也有過一些叛亂，但都被鎮壓下去了。元帝末年，王導之弟王敦起兵反晉，遭到其兄王導與朝臣的抵抗而未能成功；其後桓溫也曾覬覦帝位，又被王謝兩大家族抵制下去。公元385年，東晉重臣謝安病死，晉孝武帝將大權交於其弟司馬道子，司馬道子與其子司馬元顯把持朝政，他們暴虐無能、大肆剝削人民，使圖謀王位的大族有機可乘。公元398年，以桓玄為盟主的王恭、殷仲堪、瘐楷等人的聯軍佔據了建康以西的州郡，使朝廷的統治被限制在東方的八郡內，開始了其衰亡的過程。
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