古代中国称锡金为哲孟雄。尼泊尔人移居于此称之为新地方，早期西藏移民称为登疆，意为稻米之谷。远在公元7世纪，哲孟雄是吐蕃的一部分。9世纪时，哲孟雄成为独立的部落，但其境内的寺院仍隶属于西藏各大寺。
锡金流传很多神话，但世袭君主国成立前的历史记载不多。之前锡金是雷布查族的居住地，他们多生活在喜马拉雅山的南面山坡地带。
锡金是个富于神话和传奇的国度，有关古代的史料，留传下来的很少。有确切记载的第一代国王是蓬楚格·纳姆伽尔，其曾祖父是西藏的贵族古鲁·塔希。
蓬楚格于1642年登上锡金王位，在他统治下，雷布查人与锡金人融洽相处，从事畜牧和农耕。蓬楚格宣布佛教为国教，实行政教合一的封建制度。
他将首都建在甘托克，将全国划分为若干沙古治理。第三代国王查多尔·纳姆伽尔建造了佩玛扬策寺，还为雷布查人发明了字母。
1700年尼锡战争爆发，尼泊尔的廓尔喀军队入侵锡金，攻占锡金当时的首都拉达孜，锡金国王越境逃亡到西藏，在热日宗的春丕谷避难，作为宗主的达赖喇嘛将此地赐给他使用，这也就是后来的亚东。廓尔喀军队继续向西藏推进，一度占领整个后藏并洗劫班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺，结果达赖与班禅向清政府请求援军。
当时清朝的乾隆皇帝先后两次用兵，最后由福康安和海兰察统率清军于1791年将廓尔喀人全部逐出西藏，并越境追击至尼泊尔首都加德满都城郊。廓尔喀军队在挫败清军前锋后随即请降，从此成为中国的藩属，这也是乾隆“十全武功”的最后一件。
1975年在印度的操纵下，锡金举行全民投票，废除锡金王国，加入印度，第12代国王佩登东杜南嘉流亡美国。
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