中國歷史上，從清末開始出現現代意義上的國家國旗，在新中國成立之前，先後曾產生過清政府、民國北京政府、民國南京政府等三種主要時代的國旗，比較奇特的是，這三面歷史上的國旗實際全部脫胎于軍旗，其中除了民國北京政府的國旗是源自清代陸軍大官旗外，其餘的兩面則都是來自中國的海軍旗，成為中國海軍史上的一段佳話。
中國建設近代化的海軍，起步於19世紀60年代末，經歷李泰國·阿斯本艦隊夭折的坎坷後，在1870年建成第一支近代化海軍艦隊，即隸屬於船政衙門的船政水師，或稱輪船水師，各種制度模仿歐洲海軍、由英國軍官特雷西（後官至英國海軍上將）任總教習的船政水師制定了中國第一種現代意義的軍旗、軍艦旗，即三角形的黃底飛龍旗，從當時起，清王朝在外交等場合，就事實上將三角龍旗當作國旗使用，成為先有海軍旗後有國旗的首例。
1887年拍攝的北洋艦隊“靖遠”艦照片局部，艦尾掛的是三角龍旗
1894年5月拍攝到的“靖遠”艦，艦尾掛的已經是長方形的龍旗
1892年北洋海軍旗章圖說上的龍旗圖案
1880年後北洋水師興起，參考船政水師的建設經驗，也將三角龍旗作為軍旗。北洋海軍正式建軍後，認為三角旗的樣式和世界各國的海軍旗幟形制不符，於1889年將三角龍旗改製為長方旗，且制定旗幅比例為橫三、豎二，清王朝的國家國旗隨之而變，改用長方龍旗，一直沿用到了清王朝覆沒。按西方海軍慣例，海軍旗為艦尾旗，國旗為艦首旗，清末中國海軍軍艦便出現首尾均掛龍旗的景象。
因為以當時的工藝，對龍旗這麼複雜的圖案難以做到標準化，所以清代的龍旗造型實際是五花八門
饒具趣旨的是，現代因展覽等需求複製北洋海軍軍旗作為展品時，發現了一個特別的歷史細節，由於飛龍圖案過於複雜和藝術化，龍旗實際上根本沒有明確的標準圖案設計，僅僅只是明確了旗幅尺寸，以及旗面圖案內容和配色，在具體制作中因時、地不同，所產生的龍旗不僅材質和工藝千差萬別，旗面上龍的模樣也是千姿百態，成為那個特殊時代的特殊奇景。
民國北京政府時代設計的海軍旗，其實是青天白日滿地紅旗，五色國旗則作為艦首旗
青天白日旗在北洋政府時代，實際是海軍上將旗
北京政府海軍協會合影，圖中五色旗是國旗，青天白日滿地紅是海軍旗
1912民國肇建後，為平衡各政治力量在新政權中的關係，決定以國民黨青天白日黨旗作為海軍旗的設計基礎。其時考慮到各國海軍軍旗的傳統，對旗式略作改變，將青天白日旗定為海軍上將旗，令以該旗襯以紅色底，形成青天白日滿地紅旗，作為海軍旗。在北京政府時代，中國軍艦便是以五色國旗為艦首旗，青天白日滿地紅為艦尾旗。
南京國民政府時期的海軍部，此時青天白日滿地紅成了國旗兼海軍旗
時至北伐戰爭勝利，南京國民政府成立，為了區別於此前的民國北京政府，南京政府重新制定國旗圖案，令人意外地選擇了北京政府海軍旗，即青天白日滿地紅旗，成為中國歷史上第二樁以海軍旗充作國旗的例子。運用到軍艦時，這面特殊的國旗被定為代海軍旗，飄揚於艦尾，而本應懸掛國旗的艦首旗杆，則定成懸掛國民黨黨旗。後來為了顯得與民國北京政府毫無瓜葛，南京政府以及中國國民黨在宣傳上都刻意稱這種旗是專門設計的國旗，絲毫不提和海軍的往事。
南京政府以青天白日滿地紅海軍旗作為國旗，此舉讓當時的奉系東北海軍十分尷尬
不過南京政府的此舉讓當時與其分庭抗禮的奉系東北海軍頗感尷尬，東北海軍堅持採用民國北京政府的章服制度，但是不料自己使用的海軍旗圖案竟然被南京政府定為了國旗，遠遠望去，這種帶著國民黨黨旗設計元素的旗幟十分刺眼，恍若東北海軍的軍艦已經全部倒戈向南京政府一般，直到東北易幟後，這種尷尬才告一段落。
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