古代中國稱錫金為哲孟雄。尼泊爾人移居於此稱之為新地方，早期西藏移民稱為登疆，意為稻米之谷。遠在公元7世紀，哲孟雄是吐蕃的一部分。9世紀時，哲孟雄成為獨立的部落，但其境內的寺院仍隸屬於西藏各大寺。
錫金流傳很多神話，但世襲君主國成立前的歷史記載不多。之前錫金是雷布查族的居住地，他們多生活在喜馬拉雅山的南面山坡地帶。
錫金是個富於神話和傳奇的國度，有關古代的史料，留傳下來的很少。有確切記載的第一代國王是蓬楚格·納姆伽爾，其曾祖父是西藏的貴族古魯·塔希。
蓬楚格於1642年登上錫金王位，在他統治下，雷布查人與錫金人融洽相處，從事畜牧和農耕。蓬楚格宣佈佛教為國教，實行政教合一的封建制度。
他將首都建在甘托克，將全國劃分為若干沙古治理。第三代國王查多爾·納姆伽爾建造了佩瑪揚策寺，還為雷布查人發明了字母。
1700年尼錫戰爭爆發，尼泊爾的廓爾喀軍隊入侵錫金，攻佔錫金當時的首都拉達孜，錫金國王越境逃亡到西藏，在熱日宗的春丕谷避難，作為宗主的達賴喇嘛將此地賜給他使用，這也就是後來的亞東。廓爾喀軍隊繼續向西藏推進，一度佔領整個後藏並洗劫班禪喇嘛的駐錫地扎什倫布寺，結果達賴與班禪向清政府請求援軍。
當時清朝的乾隆皇帝先後兩次用兵，最後由福康安和海蘭察統率清軍於1791年將廓爾喀人全部逐出西藏，並越境追擊至尼泊爾首都加德滿都城郊。廓爾喀軍隊在挫敗清軍前鋒後隨即請降，從此成為中國的藩屬，這也是乾隆“十全武功”的最後一件。
1975年在印度的操縱下，錫金舉行全民投票，廢除錫金王國，加入印度，第12代國王佩登東杜南嘉流亡美國。
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